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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3f7t | ||||||
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タイトル | Structure of active IspH shows a novel fold with a [3Fe-4S] cluster in the catalytic centre | ||||||
![]() | 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / pseudo-C3-symmetry / unprecedent fold for FeS-cluster proteins / Iron / Iron-sulfur / Isoprene biosynthesis / Metal-binding / NADP / PROTEIN BINDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase activity / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate reductase / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Graewert, T. / Eppinger, J. / Rohdich, F. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Groll, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of active IspH enzyme from Escherichia coli provides mechanistic insights into substrate reduction. 著者: Grawert, T. / Rohdich, F. / Span, I. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Eppinger, J. / Groll, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 142.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 111.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 484.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 497.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 310 / Label seq-ID: 13 - 322
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詳細 | Asymmetric unit contains two biological assemblies; IspH protein is monomeric |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36223.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cytosolic protein / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P62623, 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.87 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.6 M Potassium Phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年8月19日 / 詳細: SILICON OPTICS | |||||||||
放射 | モノクロメーター: double bounce Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.8→40 Å / Num. all: 78209 / Num. obs: 78209 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 35.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 10654 / % possible all: 96 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.156 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→15 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2390 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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