PDB-3fb3: Crystal Structure of Trypanosoma Brucei Acetyltransferase, Tb11.0...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fb3

タイトル

Crystal Structure of Trypanosoma Brucei Acetyltransferase, Tb11.01.2886

要素

N-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / trypanosoma / malaria / structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosamine-phosphate N-acetyltransferase / glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferase activity / N-acetylglucosamine metabolic process / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / glycosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Wernimont, A.K. / Marino, K. / Zhang, A.Z. / Ma, D. / Lin, Y.H. / MacKenzie, F. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Zhao, Y. / Schapira, M. ...

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of Trypanosoma Brucei Acetyltransferase, Tb11.01.2886
著者: Wernimont, A.K. / Marino, K. / Zhang, A.Z. / Ma, D. / Lin, Y.H. / MacKenzie, F. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / ...

履歴

登録	2008年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fb3.cif.gz	72.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fb3.ent.gz	54.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fb3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fb3_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fb3_full_validation.pdf.gz	446.6 KB	表示
XML形式データ	3fb3_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	3fb3_validation.cif.gz	19.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/3fb3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/3fb3	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3i3g-d 6bvc-1 1i12-1 1i21-1 5f49-1 6tzz-1 5u08-1 2wal-d 4o7m-3 2dxq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: N-acetyltransferase

B: N-acetyltransferase

36 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.910, 71.910, 124.625
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	N-acetyltransferase 分子量: 18010.709 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 5-147 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: Tb11.01.2886 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q383G8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 3350 0.2 M (NH4)2Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 15184 / Num. obs: 15064 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 43.57 Å² / R_merge(I) obs: 0.117 / R_sym value: 0.071 / Χ²: 1.832 / Net I/σ(I): 33.029
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 13.7 % / R_merge(I) obs: 0.915 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1446 / R_sym value: 0.881 / Χ²: 1.414 / % possible all: 98.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 58.45 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	31.09 Å
Translation	2.5 Å	31.09 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.875 / WR_factor R_free: 0.285 / WR_factor R_work: 0.207 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.775 / SU B: 17.902 / SU ML: 0.222 / SU R Cruickshank DPI: 0.441 / SU R_free: 0.332 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.394 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.299	726	5.2 %	RANDOM
R_work	0.208	-	-	-
all	0.213	14241	-	-
obs	0.213	14079	98.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 65.24 Å² / B_iso mean: 30.509 Å² / B_iso min: 19.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.87 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.87 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2231	0	0	132	2363

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.021	2287
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.787	1.995	3085
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.443	5	295
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.159	22.632	95
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.873	15	415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.565	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	350
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1705
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	986
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.298	0.2	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.249	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.145	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.668	1.5	1506
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.068	2	2324
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.11	3	869
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.239	4.5	759

