PDB-3f83: Structure of fusion complex of the minor pilin CfaE and major pil...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3f83

タイトル

Structure of fusion complex of the minor pilin CfaE and major pilin CfaB of CFA/I pili from ETEC E. coli

要素

Fusion of the minor pilin CfaE and major pilin CfaB

キーワード

CELL ADHESION / ETEC / E. coli / CFA/I / CfaE / CfaB / Diarrhea / pili / fimbriae / Cell projection / Fimbrium

機能・相同性

機能・相同性情報

pilus
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Xia, D. / Li, Y.F.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structure of CFA/I fimbriae from enterotoxigenic Escherichia coli.
著者: Li, Y.F. / Poole, S. / Nishio, K. / Jang, K. / Rasulova, F. / McVeigh, A. / Savarino, S.J. / Xia, D. / Bullitt, E.

履歴

登録	2008年11月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年8月16日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3f83.cif.gz	116.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3f83.ent.gz	88.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3f83.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3f83_validation.pdf.gz	433.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3f83_full_validation.pdf.gz	441.7 KB	表示
XML形式データ	3f83_validation.xml.gz	21.8 KB	表示
CIF形式データ	3f83_validation.cif.gz	31.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/3f83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/3f83	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f84C 3f85C 2hb0 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cv7-d 2r1a-2 2r19-1 3lbx-d 6gy7-2 1wmg-d 5t4m-1 3edv-3 5t4m-2 5cyx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fusion of the minor pilin CfaE and major pilin CfaB

ヘテロ分子

56.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.914, 45.405, 128.473
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.40, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fusion of the minor pilin CfaE and major pilin CfaB / Colonization factor antigen I subunit E / CFA/I pilin / Colonization factor antigen I subunit B / ...Colonization factor antigen I subunit E / CFA/I pilin / Colonization factor antigen I subunit B / CFA/I antigen 分子量: 56371.102 Da / 分子数: 1 / 断片: Fusion of CfaE and CfaB / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CfaE,cfaB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25734, UniProt: P02971
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.17 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / pH: 4 詳細: The CfaEB protein was solubilized in a buffer containing 20 mM MES at pH 6.0 plus 100 mM NaCl. Crystallization was done in hanging drop setup of 1ul of protein solution with 1ul of well ...詳細: The CfaEB protein was solubilized in a buffer containing 20 mM MES at pH 6.0 plus 100 mM NaCl. Crystallization was done in hanging drop setup of 1ul of protein solution with 1ul of well solution consisting of 10-11% PEG 8000, 200 mM ammonium sulfate, 100 mM citrate at pH 4.0, VAPOR DIFFUSION

結晶

マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.17 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法 / pH: 4
詳細: The CfaEB protein was solubilized in a buffer containing 20 mM MES at pH 6.0 plus 100 mM NaCl. Crystallization was done in hanging drop setup of 1ul of protein solution with 1ul of well ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.75 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.75 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→49 Å / % possible obs: 92 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 23

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 6.32 / SU ML: 0.152 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23438	2273	7.1 %	RANDOM
R_work	0.19349	-	-	-
obs	0.1965	29552	92.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.651 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.84 Å²	0 Å²	-1.72 Å²
2-	-	6.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3856	0	16	192	4064

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.021	3941
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.58	1.959	5367
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.955	3	507
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.14	15	703
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.21	0.2	626
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2937
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.3	1470
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.5	435
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.183	0.3	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.263	0.5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.267	1.5	2527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.275	2	4093
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.781	3	1414
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.97	4.5	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.248	105
R_work	0.226	1588

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1321	1.6788	0.9839	2.396	1.1804	2.7714	-0.1403	0.5459	-0.2344	-0.2708	0.2197	-0.0746	0.1063	0.024	-0.0794	0.0589	0.0079	0.0429	0.0358	-0.0263	0.0609	-9.8032	-7.7673	43.6417
2	4.9845	2.1489	3.4088	1.8501	1.7558	3.272	0.0726	0.2317	-0.3726	0.0188	0.1033	-0.3346	0.0909	0.4591	-0.1759	0.0593	0.0185	0.0369	0.1604	0.0023	0.1298	21.5115	10.7486	77.2592
3	2.9533	0.2805	0.4514	2.3106	1.8343	7.7437	0.016	0.093	-0.0435	0.0504	-0.039	-0.0541	-0.1192	-0.0686	0.023	0.2056	-0.0539	-0.0565	0.2071	0.0093	0.2016	41.9769	31.0642	119.0622

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	24 - 201	2 - 179
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	202 - 376	180 - 354
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	377 - 529	355 - 507

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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