PDB-3f7j: B.subtilis YvgN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3f7j

タイトル

B.subtilis YvgN

要素

YvgN protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Aldo-keto Reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

methylglyoxal reductase (NADPH) / methylglyoxal reductase (NADPH) activity / : / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Zhou, Y.F. / Lei, J. / Liang, Y.H. / Su, X.-D.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Structural and biochemical analyses of YvgN and YtbE from Bacillus subtilis
著者: Lei, J. / Zhou, Y.F. / Li, L.F. / Su, X.-D.

履歴

登録	2008年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2008年11月25日	ID: 3B3E
改定 1.0	2008年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3f7j.cif.gz	129 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3f7j.ent.gz	100.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3f7j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/3f7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/3f7j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3b3dC 3d3fC 3b3f C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1gom-d 2wzm-1 4u3v-d 3wbx-1 3d3f-2 4g5d-1 5rg8-d 4otk-d 6mkq-d 1i1x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (8)

登録構造単位

A: YvgN protein

B: YvgN protein

ヘテロ分子

64 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YvgN protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: YvgN protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.656, 123.075, 57.239
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-281- NO3
2	1	A-281- NO3
3	1	A-661- HOH

#1: タンパク質	YvgN protein / Putative reductase protein / YvgN 分子量: 31705.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yvgN / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32210
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris, 0.4M sodium nitrate, 40% PEG3350, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

EMBL/DESY, HAMBURG

/ ビームライン: BW7A / 波長: 0.96 Å

検出器

タイプ: Mar / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→66.872 Å / Num. obs: 60078 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.064 / R_sym value: 0.064 / Net I/σ(I): 9.308

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.7-1.79	5.2	0.493	1.6	44437	8520	0.493	94.5
1.79-1.9	5.3	0.309	2.5	42370	8050	0.309	94.4
1.9-2.03	5.3	0.207	3.4	40462	7676	0.207	95.5
2.03-2.19	5.3	0.136	5.5	38400	7263	0.136	97
2.19-2.4	5.3	0.101	7.2	36143	6792	0.101	98
2.4-2.69	5.4	0.077	9.5	33201	6160	0.077	98.3
2.69-3.1	5.5	0.052	13.2	29650	5436	0.052	97.6
3.1-3.8	5.5	0.036	16	25179	4610	0.036	96.8
3.8-5.38	5.5	0.027	20.9	19437	3560	0.027	95.7
5.38-37.09	5.3	0.029	17.1	10637	2011	0.029	93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.25	データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 6.252 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	1813	3 %	RANDOM
R_work	0.212	-	-	-
obs	0.214	59998	95.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 29.12 Å² / B_iso mean: 4.548 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4468	0	38	528	5034

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	4600
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.745	1.963	6208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.257	5	556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.091	25.526	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.934	15	857
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.367	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.197	0.2	673
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3486
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.28	0.2	2756
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	3153
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.251	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.329	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.316	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.352	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.596	1.5	2781
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.037	2	4447
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.986	3	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.094	4.5	1759

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.424	103	-
R_work	0.31	4191	-
all	-	4294	-
obs	-	-	94.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6201	0.2249	-0.164	2.4586	0.8706	2.8088	-0.0337	-0.0099	0.0245	-0.2088	-0.0226	0.0713	0.155	-0.0793	0.0563	-0.1951	0.0146	-0.006	-0.1463	0.0053	-0.1248	-17.6483	10.2456	-22.1653
2	0.5748	-0.3153	0.1236	2.2499	1.096	2.9142	0.0214	-0.0057	0.0082	-0.148	-0.0446	0.0456	-0.1837	-0.0503	0.0232	-0.17	-0.0022	0.0032	-0.1499	0.005	-0.1154	-18.422	41.247	-6.4538

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 276
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 276

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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