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- PDB-3f7d: SF-1 LBD bound by phosphatidylcholine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f7d
タイトルSF-1 LBD bound by phosphatidylcholine
要素
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
  • nuclear receptor SF-1
キーワードTRANSCRIPTION / nuclear receptor / coactivator peptide / ligand / phospholipid / phosphatidylcholine / transcriptional regulation / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Receptor / Transcription regulation / Zinc-finger / Activator / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


response to gonadotropin-releasing hormone / Sertoli cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of female gonad development / Nuclear Receptor transcription pathway / sex determination / positive regulation of male gonad development / luteinization / tissue development / Leydig cell differentiation ...response to gonadotropin-releasing hormone / Sertoli cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of female gonad development / Nuclear Receptor transcription pathway / sex determination / positive regulation of male gonad development / luteinization / tissue development / Leydig cell differentiation / male sex determination / maintenance of protein location in nucleus / hormone metabolic process / adrenal gland development / lncRNA binding / response to muscle activity / female gonad development / calcineurin-mediated signaling / response to dietary excess / adipose tissue development / energy homeostasis / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / transcription coregulator binding / nuclear receptor binding / respiratory electron transport chain / gluconeogenesis / mitochondrion organization / transcription coregulator activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / PML body / phospholipid binding / chromatin DNA binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / male gonad development / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to oxidative stress / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear hormone receptor family 5 / PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily ...Nuclear hormone receptor family 5 / PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P42 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha / Steroidogenic factor 1 / Steroidogenic factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sablin, E.P. / Fletterick, R.J.
引用ジャーナル: Mol.Endocrinol. / 年: 2009
タイトル: Structure of SF-1 bound by different phospholipids: evidence for regulatory ligands.
著者: Sablin, E.P. / Blind, R.D. / Krylova, I.N. / Ingraham, J.G. / Cai, F. / Williams, J.D. / Fletterick, R.J. / Ingraham, H.A.
履歴
登録2008年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年4月2日Group: Source and taxonomy
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nuclear receptor SF-1
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2583
ポリマ－29,4922
非ポリマー7661
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.895, 67.228, 82.689
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 nuclear receptor SF-1 / Steroidogenic factor-1 / Nuclear receptor subfamily 5 / group A / member 1


分子量: 27968.135 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 219-462 / 変異: C302S, C408S, C413S, C423S, C267(CAF) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nr5a1, Ftzf1, RP23-354G20.5-001 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q812G5, UniProt: P33242*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha / PPAR-gamma coactivator 1-alpha / PPARGC-1-alpha / PGC-1-alpha


分子量: 1523.854 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 137-150 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: O70343
#3: 化合物 ChemComp-P42 / (2S)-2-{[(1R)-1-hydroxyhexadecyl]oxy}-3-{[(1R)-1-hydroxyoctadecyl]oxy}propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / 1-Stearoyl-2-Palmitoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine


分子量: 766.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H88NO8P / コメント: SPPC, リン脂質*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium cacodylate, 20% PEG 3350, 0.2 M sodium acetate, 2 mM TCEP, 10% xylitol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. all: 13803 / Num. obs: 13232 / % possible obs: 95.86 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 26.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
CNS精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDb entry 1YMT

1ymt


解像度: 2.2→23.76 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 399 3.02 %
Rwork0.18 --
obs0.182 13232 95.9 %
all-13803 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.77 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→23.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1996 0 52 123 2171
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.006
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.51820.26641300.21583989X-RAY DIFFRACTION92
2.5182-3.17150.26171200.19384303X-RAY DIFFRACTION97
3.1715-23.76380.22181490.16064541X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.92790.0403-0.05321.59210.32221.0437-0.0001-0.0051-0.0471-0.13370.04420.1078-0.0475-0.0151-0.03880.03260.0037-0.00680.03250.02390.0348-76.298940.7911-25.0635
20.02810.03280.0790.38120.10110.30920.02070.0954-0.0768-0.2550.01210.1732-0.03430.09520.02970.4318-0.0579-0.12520.323-0.21360.2899-84.573635.9774-42.0542
3-0.25940.17990.04310.17590.03270.06520.15650.1275-0.07350.03060.2819-0.1042-0.0386-0.1714-0.36170.15020.02980.0320.32120.050.2854-61.552236.7247-28.7616
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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