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- PDB-3fbv: Crystal structure of the oligomer formed by the kinase-ribonuclea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fbv
タイトルCrystal structure of the oligomer formed by the kinase-ribonuclease domain of Ire1
要素Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
キーワードTRANSFERASE / HYDROLASE / IRE1 / RNase / ribonuclease / complex / kinase / inhibitor / oligomer / cytoplasmic / APY29 / aminopyrazole / ATP-binding / Endoplasmic reticulum / Glycoprotein / Magnesium / Membrane / Metal-binding / Multifunctional enzyme / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase / Transcription / Transcription regulation / Transmembrane / Unfolded protein response
機能・相同性
機能・相同性情報


IRE1alpha activates chaperones / Ire1 complex / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / fungal-type cell wall organization / protein localization to Golgi apparatus / inositol metabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / IRE1-mediated unfolded protein response / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / endoplasmic reticulum unfolded protein response ...IRE1alpha activates chaperones / Ire1 complex / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / fungal-type cell wall organization / protein localization to Golgi apparatus / inositol metabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / IRE1-mediated unfolded protein response / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / endoplasmic reticulum unfolded protein response / RNA endonuclease activity / response to endoplasmic reticulum stress / mRNA processing / unfolded protein binding / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
KEN domain / Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1/2-like / KEN domain / KEN domain superfamily / Ribonuclease 2-5A / KEN domain profile. / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / de novo design (two linked rop proteins) ...KEN domain / Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1/2-like / KEN domain / KEN domain superfamily / Ribonuclease 2-5A / KEN domain profile. / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / de novo design (two linked rop proteins) / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-APJ / Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Korennykh, A.V. / Egea, P.F. / Korostelev, A.A. / Finer-Moore, J. / Zhang, C. / Shokat, K.M. / Stroud, R.M. / Walter, P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: The unfolded protein response signals through high-order assembly of Ire1.
著者: Korennykh, A.V. / Egea, P.F. / Korostelev, A.A. / Finer-Moore, J. / Zhang, C. / Shokat, K.M. / Stroud, R.M. / Walter, P.
履歴
登録2008年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
B: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
C: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
D: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
E: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
F: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
G: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
H: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
I: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
J: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
K: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
L: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
M: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
N: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)731,02128
ポリマ－726,36714
非ポリマー4,65314
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
B: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,4324
ポリマ－103,7672
非ポリマー6652
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area36840 Å2
手法PISA
3
C: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
D: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,4324
ポリマ－103,7672
非ポリマー6652
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area37220 Å2
手法PISA
4
E: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
F: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,4324
ポリマ－103,7672
非ポリマー6652
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area36990 Å2
手法PISA
5
G: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
H: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,4324
ポリマ－103,7672
非ポリマー6652
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area36880 Å2
手法PISA
6
I: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
J: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,4324
ポリマ－103,7672
非ポリマー6652
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area36780 Å2
手法PISA
7
K: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
L: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,4324
ポリマ－103,7672
非ポリマー6652
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area37390 Å2
手法PISA
8
M: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
N: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,4324
ポリマ－103,7672
非ポリマー6652
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area37000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.820, 163.470, 292.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81
91
101
111
121
131
141
12
22
32
42
52
62
72
82
92
102
112
122
132

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and not resi 1037:1045 and not resi 660:680
211chain B and not resi 1037:1045 and not resi 660:680
311chain C and not resi 1037:1045 and not resi 660:680
411chain D and not resi 1037:1045 and not resi 660:680
511chain E and not resi 1037:1045 and not resi 660:680
611chain F and not resi 1037:1045 and not resi 660:680
711chain G and not resi 1037:1045 and not resi 660:680
811chain H and not resi 1037:1045 and not resi 660:680
911chain I and not resi 1037:1045 and not resi 660:680
1011chain J and not resi 1037:1045 and not resi 660:680
1111chain K and not resi 1037:1045 and not resi 660:680
1211chain L and not resi 1037:1045 and not resi 660:680
1311chain M and not resi 1037:1045 and not resi 660:680
1411chain N and not resi 1037:1045 and not resi 660:680
112chain B and resi 1037:1045
212resid 1037:1045 and chain C
312resid 1037:1045 and chain E
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912resid 1037:1045 and chain H
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1312resid 1037:1045 and chain G

