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- PDB-3f7d: SF-1 LBD bound by phosphatidylcholine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f7d
タイトルSF-1 LBD bound by phosphatidylcholine
要素
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alphaPPARγ
  • nuclear receptor SF-1
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / nuclear receptor (核内受容体) / coactivator peptide / ligand (リガンド) / phospholipid (リン脂質) / phosphatidylcholine (ホスファチジルコリン) / transcriptional regulation / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus (Nucleus) / Receptor / Transcription regulation / Zinc-finger (ジンクフィンガー) / Activator / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


flavone metabolic process / : / : / positive regulation of cellular metabolic process / response to norepinephrine / : / euchromatin => GO:0000791 / response to metformin / cellular response to resveratrol / cellular response to nitrite ...flavone metabolic process / : / : / positive regulation of cellular metabolic process / response to norepinephrine / : / euchromatin => GO:0000791 / response to metformin / cellular response to resveratrol / cellular response to nitrite / response to gonadotropin-releasing hormone / positive regulation of progesterone biosynthetic process / Sertoli cell differentiation / response to electrical stimulus involved in regulation of muscle adaptation / reproductive process / : / cellular response to ionomycin / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of female gonad development / positive regulation of mitochondrial DNA metabolic process / positive regulation of muscle tissue development / Nuclear Receptor transcription pathway / skeletal muscle atrophy / sex determination / response to methionine / positive regulation of male gonad development / positive regulation of podocyte apoptotic process / negative regulation of smooth muscle cell migration / 黄体期 / 餓死 / calcineurin-mediated signaling / : / positive regulation of cellular respiration / response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / response to epinephrine / galactose metabolic process / positive regulation of fatty acid oxidation / chromatin => GO:0000785 / tissue development / cellular response to fructose stimulus / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / response to L-leucine / cellular response to potassium ion / autophagy of mitochondrion / Leydig cell differentiation / : / male sex determination / apical dendrite / maintenance of protein location in nucleus / cellular response to interleukin-6 / hormone metabolic process / cellular response to thyroid hormone stimulus / peroxisome proliferator activated receptor binding / negative regulation of glycolytic process / response to muscle activity / regulation of NMDA receptor activity / adrenal gland development / female gonad development / positive regulation of ATP biosynthetic process / response to starvation / cellular response to caffeine / Β酸化 / response to dietary excess / transcription factor binding / androgen metabolic process / alpha-tubulin binding / negative regulation of mitochondrial fission / adipose tissue development / energy homeostasis / brown fat cell differentiation / cytosolic ribosome / negative regulation of signaling receptor activity / forebrain development / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / respiratory electron transport chain / response to cold / hormone-mediated signaling pathway / mitochondrion organization / cerebellum development / nuclear receptor coactivator activity / negative regulation of protein phosphorylation / response to activity / response to reactive oxygen species / cellular response to estradiol stimulus / response to ischemia / 糖新生 / transcription coregulator binding / promoter-specific chromatin binding / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / cellular response to glucose stimulus / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / transcription coregulator activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / phospholipid binding / chromatin DNA binding / PML body
類似検索 - 分子機能
PPARγ / PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Nuclear hormone receptor family 5 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain ...PPARγ / PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Nuclear hormone receptor family 5 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P42 / PPARγ / Steroidogenic factor 1 / Steroidogenic factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sablin, E.P. / Fletterick, R.J.
引用ジャーナル: Mol.Endocrinol. / 年: 2009
タイトル: Structure of SF-1 bound by different phospholipids: evidence for regulatory ligands.
著者: Sablin, E.P. / Blind, R.D. / Krylova, I.N. / Ingraham, J.G. / Cai, F. / Williams, J.D. / Fletterick, R.J. / Ingraham, H.A.
履歴
登録2008年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年4月2日Group: Source and taxonomy
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nuclear receptor SF-1
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2583
ポリマ－29,4922
非ポリマー7661
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.895, 67.228, 82.689
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 nuclear receptor SF-1 / Steroidogenic factor-1 / Nuclear receptor subfamily 5 / group A / member 1


分子量: 27968.135 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 219-462 / 変異: C302S, C408S, C413S, C423S, C267(CAF) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nr5a1, Ftzf1, RP23-354G20.5-001 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q812G5, UniProt: P33242*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha / PPARγ / PPAR-gamma coactivator 1-alpha / PPARGC-1-alpha / PGC-1-alpha


分子量: 1523.854 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 137-150 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: O70343
#3: 化合物 ChemComp-P42 / (2S)-2-{[(1R)-1-hydroxyhexadecyl]oxy}-3-{[(1R)-1-hydroxyoctadecyl]oxy}propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / 1-Stearoyl-2-Palmitoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine


分子量: 766.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H88NO8P / コメント: SPPC, リン脂質*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium cacodylate, 20% PEG 3350, 0.2 M sodium acetate, 2 mM TCEP, 10% xylitol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. all: 13803 / Num. obs: 13232 / % possible obs: 95.86 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 26.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
CNS精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDb entry 1YMT

1ymt


解像度: 2.2→23.76 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 399 3.02 %
Rwork0.18 --
obs0.182 13232 95.9 %
all-13803 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.77 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→23.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1996 0 52 123 2171
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.006
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.51820.26641300.21583989X-RAY DIFFRACTION92
2.5182-3.17150.26171200.19384303X-RAY DIFFRACTION97
3.1715-23.76380.22181490.16064541X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.92790.0403-0.05321.59210.32221.0437-0.0001-0.0051-0.0471-0.13370.04420.1078-0.0475-0.0151-0.03880.03260.0037-0.00680.03250.02390.0348-76.298940.7911-25.0635
20.02810.03280.0790.38120.10110.30920.02070.0954-0.0768-0.2550.01210.1732-0.03430.09520.02970.4318-0.0579-0.12520.323-0.21360.2899-84.573635.9774-42.0542
3-0.25940.17990.04310.17590.03270.06520.15650.1275-0.07350.03060.2819-0.1042-0.0386-0.1714-0.36170.15020.02980.0320.32120.050.2854-61.552236.7247-28.7616
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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