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万見
- PDB-3f9y: Structural Insights into Lysine Multiple Methylation by SET Domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f9y
タイトルStructural Insights into Lysine Multiple Methylation by SET Domain Methyltransferases, SET8-Y334F / H4-Lys20me1 / AdoHcy
要素
  • Histone H4
  • Histone-lysine N-methyltransferase SETD8
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / histone / SET / lysine / Cell cycle / Cell division / Chromatin regulator / Chromosomal protein / Mitosis / Nucleus / Repressor / S-adenosyl-L-methionine / Transcription / Transcription regulation / DNA-binding / Methylation / Nucleosome core
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine N-methyltransferase activity / [histone H4]-lysine20 N-methyltransferase / histone H4K20 monomethyltransferase activity / histone H4K20 methyltransferase activity / histone H4 methyltransferase activity / polytene chromosome / peptidyl-lysine monomethylation / mitotic chromosome condensation / protein-lysine N-methyltransferase activity / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator ...lysine N-methyltransferase activity / [histone H4]-lysine20 N-methyltransferase / histone H4K20 monomethyltransferase activity / histone H4K20 methyltransferase activity / histone H4 methyltransferase activity / polytene chromosome / peptidyl-lysine monomethylation / mitotic chromosome condensation / protein-lysine N-methyltransferase activity / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone methyltransferase activity / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / telomere organization / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / regulation of signal transduction by p53 class mediator / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / NoRC negatively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Regulation of TP53 Activity through Methylation / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / transcription corepressor activity / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / chromosome, telomeric region / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Class V SAM-dependent methyltransferases / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / : / : / Beta-clip-like / SET domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. ...Class V SAM-dependent methyltransferases / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / : / : / Beta-clip-like / SET domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Beta Complex / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone-fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Histone H4 / N-lysine methyltransferase KMT5A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Couture, J.-F. / Dirk, L.M.A. / Brunzelle, J.S. / Houtz, R.L. / Trievel, R.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structural origins for the product specificity of SET domain protein methyltransferases.
著者: Couture, J.F. / Dirk, L.M. / Brunzelle, J.S. / Houtz, R.L. / Trievel, R.C.
履歴
登録2008年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22014年4月9日Group: Refinement description
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase SETD8
B: Histone-lysine N-methyltransferase SETD8
E: Histone H4
F: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9126
ポリマ－40,1444
非ポリマー7692
水4,089227
1
A: Histone-lysine N-methyltransferase SETD8
E: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4563
ポリマ－20,0722
非ポリマー3841
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-7.5 kcal/mol
Surface area9240 Å2
手法PISA
2
B: Histone-lysine N-methyltransferase SETD8
F: Histone H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4563
ポリマ－20,0722
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-8.1 kcal/mol
Surface area9620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.400, 45.000, 52.400
Angle α, β, γ (deg.)91.40, 115.30, 89.80
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase SETD8 / H4-K20-HMTase SETD8 / SET domain-containing protein 8 / PR/SET domain-containing protein 07 / ...H4-K20-HMTase SETD8 / SET domain-containing protein 8 / PR/SET domain-containing protein 07 / PR/SET07 / PR-Set7 / Lysine N-methyltransferase 5A


分子量: 18774.258 Da / 分子数: 2 / 断片: SET domain: UNP residues 232-393 / 変異: Y334F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SETD8, KMT5A, PRSET7, SET07, SET8 / プラスミド: pHis2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9NQR1, histone-lysine N-methyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Histone H4


分子量: 1297.576 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 16-25 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic peptide corresponding to residues 16-25 of human histone H4
参照: UniProt: P62805
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% Pentaerythritol ethoxylate, 50mM Ammonium sulfate, 50mM Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月21日
放射モノクロメーター: Si(220) sagital focusing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→25 Å / Num. obs: 55907 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.8 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / Rsym value: 0.528

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ZKK

1zkk


解像度: 1.5→23.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 2.931 / SU ML: 0.055 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22012 2811 5 %RANDOM
Rwork0.19364 ---
obs0.19497 53407 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.444 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å2-0.05 Å20.1 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3---0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→23.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2680 0 52 227 2959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0212801
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8951.9943758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5435330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.56923.431137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.01715520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7171525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022091
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.21246
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21884
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2350.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2050.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2161.51721
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.86222652
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.79431241
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0824.51106
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 203 -
Rwork0.334 3860 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.75620.52720.60242.3936-0.29684.10350.1429-0.1435-0.26960.16-0.0695-0.16780.33980.1593-0.0734-0.03320.0351-0.0135-0.15370.0267-0.1487-19.54-16.25418.124
23.0643-0.5651-0.63432.22810.55941.8998-0.03440.020.11250.1019-0.01030.1314-0.07220.01360.0447-0.02960.0012-0.0104-0.15520.0125-0.1686-1.698-0.414-0.111
31.35040.5185-0.8040.255-0.3120.8537-0.0267-0.0369-0.02450.01260.00090.00640.01790.04310.02580.09560.0279-0.0176-0.05240.0028-0.034-9.552-7.63178.5359
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A194 - 352
2X-RAY DIFFRACTION1E16 - 22
3X-RAY DIFFRACTION2B193 - 352
4X-RAY DIFFRACTION2F16 - 23
5X-RAY DIFFRACTION3B1 - 186
6X-RAY DIFFRACTION3B353 - 393

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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