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- PDB-3f9r: Crystal Structure of Trypanosoma Brucei phosphomannosemutase, TB.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f9r
タイトルCrystal Structure of Trypanosoma Brucei phosphomannosemutase, TB.10.700.370
要素Phosphomannomutase
キーワードISOMERASE / trypanosome glycobiology structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


mannose biosynthetic process / phosphomannomutase / phosphomannomutase activity / GDP-mannose biosynthetic process / mannose metabolic process / glycosome / protein N-linked glycosylation / ciliary plasm / nucleoplasm / metal ion binding ...mannose biosynthetic process / phosphomannomutase / phosphomannomutase activity / GDP-mannose biosynthetic process / mannose metabolic process / glycosome / protein N-linked glycosylation / ciliary plasm / nucleoplasm / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic phosphomannomutase, cap domain / Phosphomannomutase / Phosphomannomutase, cap domain / Eukaryotic phosphomannomutase / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold ...Eukaryotic phosphomannomutase, cap domain / Phosphomannomutase / Phosphomannomutase, cap domain / Eukaryotic phosphomannomutase / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphomannomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Lam, A. / Ali, A. / Lin, Y.H. / Guther, L. / Shamshad, A. / MacKenzie, F. / Bandini, G. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. ...Wernimont, A.K. / Lam, A. / Ali, A. / Lin, Y.H. / Guther, L. / Shamshad, A. / MacKenzie, F. / Bandini, G. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Ferguson, M.A.J. / Hui, R. / Qiu, W. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Trypanosoma Brucei phosphomannosemutase, TB.10.700.370
著者: Wernimont, A.K. / Lam, A. / Ali, A. / Lin, Y.H. / Guther, L. / Shamshad, A. / Bandini, G. / MacKenzie, F. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / ...著者: Wernimont, A.K. / Lam, A. / Ali, A. / Lin, Y.H. / Guther, L. / Shamshad, A. / Bandini, G. / MacKenzie, F. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Zhao, Y. / Schapira, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Ferguson, M.A.J. / Hui, R. / Qiu, W.
履歴
登録2008年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphomannomutase
B: Phosphomannomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1946
ポリマ－55,9532
非ポリマー2414
水6,810378
1
A: Phosphomannomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0973
ポリマ－27,9771
非ポリマー1202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphomannomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0973
ポリマ－27,9771
非ポリマー1202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.927, 46.994, 94.494
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-427-

HOH

21A-448-

HOH

31B-447-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Phosphomannomutase


分子量: 27976.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: Tb10.70.0370, TB10.700.370 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): dh5a / 参照: UniProt: Q38AW2, phosphomannomutase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 2.0 M (NH4)2SO4, 0.2 M NaCl, 0.1 M NaCacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5408 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5408 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 44920 / Num. obs: 44877 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 29.343 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rsym value: 0.115 / Χ2: 1.421 / Net I/σ(I): 17.834
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.862 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 4370 / Rsym value: 0.638 / Χ2: 0.759 / % possible all: 99.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å28.2 Å
Translation2.5 Å28.2 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / WRfactor Rfree: 0.269 / WRfactor Rwork: 0.204 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.763 / SU B: 7.576 / SU ML: 0.119 / SU R Cruickshank DPI: 0.169 / SU Rfree: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 2074 5 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.202 41076 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.02 Å2 / Biso mean: 31.63 Å2 / Biso min: 12.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2--1.03 Å20 Å2
3----0.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3931 0 12 378 4321
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0224013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4711.9575414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1195494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.76423.876209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.51715701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.141534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023082
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21960
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.22791
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1970.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8021.52518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.20423914
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.20331688
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2154.51498
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 168 -
Rwork0.266 2829 -
all-2997 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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