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- PDB-5teg: Crystal structure of hSETD8 in complex with histone H4K20 norleuc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5teg
タイトルCrystal structure of hSETD8 in complex with histone H4K20 norleucine mutant peptide and S-Adenosylmethionine
要素
  • Histone H4 mutant peptide with H4K20norleucine
  • N-lysine methyltransferase KMT5A
キーワードTRANSFERASE / Histone H4 / Norleucine
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine N-methyltransferase activity / [histone H4]-lysine20 N-methyltransferase / histone H4K20 monomethyltransferase activity / histone H4K20 methyltransferase activity / histone H4 methyltransferase activity / polytene chromosome / peptidyl-lysine monomethylation / mitotic chromosome condensation / protein-lysine N-methyltransferase activity / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator ...lysine N-methyltransferase activity / [histone H4]-lysine20 N-methyltransferase / histone H4K20 monomethyltransferase activity / histone H4K20 methyltransferase activity / histone H4 methyltransferase activity / polytene chromosome / peptidyl-lysine monomethylation / mitotic chromosome condensation / protein-lysine N-methyltransferase activity / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone methyltransferase activity / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / telomere organization / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / regulation of signal transduction by p53 class mediator / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / NoRC negatively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Regulation of TP53 Activity through Methylation / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / transcription corepressor activity / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / chromosome, telomeric region / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Class V SAM-dependent methyltransferases / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / : / : / Beta-clip-like / SET domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. ...Class V SAM-dependent methyltransferases / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / : / : / Beta-clip-like / SET domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Beta Complex / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone-fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Histone H4 / N-lysine methyltransferase KMT5A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Judge, R.A. / Petros, A.M.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2016
タイトル: Turning a Substrate Peptide into a Potent Inhibitor for the Histone Methyltransferase SETD8.
著者: Judge, R.A. / Zhu, H. / Upadhyay, A.K. / Bodelle, P.M. / Hutchins, C.W. / Torrent, M. / Marin, V.L. / Yu, W. / Vedadi, M. / Li, F. / Brown, P.J. / Pappano, W.N. / Sun, C. / Petros, A.M.
履歴
登録2016年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-lysine methyltransferase KMT5A
B: N-lysine methyltransferase KMT5A
D: Histone H4 mutant peptide with H4K20norleucine
E: Histone H4 mutant peptide with H4K20norleucine
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3896
ポリマ－38,5924
非ポリマー7972
水5,945330
1
A: N-lysine methyltransferase KMT5A
D: Histone H4 mutant peptide with H4K20norleucine
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6943
ポリマ－19,2962
非ポリマー3981
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area9640 Å2
手法PISA
2
B: N-lysine methyltransferase KMT5A
E: Histone H4 mutant peptide with H4K20norleucine
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6943
ポリマ－19,2962
非ポリマー3981
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.310, 45.059, 52.649
Angle α, β, γ (deg.)114.730, 90.770, 90.810
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 N-lysine methyltransferase KMT5A / H4-K20-HMTase KMT5A / Histone-lysine N-methyltransferase KMT5A / Lysine N-methyltransferase 5A / ...H4-K20-HMTase KMT5A / Histone-lysine N-methyltransferase KMT5A / Lysine N-methyltransferase 5A / Lysine-specific methylase 5A / PR/SET domain-containing protein 07 / PR/SET07 / SET domain-containing protein 8


分子量: 18213.541 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 234-393 / 変異: C302S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KMT5A, PRSET7, SET07, SET8, SETD8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-T1R
参照: UniProt: Q9NQR1, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, histone-lysine N-methyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Histone H4 mutant peptide with H4K20norleucine


分子量: 1082.370 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 16-23 / 変異: K20NLE / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62805*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 33% (v/v) Pentaerythritol ethoxylate, 50 mM ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→47.811 Å / Num. obs: 83159 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 17.24 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/av σ(I): 3.605 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.3-1.381.80.3042.4189.9
1.38-1.461.80.1833.8191
1.46-1.561.80.1175.8191.4
1.56-1.681.80.0837.9191.9
1.68-1.851.80.05810192.5
1.85-2.061.80.04811.8193.2
2.06-2.381.80.04711.3194.2
2.38-2.921.80.05110.8195.1
2.92-4.131.80.0579.1195.8
4.13-47.8111.80.0658.6197

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.16データスケーリング
BUSTER-TNT2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZKK

1zkk


解像度: 1.3→19.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.054 / SU Rfree Blow DPI: 0.055 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.054
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 4188 5.04 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.191 83124 91.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 93.47 Å2 / Biso mean: 22.03 Å2 / Biso min: 9.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.946 Å2-0.0636 Å21.5006 Å2
2---0.7537 Å20.9881 Å2
3----0.1922 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→19.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2682 0 54 330 3066
Biso mean--15.54 29.85 -
残基数----333
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1030SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes70HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes427HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2784HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion357SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3243SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2784HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3736HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.44
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.33 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 249 4.84 %
Rwork0.214 4891 -
all-5140 -
obs--76.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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