PDB-3f84: Structure of fusion complex of major pilin CfaB and major pilin C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3f84

タイトル

Structure of fusion complex of major pilin CfaB and major pilin CfaB of CFA/I pilus from ETEC E. coli

要素

CFA/I fimbrial subunit B

キーワード

CELL ADHESION / ETEC / CFA/I / fimbriae / pilus / E. coli / diarrhea / CfaBB / Cell projection / Fimbrium

機能・相同性

CFA/I fimbrial subunit E, pilin domain / Fimbrial major subunit, CS1-type / CS1 type fimbrial major subunit / pilus / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / CFA/I fimbrial subunit B / CFA/I fimbrial subunit B

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Xia, D. / Li, Y.F.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structure of CFA/I fimbriae from enterotoxigenic Escherichia coli.
著者: Li, Y.F. / Poole, S. / Nishio, K. / Jang, K. / Rasulova, F. / McVeigh, A. / Savarino, S.J. / Xia, D. / Bullitt, E.

履歴

登録	2008年11月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年8月16日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3f84.cif.gz	124.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3f84.ent.gz	97.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3f84.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/3f84 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/3f84	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f83C 3f85C 2hb0 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3d37-d 2jix-3 4e2h-d 4ofl-d 4bfb-d 2jix-1 1mvk-d 5d96-2 4ezu-3 6wgl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CFA/I fimbrial subunit B

B: CFA/I fimbrial subunit B

64.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.151, 134.217, 65.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LEU	LEU	ALA	ALA	2	A	A	4 - 19	4 - 19
2	1	1	LEU	LEU	ALA	ALA	2	B	B	4 - 19	4 - 19
1	2	1	GLU	GLU	ASP	ASP	2	A	A	28 - 40	28 - 40
2	2	1	GLU	GLU	ASP	ASP	2	B	B	28 - 40	28 - 40
1	3	1	LYS	LYS	ASP	ASP	2	A	A	44 - 51	44 - 51
2	3	1	LYS	LYS	ASP	ASP	2	B	B	44 - 51	44 - 51
1	4	1	GLN	GLN	GLY	GLY	2	A	A	54 - 94	54 - 94
2	4	1	GLN	GLN	GLY	GLY	2	B	B	54 - 94	54 - 94
1	5	1	GLY	GLY	SER	SER	2	A	A	97 - 99	97 - 99
2	5	1	GLY	GLY	SER	SER	2	B	B	97 - 99	97 - 99
1	6	1	LEU	LEU	ALA	ALA	2	A	A	104 - 109	104 - 109
2	6	1	LEU	LEU	ALA	ALA	2	B	B	104 - 109	104 - 109
1	7	1	GLY	GLY	THR	THR	2	A	A	120 - 131	120 - 131
2	7	1	GLY	GLY	THR	THR	2	B	B	120 - 131	120 - 131
1	8	1	GLN	GLN	VAL	VAL	2	A	A	138 - 149	138 - 149
2	8	1	GLN	GLN	VAL	VAL	2	B	B	138 - 149	138 - 149
1	1	2	PRO	PRO	SER	SER	3	A	A	151 - 172	151 - 172
2	1	2	PRO	PRO	SER	SER	3	B	B	151 - 172	151 - 172
1	2	2	THR	THR	THR	THR	3	A	A	177 - 189	177 - 189
2	2	2	THR	THR	THR	THR	3	B	B	177 - 189	177 - 189
1	3	2	ASP	ASP	ASP	ASP	3	A	A	191 - 208	191 - 208
2	3	2	ASP	ASP	ASP	ASP	3	B	B	191 - 208	191 - 208
1	4	2	GLN	GLN	ALA	ALA	3	A	A	215 - 236	215 - 236
2	4	2	GLN	GLN	ALA	ALA	3	B	B	215 - 236	215 - 236
1	5	2	LEU	LEU	ALA	ALA	3	A	A	239 - 260	239 - 260
2	5	2	LEU	LEU	ALA	ALA	3	B	B	239 - 260	239 - 260
1	6	2	SER	SER	THR	THR	3	A	A	274 - 282	274 - 282
2	6	2	SER	SER	THR	THR	3	B	B	274 - 282	274 - 282
1	7	2	LYS	LYS	VAL	VAL	3	A	A	288 - 300	288 - 300
2	7	2	LYS	LYS	VAL	VAL	3	B	B	288 - 300	288 - 300

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	CFA/I fimbrial subunit B / CFA/I pilin / Colonization factor antigen I subunit B / CFA/I antigen 分子量: 32452.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: fusion complex of two CFA/I fimbrial subunits B / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cfaB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02971, UniProt: E3PPC4*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

CFA/I fimbrial subunit B / CFA/I pilin / Colonization factor antigen I subunit B / CFA/I antigen

分子量: 32452.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: fusion complex of two CFA/I fimbrial subunits B / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cfaB / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02971, UniProt: E3PPC4*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.34 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法詳細: The protein, 10 mg/ml in a buffer containing 20 mM Tris-HCl (pH 7.5) and 200 mM NaCl, was mixed in a 1:1 ratio with a well solution containing 30% PEG 8000 and 200 mM ammonium sulfate. VAPOR DIFFUSION

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→15 Å / Num. obs: 32280 / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 15.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.911 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.874 / SU B: 9.742 / SU ML: 0.235 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.418 / ESU R Free: 0.288 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29392	577	2.1 %	RANDOM
R_work	0.24247	-	-	-
obs	0.24356	27000	98.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.834 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.77 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.54 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4398	0	0	174	4572

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	4461
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.377	1.96	6096
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.274	10	607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.608	27.071	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	5.163	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	771
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.02	3234
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.151	0.2	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.264	0.2	2939
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	235
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.148	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.108	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.961	1.5	3031
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.775	2	4906
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.027	3	1430
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.78	4.5	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	444	tight positional	0.14	0.05
2	476	tight positional	0.13	0.05
1	360	medium positional	0.35	0.5
2	397	loose positional	0.39	5
1	444	tight thermal	0.4	0.5
2	476	tight thermal	0.48	0.5
1	360	medium thermal	1.37	2
2	397	loose thermal	2.52	10

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.332	49
R_work	0.254	1767

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6386	1.5602	-0.3715	4.54	-1.031	6.0988	0.0048	0.2438	0.1154	-0.318	0.2249	0.0263	0.5486	0.3285	-0.2297	0.0482	0.0637	-0.0762	0.1781	-0.0426	0.1563	15.1258	60.1326	-23.9121
2	1.6843	-0.4808	0.5677	4.2428	-1.7211	6.0754	-0.0621	0.0059	-0.0217	-0.1257	0.0815	0.2264	-0.7393	-0.1085	-0.0194	0.1573	-0.0281	-0.0324	0.1799	0.005	0.2397	1.794	26.3125	10.2022
3	2.1877	-1.6391	1.1534	7.6173	-3.9233	2.5947	-0.0979	-0.2064	-0.557	0.2332	0.0561	-0.0111	-0.0797	0.1808	0.0418	0.611	-0.0113	-0.1041	0.3695	-0.0059	0.446	13.206	30.6695	39.1488
4	3.1719	1.6352	-1.5019	3.3549	-1.9133	4.9985	-0.027	0.0711	0.0204	-0.0777	0.159	-0.0487	0.0682	-0.0861	-0.132	0.0971	-0.0014	-0.0109	0.1791	-0.045	0.2118	12.7701	66.9435	4.2736

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 151	1 - 151
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	152 - 301	152 - 301
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	1 - 151	1 - 151
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	152 - 302	152 - 302

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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