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- PDB-3f7l: X-ray Crystal Structure of Alvinella pompejana Cu,Zn Superoxide D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f7l
タイトルX-ray Crystal Structure of Alvinella pompejana Cu,Zn Superoxide Dismutase
要素Copper,Zinc Superoxide Dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE (SUPEROXIDE ACCEPTOR) / superoxide dismutase / Greek key beta-barrel / amyloid filaments / ALS / FALS / Lou Gehrig's disease / amyotrophic lateral sclerosis / Alvinella pompejana / Pompeii worm / eukaryotic thermophile / thermostable protein
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / COPPER (II) ION / COPPER (I) ION / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Alvinella pompejana (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.99 Å
データ登録者Shin, D.S. / DiDonato, M. / Barondeau, D.P. / Getzoff, E.D. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Superoxide Dismutase from the Eukaryotic Thermophile Alvinella pompejana: Structures, Stability, Mechanism, and Insights into Amyotrophic Lateral Sclerosis.
著者: Shin, D.S. / Didonato, M. / Barondeau, D.P. / Hura, G.L. / Hitomi, C. / Berglund, J.A. / Getzoff, E.D. / Cary, S.C. / Tainer, J.A.
履歴
登録2008年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper,Zinc Superoxide Dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,63413
ポリマ－15,7221
非ポリマー91212
水6,377354
1
A: Copper,Zinc Superoxide Dismutase
ヘテロ分子

A: Copper,Zinc Superoxide Dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,26926
ポリマ－31,4452
非ポリマー1,82424
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
Buried area3660 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area13780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.493, 62.493, 163.191
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-211-

SO4

21A-418-

HOH

詳細The second subunit of the dimer is generated by the operators y-x,y,1/2-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Copper,Zinc Superoxide Dismutase


分子量: 15722.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alvinella pompejana (無脊椎動物)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6CHW7*PLUS, superoxide dismutase

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非ポリマー , 7種, 366分子

#2: 化合物 ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.95 %
結晶化温度: 298 K / pH: 5.5
詳細: 55% saturated ammonium sulfate, 100 mM Na citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 0.954
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月14日
放射モノクロメーター: SIBYLS KOHZU DUAL DOUBLE SI(111) CRYSTAL MONOCHROMATOR (DDCM)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.99→50 Å / Num. obs: 98085 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 15.45
反射 シェル解像度: 0.99→1.03 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.503 / Rsym value: 0.291 / % possible all: 54

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PU0

1pu0


解像度: 0.99→45 Å / Num. parameters: 13842 / Num. restraintsaints: 16320 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.138 4911 5.011 %RANDOM
all0.13 97995 --
obs0.112 ---
Refine analyzeNum. disordered residues: 10 / Occupancy sum hydrogen: 1057.75 / Occupancy sum non hydrogen: 1454.94
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.99→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1137 0 34 366 1537
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.096
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.094
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.046
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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