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- PDB-3f5n: Structure of native human neuroserpin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f5n
タイトルStructure of native human neuroserpin
要素Neuroserpin
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / neuroserpin / serpin / cleaved form / fenib / human / tissue plasminogen activator
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic vesicle lumen / peripheral nervous system development / central nervous system development / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of neuron projection development / secretory granule lumen / perikaryon / neuronal cell body / extracellular space / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Ricagno, S. / Caccia, S. / Sorrentino, G. / Bolognesi, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Human neuroserpin: structure and time-dependent inhibition
著者: Ricagno, S. / Caccia, S. / Sorrentino, G. / Antonini, G. / Bolognesi, M.
履歴
登録2008年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Neuroserpin
B: Neuroserpin
C: Neuroserpin
D: Neuroserpin
E: Neuroserpin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,6015
ポリマ－231,6015
非ポリマー00
水00
1
A: Neuroserpin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3201
ポリマ－46,3201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neuroserpin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3201
ポリマ－46,3201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Neuroserpin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3201
ポリマ－46,3201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Neuroserpin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3201
ポリマ－46,3201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Neuroserpin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3201
ポリマ－46,3201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)171.796, 179.176, 248.263
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115A26 - 103
2115B26 - 103
1214A109 - 233
2214B109 - 233
1314A242 - 262
2314B242 - 262
1414A266 - 353
2414B266 - 353
1514A373 - 383
2514B373 - 383
1614A389 - 402
2614B389 - 402
1124A26 - 85
2124C26 - 85
1224A94 - 102
2224C94 - 102
1324A108 - 228
2324C108 - 228
1424A248 - 259
2424C248 - 259
1524A291 - 351
2524C291 - 351
1624A372 - 402
2624C372 - 402
1134A26 - 103
2134D26 - 103
1234A109 - 233
2234D109 - 233
1334A243 - 353
2334D243 - 353
1434A368 - 400
2434D368 - 400
1144A26 - 231
2144E26 - 231
1244A235 - 353
2244E235 - 353
1344A368 - 400
2344E368 - 400

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質
Neuroserpin / Serpin I1 / Protease inhibitor 12


分子量: 46320.273 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINI1, PI12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLys / 参照: UniProt: Q99574

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: Ammonium sulphate, Na cacodylate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月9日 / 詳細: Toroidal Zerodur mirror
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→20 Å / Num. obs: 66051 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 89.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 3.15→3.32 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.834 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 9605 / Rsym value: 0.834 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
BALBES位相決定
REFMAC5.4.0069精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JJO

1jjo


解像度: 3.15→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 51.266 / SU ML: 0.39 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.329 / ESU R Free: 0.437 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28315 3356 5.1 %RANDOM
Rwork0.23415 ---
obs0.23655 62671 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 86.665 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14513 0 0 0 14513
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02214796
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4181.9519960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.50551778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26925.121746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.766152644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4081565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.22202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02111164
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.391.58960
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.731214467
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.74835836
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3274.55493
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2354medium positional0.420.5
21A2243medium positional0.420.5
31A2704medium positional0.390.5
41A2682medium positional0.430.5
12B255loose positional0.545
11A2354medium thermal0.462
22C2243medium thermal0.492
32D2704medium thermal0.352
42E2682medium thermal0.342
12B255loose thermal0.3910
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.23 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 253 -
Rwork0.334 4468 -
obs--99.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8984-1.76760.64737.9034-0.70971.77020.0893-0.0247-0.02450.39430.01321.26390.0263-0.3316-0.1025-0.7319-0.06150.0462-0.1619-0.04320.0969-58.425380.4616-54.4106
27.66284.0341.24722.69650.2781.28870.3249-0.3027-0.64010.0178-0.2365-0.5543-0.1268-0.0774-0.0884-0.2906-0.0318-0.0032-0.14180.0424-0.0175-6.751470.5381-43.1732
30.68210.8809-0.23097.8335-0.99571.3240.1027-0.06140.02590.5486-0.0950.6185-0.44730.1113-0.0076-0.4333-0.0019-0.0119-0.2121-0.0531-0.2052-48.440824.5393-61.361
41.1417-0.36761.32081.3824-1.50258.29010.09630.0620.0537-0.1593-0.1765-0.13690.90310.85040.08010.1915-0.01430.0277-0.1381-0.032-0.2607-36.374437.2915-14.8077
50.77080.3633-1.18031.2208-0.80367.5192-0.0182-0.03620.06380.1608-0.0624-0.2627-1.31591.23730.08060.4887-0.525-0.06320.1055-0.0035-0.2166-26.95160.8532-106.7744
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 400
2X-RAY DIFFRACTION2B26 - 407
3X-RAY DIFFRACTION3C26 - 399
4X-RAY DIFFRACTION4D26 - 399
5X-RAY DIFFRACTION5E26 - 399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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