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- PDB-3f5c: Structure of Dax-1:LRH-1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f5c
タイトルStructure of Dax-1:LRH-1 complex
要素
  • Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1
  • Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
キーワードTRANSCRIPTION / nuclear receptor / transcriptional corepressor / regulatory complex / DNA-binding / Lipid-binding / Metal-binding / Nucleus / Receptor / Transcription regulation / Zinc / Zinc-finger / Cytoplasm / Repressor
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear receptor binding => GO:0016922 / DNA hairpin binding / Sertoli cell differentiation / : / negative regulation of steroid biosynthetic process / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / AF-2 domain binding / sex determination / pancreas morphogenesis ...nuclear receptor binding => GO:0016922 / DNA hairpin binding / Sertoli cell differentiation / : / negative regulation of steroid biosynthetic process / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / AF-2 domain binding / sex determination / pancreas morphogenesis / calcineurin-mediated signaling / gonad development / acinar cell differentiation / tissue development / negative regulation of intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / Leydig cell differentiation / male sex determination / intracellular receptor signaling pathway / bile acid metabolic process / adrenal gland development / transcription factor binding / centriolar satellite / response to immobilization stress / positive regulation of viral genome replication / hormone-mediated signaling pathway / cellular response to leukemia inhibitory factor / transcription coregulator binding / cholesterol homeostasis / protein localization / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / phospholipid binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / transcription corepressor activity / nuclear receptor activity / male gonad development / regulation of cell population proliferation / spermatogenesis / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor repeat / Nuclear receptor repeat / Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1/2 / Nuclear hormone receptor family 5 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) ...Nuclear receptor repeat / Nuclear receptor repeat / Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1/2 / Nuclear hormone receptor family 5 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Fletterick, R.J. / Sablin, E.P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: The structure of corepressor Dax-1 bound to its target nuclear receptor LRH-1.
著者: Sablin, E.P. / Woods, A. / Krylova, I.N. / Hwang, P. / Ingraham, H.A. / Fletterick, R.J.
履歴
登録2008年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
B: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1
C: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4823
ポリマ－89,4823
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.355, 103.355, 117.455
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / Liver receptor homolog 1 / LRH-1


分子量: 28731.969 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 313-560 / 変異: I525L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nr5a2, Lrh1 / プラスミド: pACYCDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Star / 参照: UniProt: P45448
#2: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1 / Nuclear receptor DAX-1


分子量: 30375.004 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 205-472 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nr0b1, Ahch, Dax1 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Star / 参照: UniProt: Q61066

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, 20% PEG 8000, 1 mM Deoxy-BigChap, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→25 Å / Num. all: 24752 / Num. obs: 24366 / % possible obs: 98.44 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
CNS精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1PK5

1pk5


解像度: 3→24.785 Å / SU ML: 0.59 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 33.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2792 700 2.87 %
Rwork0.222 --
obs0.2236 24366 98.44 %
all-24752 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.487 Å2 / ksol: 0.273 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→24.785 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4936 0 0 0 4936
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115036
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2536813
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3821863
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073781
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006861
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.23140.40251150.38274579X-RAY DIFFRACTION95
3.2314-3.55580.33931390.34749X-RAY DIFFRACTION99
3.5558-4.06830.27861430.22024730X-RAY DIFFRACTION99
4.0683-5.11820.23421740.16674745X-RAY DIFFRACTION99
5.1182-24.78610.25671290.18734863X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.4661-1.69361.48935.5721-0.01463.6729-0.2929-0.47080.88020.90520.1252-0.5328-0.38660.14420.08450.4680.1362-0.23370.3151-0.26720.437884.906941.126169.0478
25.69630.6719-0.59443.48321.13992.94960.19130.1125-0.0504-0.1627-0.12640.08860.14190.1101-0.02610.36060.1241-0.17580.31210.21930.142956.003143.500247.575
30.39340.7796-0.97655.1574.40036.1197-0.2029-0.1129-0.1102-0.08060.129-0.462-0.01850.2999-0.02210.19470.0271-0.06270.3417-0.24440.651487.90323.93245.0439
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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