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- PDB-3f9k: Two domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f9k
タイトルTwo domain fragment of HIV-2 integrase in complex with LEDGF IBD
要素
  • Integrase
  • PC4 and SFRS1-interacting protein
キーワードVIRAL PROTEIN / RECOMBINATION / Protein-protein complex / AIDS / DNA integration / endonuclease / magnesium / metal-binding / multifunctional enzyme / nuclease / nucleotidyltransferase / nucleus / transferase / viral nucleoprotein / virion / DNA-binding / host-virus interaction / transcription / transcription regulation / zinc binding / HHCC motif
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-2 retropepsin / supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Vpr-mediated nuclear import of PICs / mRNA 5'-splice site recognition / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection ...HIV-2 retropepsin / supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Vpr-mediated nuclear import of PICs / mRNA 5'-splice site recognition / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / heterochromatin / nuclear periphery / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / euchromatin / DNA integration / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / viral penetration into host nucleus / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / response to heat / viral nucleocapsid / response to oxidative stress / DNA recombination / DNA-binding transcription factor binding / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / lipid binding / chromatin binding / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Conserved domain common to transcription factors TFIIS, elongin A, CRSP70 / Lens epithelium-derived growth factor, integrase-binding domain / HIV integrase-binding domain superfamily / Lens epithelium-derived growth factor (LEDGF) / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / TFIIS/LEDGF domain superfamily / domain with conserved PWWP motif / gag protein p24 N-terminal domain / PWWP domain ...Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Conserved domain common to transcription factors TFIIS, elongin A, CRSP70 / Lens epithelium-derived growth factor, integrase-binding domain / HIV integrase-binding domain superfamily / Lens epithelium-derived growth factor (LEDGF) / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / TFIIS/LEDGF domain superfamily / domain with conserved PWWP motif / gag protein p24 N-terminal domain / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PC4 and SFRS1-interacting protein / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 2 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Hare, S. / Cherepanov, P.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2009
タイトル: A novel co-crystal structure affords the design of gain-of-function lentiviral integrase mutants in the presence of modified PSIP1/LEDGF/p75
著者: Hare, S. / Shun, M.C. / Gupta, S.S. / Valkov, E. / Engelman, A. / Cherepanov, P.
履歴
登録2008年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Integrase
B: Integrase
C: PC4 and SFRS1-interacting protein
E: Integrase
F: Integrase
G: PC4 and SFRS1-interacting protein
I: Integrase
J: Integrase
K: PC4 and SFRS1-interacting protein
M: Integrase
N: Integrase
O: PC4 and SFRS1-interacting protein
Q: Integrase
R: Integrase
S: PC4 and SFRS1-interacting protein
U: Integrase
V: Integrase
W: PC4 and SFRS1-interacting protein
Y: Integrase
Z: Integrase
a: PC4 and SFRS1-interacting protein
c: Integrase
d: Integrase
e: PC4 and SFRS1-interacting protein
g: Integrase
h: Integrase
i: PC4 and SFRS1-interacting protein
k: Integrase
l: Integrase
m: PC4 and SFRS1-interacting protein
o: Integrase
p: Integrase
q: PC4 and SFRS1-interacting protein
s: Integrase
t: Integrase
u: PC4 and SFRS1-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)703,19484
ポリマ－701,04036
非ポリマー2,15348
水00
1
A: Integrase
B: Integrase
C: PC4 and SFRS1-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5997
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非ポリマー1794
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
E: Integrase
F: Integrase
G: PC4 and SFRS1-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
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タイプ名称対称操作数
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ヘテロ分子


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ヘテロ分子


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タイプ名称対称操作数
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ヘテロ分子


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ヘテロ分子


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ヘテロ分子


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ヘテロ分子


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ヘテロ分子


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ヘテロ分子


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ヘテロ分子


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G: PC4 and SFRS1-interacting protein
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i: PC4 and SFRS1-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,79821
ポリマ－175,2609
非ポリマー53812
水0
タイプ名称対称操作数
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Buried area21630 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area57310 Å2
手法PISA
14
A: Integrase
B: Integrase
C: PC4 and SFRS1-interacting protein
I: Integrase
J: Integrase
K: PC4 and SFRS1-interacting protein
Y: Integrase
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a: PC4 and SFRS1-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,79821
ポリマ－175,2609
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水0
タイプ名称対称操作数
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ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,79821
ポリマ－175,2609
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手法PISA
16
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N: Integrase
O: PC4 and SFRS1-interacting protein
Q: Integrase
R: Integrase
S: PC4 and SFRS1-interacting protein
c: Integrase
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e: PC4 and SFRS1-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,79821
ポリマ－175,2609
非ポリマー53812
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21690 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area57250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)201.360, 202.500, 280.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
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81c
91g
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93i
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113q
123u

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A4 - 207
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12112s - A4 - 207
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7232a - A395 - 419
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NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 ...
Integrase


分子量: 23672.033 Da / 分子数: 24
断片: N-terminal and catalytic domains, UNP residues 1173-1380
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 2 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / プラスミド: pCDF-HIV2-IN(NTD+CCD) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PC2 / 参照: UniProt: P04584
#2: タンパク質
PC4 and SFRS1-interacting protein / LEDGF / Lens epithelium-derived growth factor / Transcriptional coactivator p75/p52 / Dense fine ...LEDGF / Lens epithelium-derived growth factor / Transcriptional coactivator p75/p52 / Dense fine speckles 70 kDa protein / DFS 70 / CLL-associated antigen KW-7


分子量: 11075.970 Da / 分子数: 12
断片: LEDGF, Integrase binding domain, UNP residues 347-435
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSIP1, DFS70, LEDGF, PSIP2 / プラスミド: pES-IBD-3C7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PC2 / 参照: UniProt: O75475
#3: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.84 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.6M sodium acetate, 10mM MgCl2, 0.1M Bis-Tris Propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9802 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月20日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9802 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 188554 / Num. obs: 188411 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rsym value: 0.161 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.562 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.562 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0067精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2B4J (chains A and C), 1K6Y (chain A residue 1-43)

2b4j

1k6y


解像度: 3.2→34.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / Redundancy reflection obs: 7.9 / SU B: 17.513 / SU ML: 0.291 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.374 / ESU R Free: 0.39 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, The structure was refined also with PHENIX
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23421 9726 5.2 %THIN SHELLS
Rwork0.22489 ---
obs0.22538 178727 100 %-
all-178727 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→34.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数46692 0 48 0 46740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02247580
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9481.93364248
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.86755880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.02924.8352184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.683158712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.85715252
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.27356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02135124
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1531.529424
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.34247616
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.782318156
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1784.516632
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A816tight positional0.010.05
12F816tight positional0.010.05
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16a816tight positional0.010.05
17g816tight positional0.010.05
18c816tight positional0.010.05
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LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.315 13681 -
obs-13681 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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