[日本語] English
万見
- PDB-3f70: Crystal structure of L3MBTL2-H4K20me1 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f70
タイトルCrystal structure of L3MBTL2-H4K20me1 complex
要素Lethal(3)malignant brain tumor-like 2 protein
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / MBT / chromatin regulator / metal-binding / nucleus / transcription / transcription regulation / zinc-finger / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional Regulation by E2F6 / methylated histone binding / SUMOylation of chromatin organization proteins / chromatin organization / histone binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Zinc finger, FCS-type / FCS-type zinc finger superfamily / Zinc finger, FCS-type / Zinc finger FCS-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / : ...: / : / Zinc finger, FCS-type / FCS-type zinc finger superfamily / Zinc finger, FCS-type / Zinc finger FCS-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / : / mbt repeat / SH3 type barrels. - #140 / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-METHYL-LYSINE / Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Guo, Y. / Qi, C. / Allali-Hassani, A. / Pan, P. / Zhu, H. / Dong, A. / Mackenzie, F. / Crombet, L. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. ...Guo, Y. / Qi, C. / Allali-Hassani, A. / Pan, P. / Zhu, H. / Dong, A. / Mackenzie, F. / Crombet, L. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. / Vedadi, M. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Botchkarev, A. / Read, R. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: Methylation-state-specific recognition of histones by the MBT repeat protein L3MBTL2.
著者: Guo, Y. / Nady, N. / Qi, C. / Allali-Hassani, A. / Zhu, H. / Pan, P. / Adams-Cioaba, M.A. / Amaya, M.F. / Dong, A. / Vedadi, M. / Schapira, M. / Read, R.J. / Arrowsmith, C.H. / Min, J.
履歴
登録2008年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2009年1月6日ID: 3DBB
改定 1.02009年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lethal(3)malignant brain tumor-like 2 protein
B: Lethal(3)malignant brain tumor-like 2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6144
ポリマ－104,2942
非ポリマー3202
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1530 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area38780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.590, 55.489, 324.101
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Lethal(3)malignant brain tumor-like 2 protein / L(3)mbt-like 2 protein / H-l(3)mbt-like protein


分子量: 52147.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: L3MBTL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q969R5
#2: 化合物 ChemComp-MLZ / N-METHYL-LYSINE / Nε-メチルリシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 160.214 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16N2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細L3MBTL2 PROTEIN WAS CO-CRYSTALLIZED WITH H4K20ME1 BUT ONLY THE METHYLATED LYSINE MLZ IS VISIBLE IN ...L3MBTL2 PROTEIN WAS CO-CRYSTALLIZED WITH H4K20ME1 BUT ONLY THE METHYLATED LYSINE MLZ IS VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 10% PEG 4000, 0.1M Sodium Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→50 Å / Num. obs: 54977 / % possible obs: 86.9 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.281 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.06-2.133.30.72338680.863162.4
2.13-2.224.60.55948210.924177.1
2.22-2.325.30.46952260.981184.3
2.32-2.445.70.3554731.034187.8
2.44-2.65.80.25354891.137187.9
2.6-2.85.80.15655261.271187.5
2.8-3.085.70.09757021.508190.3
3.08-3.525.50.06159151.62193.3
3.52-4.445.20.05162531.491197.2
4.44-506.10.04167041.469199.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化解像度: 2.1→45.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 10.49 / SU ML: 0.142 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 2662 5 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.203 52838 88.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.79 Å2 / Biso mean: 33.105 Å2 / Biso min: 10.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6274 0 20 290 6584
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0226481
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1851.9358827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0375793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.52823.162272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.8515981
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1051531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1660.2958
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.024933
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.22739
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.24275
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2270.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1150.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4841.54125
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.31526430
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.41532847
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6754.52397
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.156 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 145 -
Rwork0.248 2782 -
all-2927 -
obs--66.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3728-0.3382-0.40061.97661.46011.6418-0.0762-0.0069-0.08120.0534-0.0030.12170.0707-0.0340.07920.15190.0130.03160.02840.01080.109222.5667-10.8276-73.7899
21.5232-0.9278-1.83370.8121.01453.31590.1936-0.03550.1118-0.0697-0.0114-0.0222-0.4928-0.0277-0.18230.23680.02320.08130.0137-0.01010.094412.009514.5879-49.5783
32.40230.45191.66480.23970.30181.15460.0063-0.02190.0173-0.0428-0.0499-0.0191-0.01620.03720.04370.03160.01590.00250.1995-0.00280.077915.77-10.9649-8.4209
40.5822-0.60720.36370.7762-0.40552.24410.10210.002-0.064-0.08580.02840.09050.1007-0.1467-0.13050.0595-0.0036-0.03040.15610.01460.0728-10.4883-9.3831-33.9578
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A172 - 317
2X-RAY DIFFRACTION2A318 - 609
3X-RAY DIFFRACTION3B172 - 321
4X-RAY DIFFRACTION4B322 - 609

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る