[日本語] English
万見
- PDB-3f6z: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa MliC in complex with ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f6z
タイトルCrystal structure of Pseudomonas aeruginosa MliC in complex with hen egg white lysozyme
要素
  • Lysozyme C
  • Putative uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE / beta barrel / Allergen / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell outer membrane / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell outer membrane / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
C-type lysozyme inhibitor / Membrane-bound lysozyme-inhibitor of c-type lysozyme / C-type lysozyme inhibitor / C-type lysozyme inhibitor superfamily / Lysozyme - #10 / Lipocalin / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 ...C-type lysozyme inhibitor / Membrane-bound lysozyme-inhibitor of c-type lysozyme / C-type lysozyme inhibitor / C-type lysozyme inhibitor superfamily / Lysozyme - #10 / Lipocalin / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Lysozyme-like domain superfamily / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysozyme C / Membrane-bound lysozyme inhibitor of C-type lysozyme
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ha, N.C. / Yum, S.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for the recognition of lysozyme by MliC, a periplasmic lysozyme inhibitor in Gram-negative bacteria.
著者: Yum, S. / Kim, M.J. / Xu, Y. / Jin, X.L. / Yoo, H.Y. / Park, J.W. / Gong, J.H. / Choe, K.M. / Lee, B.L. / Ha, N.C.
履歴
登録2008年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lysozyme C
B: Putative uncharacterized protein
C: Lysozyme C
D: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7414
ポリマ－50,7414
非ポリマー00
水12,196677
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6670 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19500 Å2
手法PISA
2
A: Lysozyme C
B: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3702
ポリマ－25,3702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area11200 Å2
手法PISA
3
C: Lysozyme C
D: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3702
ポリマ－25,3702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area11140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.970, 90.960, 49.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.170, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: white egg / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: タンパク質 Putative uncharacterized protein / MliC


分子量: 11039.226 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 27-127 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: MliC, PA0867 / プラスミド: pGEX-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I574
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 677 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.32 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.0M sodium citrate dehydrate, 0.1M HEPES (pH 7.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30.23 Å / Num. all: 35000 / Num. obs: 34458 / % possible obs: 0.997 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.41 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.208 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / Num. unique all: 5028 / Rsym value: 0.208 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GPQ

1gpq


解像度: 2.5→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.89 / Data cutoff high absF: 2469126 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 2692 10 %RANDOM
Rwork0.238 ---
all0.25 27000 --
obs0.25 26881 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.665 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 108.49 Å2 / Biso mean: 28.816 Å2 / Biso min: 9.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.07 Å20 Å2-2 Å2
2--2.62 Å20 Å2
3----0.55 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3434 0 0 677 4111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 442 9.9 %
Rwork0.243 4001 -
all-4443 -
obs-4420 99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る