PDB-3f9t: Crystal structure of L-tyrosine decarboxylase MfnA (EC 4.1.1.25) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3f9t

タイトル

Crystal structure of L-tyrosine decarboxylase MfnA (EC 4.1.1.25) (NP_247014.1) from METHANOCOCCUS JANNASCHII at 2.11 A resolution

要素

L-tyrosine decarboxylase MfnA

キーワード

LYASE (リアーゼ) / NP_247014.1 / L-tyrosine decarboxylase MfnA (EC 4.1.1.25) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG /

Protein Structure Initiative / PSI-2 /

Decarboxylase (脱炭酸酵素) /

Pyridoxal phosphate (ピリドキサールリン酸)

機能・相同性

機能・相同性情報

methanofuran biosynthetic process /

チロシンデカルボキシラーゼ /

tyrosine decarboxylase activity /

アスパラギン酸-1-デカルボキシラーゼ /

aspartate 1-decarboxylase activity / coenzyme A biosynthetic process / carboxylic acid metabolic process /

pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of L-tyrosine decarboxylase MfnA (EC 4.1.1.25) (NP_247014.1) from METHANOCOCCUS JANNASCHII at 2.11 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2008年11月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3f9t.cif.gz	174.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3f9t.ent.gz	141.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3f9t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/3f9t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/3f9t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ldr-1 6m4y-1 6jy1-1 3qn3-2 6ldt-1 6lds-1 3hcr-d 5oas-d 6axe-2 4r88-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 390948

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-tyrosine decarboxylase MfnA

B: L-tyrosine decarboxylase MfnA

ヘテロ分子

92 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.276, 104.128, 119.915
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	3 - 394
2	1	1	4	B	3 - 394

詳細

AUTHORS STATE THAT THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS FORMING A DIMER. CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THAT THIS IS THE STABLE OLIGOMERIC FORM IN SOLUTION.

#1: タンパク質	L-tyrosine decarboxylase MfnA / TDC 分子量: 45596.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: mfnA, MJ0050, NP_247014.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 参照: UniProt: Q60358, チロシンデカルボキシラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸 / ピリドキサールリン酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol 分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.86 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 40.0000% MPD, 0.1M HEPES pH 7.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97952

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月12日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Si(111) Double Crystal Monochrometer
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97952 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.11→29.975 Å / Num. obs: 62121 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 32.594 Å² / R_merge(I) obs: 0.119 / R_sym value: 0.119 / Net I/σ(I): 3.203

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.11-2.16	4.6	0.772	1	20882	4543	0.772	100
2.16-2.22	4.6	0.583	1.3	20283	4411	0.583	100
2.22-2.29	4.6	0.509	1.4	19744	4293	0.509	100
2.29-2.36	4.6	0.441	1.7	19291	4198	0.441	100
2.36-2.44	4.6	0.372	2	18739	4067	0.372	100
2.44-2.52	4.6	0.299	2.5	17977	3915	0.299	100
2.52-2.62	4.6	0.253	2.9	17542	3814	0.253	100
2.62-2.72	4.6	0.207	3.5	16765	3646	0.207	100
2.72-2.85	4.6	0.173	4.3	16251	3523	0.173	100
2.85-2.98	4.6	0.145	5	15360	3355	0.145	100
2.98-3.15	4.6	0.136	5.2	14662	3216	0.136	100
3.15-3.34	4.5	0.111	6.1	13845	3044	0.111	100
3.34-3.57	4.5	0.091	7	12938	2859	0.091	100
3.57-3.85	4.5	0.077	8.4	12163	2687	0.077	100
3.85-4.22	4.5	0.072	3.3	11166	2468	0.072	100
4.22-4.72	4.5	0.07	8.7	10079	2250	0.07	100
4.72-5.45	4.4	0.081	7.5	8895	2008	0.081	100
5.45-6.67	4.4	0.081	7.7	7477	1715	0.081	100
6.67-9.44	4.3	0.071	6.3	5816	1353	0.071	99.9
9.44-29.975	4	0.082	3.9	3004	756	0.082	96

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SOLVE		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.11→29.975 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.222 / SU ML: 0.099 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.14
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.192	3141	5.1 %	RANDOM
R_work	0.158	-	-	-
obs	0.16	62056	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.34 Å² / B_iso mean: 35.536 Å² / B_iso min: 14.02 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.55 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→29.975 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6252	0	56	402	6710

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	6479
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4518
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.579	1.991	8741
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.989	3	11056
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.776	5	800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.837	24.364	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.985	15	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.516	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	973
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7068
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	4663
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	3085
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	3146
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	363
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.187	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.29	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.137	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.062	3	4391
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.615	3	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.585	5	6350
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.08	8	2801
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.466	11	2383

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 5258 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.3	0.5
MEDIUM THERMAL	1.07	2

LS精密化シェル

解像度: 2.11→2.165 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	214	-
R_work	0.232	4323	-
all	-	4537	-
obs	-	-	99.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3792	-0.0533	-0.5225	1.1363	0.1727	1.3055	0.0761	0.1591	0.1812	-0.385	0.0746	-0.2231	-0.1498	0.1221	-0.1507	0.0034	-0.0099	0.0981	-0.083	0.0227	-0.0308	49.7059	85.1569	26.3326
2	0.7903	-0.1192	-0.0601	0.7292	-0.1433	0.9293	0.0176	-0.1094	-0.0293	-0.0377	0.0501	0.0272	-0.0454	-0.0345	-0.0678	-0.1505	0.0048	0.0259	-0.0892	0.0364	-0.1013	35.9672	83.6177	51.0066

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 394
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 394

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)