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- PDB-3f7c: Crystal structure of a duf416 family protein (maqu_0942) from mar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f7c
タイトルCrystal structure of a duf416 family protein (maqu_0942) from marinobacter aquaeolei vt8 at 2.00 A resolution
要素protein of unknown function (DUF416)
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性YP_001051499.1 fold like / YP_001051499.1 domain like / Protein of unknown function DUF416 / YP001051499.1-like domain superfamily / Protein of unknown function (DUF416) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / CITRIC ACID / DUF416 family protein
機能・相同性情報
生物種Marinobacter aquaeolei VT8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of protein of unknown function (DUF416) (YP_958225.1) from MARINOBACTER AQUAEOLEI VT8 at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein of unknown function (DUF416)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9943
ポリマ－22,7791
非ポリマー2152
水2,180121
1
A: protein of unknown function (DUF416)
ヘテロ分子

A: protein of unknown function (DUF416)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9886
ポリマ－45,5582
非ポリマー4304
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
Buried area6330 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area19300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.998, 76.998, 91.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 protein of unknown function (DUF416)


分子量: 22778.768 Da / 分子数: 1 / 変異: K168Y, K169Y, Q170Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinobacter aquaeolei VT8 (バクテリア)
遺伝子: Maqu_0942, YP_958225.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A1TZ69
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. THE CONSTRUCT WAS ENGINEERED WITH THREE MUTATIONS K168Y, K169Y AND Q170Y. THE SITES OF MUTATIONS WERE SELECTED FROM HIGH ENTROPY SITES PREDICTED BY THE UCLA SURFACE ENTROPY REDUCTION SERVER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 1.0M sodium citrate, 0.1M CHES pH 9.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.94645,0.97967
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月12日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射モノクロメーター: Si(111) Double Crystal Monochrometer
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.946451
20.979671
反射解像度: 2→29.424 Å / Num. obs: 20811 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 37.979 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 4.107
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2-2.055.70.8350.9865815100.83599.8
2.05-2.115.60.6970.6848915110.697100
2.11-2.175.70.4841.5836414570.484100
2.17-2.245.80.3821.9812414100.382100
2.24-2.315.70.3820.8765113540.382100
2.31-2.395.80.242.9769513340.24100
2.39-2.485.70.1833.9739012870.183100
2.48-2.585.80.1584.4706712250.158100
2.58-2.75.70.1414.2675611770.141100
2.7-2.835.80.1116.1657611410.111100
2.83-2.9880.1146861910760.114100
2.98-3.1690.1125.6902410060.112100
3.16-3.3810.60.0926.5102039630.092100
3.38-3.6511.30.0846.4101018960.084100
3.65-411.30.0758.192098130.075100
4-4.4711.40.0728.385177470.072100
4.47-5.1611.30.0698.575436680.069100
5.16-6.3211.30.0758.362675540.075100
6.32-8.94110.0735.748304390.073100
8.94-29.4310.20.0855.324712430.08597.3

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0053精密化
PHENIX精密化
SOLVE位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALA3.2.5データスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→29.424 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 6.148 / SU ML: 0.077 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.118
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 4. CITRATE AND SODIUM MODELED ARE PRESENT IN CRYSTALLIZATION CONDITION. 5. THERE ARE SOME UNMODELED NON-PROTEIN DENSITIES NEAR RESIDUE A19.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 1067 5.1 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.173 20774 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.91 Å2 / Biso mean: 35.327 Å2 / Biso min: 20.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0.06 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.424 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1564 0 14 121 1699
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221624
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021090
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5031.9782203
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92632656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9045204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.65524.580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.88115277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.811511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021833
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02332
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8843999
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5533404
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.14251591
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.518625
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.90311609
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 79 -
Rwork0.274 1431 -
all-1510 -
obs--99.8 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.9493 Å / Origin y: 33.5066 Å / Origin z: 25.0593 Å
111213212223313233
T0.0315 Å20.0158 Å20.0114 Å2-0.0534 Å2-0.006 Å2--0.0493 Å2
L1.0894 °20.2092 °20.4322 °2-0.261 °20.0495 °2--0.717 °2
S-0.0385 Å °-0.0618 Å °-0.0086 Å °-0.0495 Å °0.0329 Å °-0.0439 Å °0.0856 Å °0.1136 Å °0.0057 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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