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- PDB-4oja: Structure of Hydra Cu-Zn superoxide dismutase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oja
タイトルStructure of Hydra Cu-Zn superoxide dismutase
要素Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードOXIDOREDUCTASE / Greek key motif / radical oxygen dismutation / cytosolic
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Hydra vulgaris (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.277 Å
データ登録者Anupama, A. / Ramaswamy, S. / Sai Sudha, P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a Cu-Zn Superoxide dismutase at an evolutionary crossroad.
著者: Subhadra, D. / Anupama, A. / Chirag, J. / Ramaswamy, S. / Sai Sudha, P.
履歴
登録2014年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0284
ポリマ－17,8031
非ポリマー2253
水1,22568
1
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子

A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0558
ポリマ－35,6052
非ポリマー4506
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/31
Buried area1400 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.360, 70.360, 148.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Superoxide dismutase [Cu-Zn]


分子量: 17802.602 Da / 分子数: 1 / 断片: cu-zn SOD, UNP residues 4-151 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hydra vulgaris (無脊椎動物) / 遺伝子: SOD1, SodA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3* / 参照: UniProt: I3V7W8, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.85 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M Sodium Acetate Trihydrate, 8% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月27日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.277→148.96 Å / Num. all: 9755 / Num. obs: 9755 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 22.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.28-2.43.80.23.6487812850.1290.25.387.2
2.4-2.5540.1973.5503212480.1160.1976.288.5
2.55-2.724.30.1793.8505111800.1080.1797.488.6
2.72-2.945.30.1693.8608411390.0850.16910.591.1
2.94-3.226.20.1613.6680311060.0730.16114.795.2
3.22-3.66.80.134.4697910330.0560.1321.998
3.6-4.167.80.0986.272159290.0390.09829.297.7
4.16-5.0980.0728.764308050.0280.07234.297.7
5.09-7.27.90.0699.551016450.0260.06931.698.2
7.2-148.967.10.04314.627233850.0170.04337.794.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å38.49 Å
Translation2.5 Å148.96 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PROCESSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SRD

1srd


解像度: 2.277→38.492 Å / FOM work R set: 0.8702 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.52 / 位相誤差: 19.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2399 974 10 %random
Rwork0.1909 ---
all0.1959 10630 --
obs0.1959 9740 91.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.484 Å2 / ksol: 0.392 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 95.34 Å2 / Biso mean: 25.31 Å2 / Biso min: 9.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.7138 Å2-0 Å20 Å2
2---3.7138 Å20 Å2
3---7.4276 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.277→38.492 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1088 0 7 68 1163
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131115
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5231505
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087158
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005207
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.328398
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2765-2.39650.30811250.24471123124886
2.3965-2.54660.28211290.23071167129687
2.5466-2.74320.30271300.22491172130288
2.7432-3.01920.28091340.1991212134691
3.0192-3.45580.22881450.1711308145396
3.4558-4.3530.21341500.16251345149597
4.353-38.49730.19841610.18431439160096

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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