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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fc0 | ||||||
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タイトル | 1.8 A crystal structure of murine GITR ligand dimer expressed in Drosophila melanogaster S2 cells | ||||||
![]() | GITR ligand | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / GITRL / Glucocorticoid-Induced TNF Receptor Ligand / Receptor | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of dendritic cell chemotaxis / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of monocyte chemotaxis / regulation of T cell proliferation / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of cell adhesion / regulation of protein-containing complex assembly ...regulation of dendritic cell chemotaxis / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of monocyte chemotaxis / regulation of T cell proliferation / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of cell adhesion / regulation of protein-containing complex assembly / T cell proliferation involved in immune response / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cytokine activity / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / adaptive immune response / cell surface / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chattopadhyay, K. / Ramagopal, U.A. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: 1.8 A structure of murine GITR ligand dimer expressed in Drosophila melanogaster S2 cells. 著者: Chattopadhyay, K. / Ramagopal, U.A. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 451.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 456.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2qdnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15902.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): S2 cells / 参照: UniProt: Q7TS55 #2: 化合物 | ChemComp-ACT / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.99 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 7 詳細: 15% Tacsimate pH 7.0, 0.1M Hepes, 2% PEG 3350, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→30 Å / Num. obs: 27086 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 24.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.052 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.82 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Rsym value: 0.204 / % possible all: 93.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2QDN 解像度: 1.76→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 2.727 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.95 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.76→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.76→1.8 Å / Total num. of bins used: 20
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