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.396	61	-
R_work	0.232	950	-
all	-	1011	-
obs	-	-	99.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.6767	-3.5056	0.9261	10.1621	2.0808	2.9853	-0.2814	-1.0313	-0.8088	0.5772	0.1401	0.4632	1.0308	0.1761	0.1413	0.2645	0.0927	0.1161	0.1504	0.1269	-0.0372	-8.9185	15.1822	13.3403
2	6.1984	0.8786	-0.0346	3.6847	4.0123	15.5461	0.0184	0.1327	-0.1521	0.4294	-0.4658	0.5254	0.9849	-0.8037	0.4474	0.0274	-0.0313	0.0721	-0.0203	0	0.0538	-18.7581	21.4756	9.0128
3	7.2489	0.4297	-4.2436	3.6623	4.5496	8.8225	-0.0107	-0.0025	-0.7907	0.6194	0.1181	0.0899	1.1374	0.1115	-0.1074	0.1791	-0.0045	0.0473	-0.0536	0.014	0.0016	-8.2546	13.6237	7.0258
4	3.8798	2.3721	2.8549	3.3944	-0.3358	24.8843	-0.301	-0.9291	-0.197	0.6902	0.0872	-0.1362	-0.3981	-1.1957	0.2138	0.0439	0.1943	0.0502	0.0975	0.0844	-0.0227	-5.7453	15.9206	11.6288
5	8.6457	0.1334	12.9432	0.0021	0.1997	19.3768	0.269	-0.1498	-0.0919	0.2473	0.0468	-0.3081	0.3611	-0.6624	-0.3158	-0.0002	-0.0632	0.0039	-0.0435	0.0079	-0.0448	-8.0205	20.4397	-12.3207
6	5.9556	-1.5164	-2.0163	6.7859	2.4327	4.9913	-0.2218	-0.764	0.3164	0.7769	0.1756	-0.6592	0.4766	0.4155	0.0462	0.0754	0.0942	-0.0591	0.1145	0.0148	0.0413	2.1072	19.4341	10.3572
7	2.1714	-0.2248	-2.04	0.2256	1.8522	15.2286	-0.0767	0.034	-0.6421	-0.0063	-0.2003	-0.113	0.8303	0.4741	0.277	-0.0207	0.0227	0.0247	-0.0433	-0.0042	0.0391	-1.5529	15.5209	-7.4017
8	15.5009	1.6224	-1.2802	7.8007	2.8639	7.251	0.3497	-1.1637	0.3294	0.6304	-0.1934	-0.9885	-0.3925	0.8957	-0.1563	0.146	-0.0091	-0.0262	0.1702	-0.0094	0.0617	6.1035	27.709	1.2853
9	9.3346	-7.5969	-4.6244	7.7574	3.5499	2.32	-0.0388	-0.2902	0.7487	0.207	0.1866	-0.7983	0.0617	0.1531	-0.1479	0.0028	-0.0179	-0.0352	-0.0046	-0.0359	-0.022	-2.4054	33.8948	-4.2676
10	21.7722	1.0036	11.7409	23.8985	-3.4854	17.1452	0.0192	-0.2161	1.2833	0.4243	-0.7095	0.5886	-0.7593	-0.5105	0.6902	0.1909	0.1342	0.0032	0.0193	0.0501	0.258	-25.0663	43.7964	-21.21
11	11.2704	-4.079	-1.5133	4.3436	0.8732	5.6078	0.2027	0.3652	-0.0169	-0.5745	-0.2271	0.1705	-0.3321	-0.2382	0.0245	0.0069	0.0297	-0.0156	-0.0787	-0.0096	-0.1217	-16.1302	26.8179	-23.6381
12	3.9397	3.3515	-1.92	10.0131	13.6262	33.4485	0.3917	-0.1168	-0.2736	0.3398	-0.0936	0.5217	0.3404	-0.1897	-0.2981	-0.021	0.005	-0.0104	-0.1552	0.0183	0.0701	-18.2219	16.8801	-18.9642
13	4.4261	-1.5299	2.8212	7.7145	-4.303	18.1094	0.1505	0.3143	0.0569	-0.6247	-0.2639	0.5717	0.0924	-0.5062	0.1133	-0.0404	0.0909	-0.0274	-0.0312	-0.0685	-0.0205	-21.7684	30.4823	-20.6964
14	1.5296	-0.885	1.7763	1.1565	3.8924	39.6287	0.3268	-0.2252	-0.2152	-0.1724	0.1068	0.0169	1.7975	-0.8063	-0.4336	-0.0783	-0.0085	0.021	-0.0919	-0.0005	-0.0618	-16.9021	30.1154	-12.8437
15	0.8565	0.8748	-1.5385	4.9969	-10.4727	22.0729	0.0591	0.0544	-0.0331	-0.1326	-0.1531	-0.0842	0.5223	-0.4574	0.094	0.0269	-0.0633	-0.0072	-0.0713	-0.0031	-0.0118	-14.9544	28.6323	1.1425
16	3.0388	0.1321	-1.995	4.5098	-1.3163	12.5143	0.2885	0.2502	0.3862	-0.2164	-0.0291	0.0162	-0.5922	-0.4046	-0.2594	0.0215	0.0739	-0.0319	-0.0889	-0.0132	0.0248	-16.8793	38.9862	-15.9614
17	6.6844	0.507	-0.8878	8.3075	-0.1142	6.2263	-0.0063	0.0817	0.3083	-0.5487	-0.0632	-0.4707	0.1111	0.5239	0.0694	0.0012	0.0394	-0.0181	-0.0655	-0.0038	-0.0713	-9.0775	38.9232	-7.2689
18	8.9937	-17.2529	-7.3319	35.1832	15.7923	9.0768	-0.0565	-0.3809	0.2933	0.3333	0.231	-0.3776	-0.1105	0.3959	-0.1745	-0.0208	-0.0872	0.0241	0.0087	-0.0041	-0.0094	0.6858	30.7727	-5.63

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	23 - 42
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	43 - 54
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	55 - 66
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	67 - 82
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	83 - 101
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	102 - 116
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	117 - 130
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	131 - 143
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	-5 - 4
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	5 - 28
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	29 - 42
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	43 - 58
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	59 - 68
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	69 - 83
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	84 - 109
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	110 - 132
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	133 - 143

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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