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万見
- PDB-3f89: NEMO CoZi domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f89
タイトルNEMO CoZi domain
要素NF-kappa-B essential modulator
キーワードTRANSCRIPTION / NF-kB signaling / Ubiquitin binding / Coiled coil / Cytoplasm / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription regulation / Ubl conjugation / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


SLC15A4:TASL-dependent IRF5 activation / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / SUMOylation of immune response proteins / Regulation of NF-kappa B signaling / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / Regulation of TNFR1 signaling ...SLC15A4:TASL-dependent IRF5 activation / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / SUMOylation of immune response proteins / Regulation of NF-kappa B signaling / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / Regulation of TNFR1 signaling / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / IkappaB kinase complex / TRAF6 mediated NF-kB activation / Ovarian tumor domain proteases / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / linear polyubiquitin binding / PKR-mediated signaling / Activation of NF-kappaB in B cells / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / FCERI mediated NF-kB activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Interleukin-1 signaling / Downstream TCR signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / Ub-specific processing proteases / anoikis / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / B cell homeostasis / positive regulation of macroautophagy / canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / signaling adaptor activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein heterodimerization activity / DNA damage response / positive regulation of gene expression / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nemo cc2-lz domain - 1d5 darpin complex / NF-kappa-B essential modulator NEMO, N-terminal / : / NF-kappa-B essential modulator NEMO / C2H2 type zinc-finger / NEMO, Zinc finger / Zinc finger CCHC NOA-type profile. / NF-kappa-B essential modulator NEMO, CC2-LZ domain / Leucine zipper of domain CC2 of NEMO, NF-kappa-B essential modulator / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Nemo cc2-lz domain - 1d5 darpin complex / NF-kappa-B essential modulator NEMO, N-terminal / : / NF-kappa-B essential modulator NEMO / C2H2 type zinc-finger / NEMO, Zinc finger / Zinc finger CCHC NOA-type profile. / NF-kappa-B essential modulator NEMO, CC2-LZ domain / Leucine zipper of domain CC2 of NEMO, NF-kappa-B essential modulator / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NF-kappa-B essential modulator
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rahighi, S. / Ikeda, F. / Kawasaki, M. / Akutsu, M. / Suzuki, N. / Kato, R. / Kensche, T. / Uejima, T. / Bloor, S. / Komander, D. ...Rahighi, S. / Ikeda, F. / Kawasaki, M. / Akutsu, M. / Suzuki, N. / Kato, R. / Kensche, T. / Uejima, T. / Bloor, S. / Komander, D. / Randow, F. / Wakatsuki, S. / Dikic, I.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009
タイトル: Specific recognition of linear ubiquitin chains by NEMO is important for NF-kappaB activation
著者: Rahighi, S. / Ikeda, F. / Kawasaki, M. / Akutsu, M. / Suzuki, N. / Kato, R. / Kensche, T. / Uejima, T. / Bloor, S. / Komander, D. / Randow, F. / Wakatsuki, S. / Dikic, I.
履歴
登録2008年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NF-kappa-B essential modulator
B: NF-kappa-B essential modulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5542
ポリマ－21,5542
非ポリマー00
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area12320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.088, 85.088, 101.207
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 NF-kappa-B essential modulator / NEMO / NF-kappa-B essential modifier / Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit gamma / ...NEMO / NF-kappa-B essential modifier / Inhibitor of nuclear factor kappa-B kinase subunit gamma / IkB kinase subunit gamma / I-kappa-B kinase gamma / IKK-gamma / IKKG / IkB kinase-associated protein 1 / IKKAP1 / mFIP-3


分子量: 10777.210 Da / 分子数: 2 / 断片: CC2-LZ, CoZi domain / 変異: K285N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 / 参照: UniProt: O88522
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.05 % / Mosaicity: 0.802 °
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月30日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 14 % / 数: 151051 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1.1 / D res high: 2.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 10752 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.815099.810.050.97812.6
4.625.8110010.0531.04113.8
4.034.6210010.0510.99514
3.664.0310010.0711.06414.2
3.43.6610010.1061.05214.3
3.23.410010.1871.09214.3
3.043.210010.2691.13514.4
2.913.0410010.3291.17314.3
2.82.9110010.4341.21514.4
2.72.810010.6281.22514.4
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 9693 / Num. obs: 9684 / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Num. unique all: 929

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 3.46 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.28 / 反射: 5147
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se600.3120.610.0780.969
2Se600.3270.6550.0610.672
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
12.38-500.27283
7.83-12.380.32450
6.13-7.830.38549
5.2-6.130.3638
4.6-5.20.29715
4.16-4.60.27769
3.83-4.160.25844
3.57-3.830.23899

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.13位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→42.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.882 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.83 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 14.314 / SU ML: 0.278 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.53 / ESU R Free: 0.351 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31 466 4.8 %RANDOM
Rwork0.284 ---
obs0.285 9659 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.97 Å2 / Biso mean: 51.408 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å20 Å20 Å2
2---0.82 Å20 Å2
3---1.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→42.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1384 0 0 69 1453
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221397
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3281.9791868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7335163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.26626.66784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.01315303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.099158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2205
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021044
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2520.2713
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.2928
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2610.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3880.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6451.5844
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.18821322
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.163591
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0384.5546
LS精密化 シェル解像度: 2.798→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.492 35 -
Rwork0.397 660 -
all-695 -
obs--99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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