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1


分子量: 51883.391 Da / 分子数: 14 / 断片: Ire1 Kinase-RNase domain: UNP residues 641-1115 / 変異: Amino acids 865-892 deleted / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: IRE1, ERN1 / プラスミド: pGEX-6P-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL
参照: UniProt: P32361, non-specific serine/threonine protein kinase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物
ChemComp-APJ / N~2~-1H-benzimidazol-5-yl-N~4~-(3-cyclopropyl-1H-pyrazol-5-yl)pyrimidine-2,4-diamine / APY-29


分子量: 332.363 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16N8
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: Sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月30日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: KOHZU: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→20 Å / Num. obs: 123887 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.2 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 23 % / Rmerge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称分類
ELVES精密化
PHASER位相決定
PHENIX精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2RIO

2rio


解像度: 3.2→19.983 Å / SU ML: 0.6 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2835 6727 5.43 %
Rwork0.2352 --
obs0.2374 123887 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.707 Å2 / ksol: 0.24 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→19.983 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数47668 0 350 0 48018
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3249X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B3249X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.026
13C3249X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.027
14D3249X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.026
15E3249X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
16F3249X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.026
17G3249X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.023
18H3249X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.022
19I3249X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.023
110J3249X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.021
111K3249X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.022
112L3249X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.022
113M3249X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.025
114N3249X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.026
21B88X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22C88X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.033
23E88X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
24M88X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.035
25I88X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.017
26N88X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.027
27D88X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.019
28F88X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.018
29H88X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.018
210J88X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.04
211L88X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
212K88X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
213G88X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.031
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
3.2-3.236200.40024045
3.2362-3.27410.392510630.40573065
3.2741-3.31390.40021390.3983873
3.3139-3.355600.38444124
3.3556-3.399600.37014105
3.3996-3.44590.35287890.36093273
3.4459-3.49490.38562790.35073843
3.4949-3.546800.34154089
3.5468-3.601900.31864075
3.6019-3.66060.31779060.32223222
3.6606-3.72330.3606970.30443992
3.7233-3.790600.29284078
3.7906-3.86300.28634103
3.863-3.94120.31038660.27213230
3.9412-4.026200.26794150
4.0262-4.119100.2564114
4.1191-4.22120.25896060.24053477
4.2212-4.33420.26611130.22824003
4.3342-4.460400.21744117
4.4604-4.60260.2262560.21253878
4.6026-4.7650.23423770.19623750
4.765-4.95300.18494140
4.953-5.17470.22664640.18713668
5.1747-5.44230.2434260.19974138
5.4423-5.775500.20414163
5.7755-6.2090.24453650.19613807
6.209-6.811300.18364197
6.8113-7.74620.22072560.17253941
7.7462-9.577100.1424248
9.5771-19.9830.17371250.16794252
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7793-0.658-0.3308-0.68910.6072.3037-0.3203-0.1198-1.2026-0.00750.3210.53420.63760.10580.05740.89890.19450.15970.30150.09751.150619.940930.5055121.1772
22.145-1.2527-0.37516.1796-0.28542.4165-0.1617-0.1369-0.0434-0.59610.0557-0.43510.14240.72870.11530.61360.34930.21110.87560.10670.733849.977747.3744114.0723
36.23391.2029-1.24032.8196-0.59653.76090.2727-0.3432-1.0150.157-0.0911-0.48580.47990.3918-0.16410.4590.0849-0.1560.20110.1990.724140.785127.7862161.7662
43.74982.0737-0.49035.4596-0.86272.3182-0.1686-0.2608-0.28490.39950.0517-0.4051-0.2648-0.00730.10360.99880.0175-0.01760.5677-0.1210.68753.013640.5813206.081
56.33860.33190.05950.55240.00281.90710.00220.12720.56020.30390.0947-0.0926-0.6301-0.1522-0.15091.22330.17950.14360.5824-0.14390.745830.319366.6357199.0838
64.851-1.68920.7534.27-0.55112.54150.18080.30880.4623-0.0414-0.0823-0.6454-0.47420.441-0.06480.5699-0.12360.10.42670.10930.661147.242762.1432157.0477
71.50961.2478-0.50363.16070.1783-1.4654-0.09810.01590.17910.0150.14680.16160.0162-0.04980.00721.5960.50340.06771.57-0.28040.946314.131358.6196239.7544
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精密化 TLSグループ
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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