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- PDB-3f59: Crystal structure of ZU5-ANK, the spectrin binding region of huma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f59
タイトルCrystal structure of ZU5-ANK, the spectrin binding region of human erythroid ankyrin
要素Ankyrin-1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / beta sandwich / ZU5 / ankyrin / spectrin binding / Alternative promoter usage / ANK repeat / Cytoskeleton / Disease mutation / Elliptocytosis / Hereditary hemolytic anemia / Lipoprotein / Membrane / Phosphoprotein / Sarcoplasmic reticulum
機能・相同性
機能・相同性情報


spectrin-associated cytoskeleton / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / NrCAM interactions / Neurofascin interactions / ankyrin-1 complex / CHL1 interactions / cytoskeletal anchor activity / M band / Interaction between L1 and Ankyrins / spectrin binding ...spectrin-associated cytoskeleton / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / NrCAM interactions / Neurofascin interactions / ankyrin-1 complex / CHL1 interactions / cytoskeletal anchor activity / M band / Interaction between L1 and Ankyrins / spectrin binding / exocytosis / axolemma / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / COPI-mediated anterograde transport / cytoskeleton organization / sarcoplasmic reticulum / protein localization to plasma membrane / sarcolemma / structural constituent of cytoskeleton / cytoplasmic side of plasma membrane / Z disc / ATPase binding / protein phosphatase binding / basolateral plasma membrane / cytoskeleton / transmembrane transporter binding / postsynaptic membrane / neuron projection / structural molecule activity / enzyme binding / signal transduction / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 - #30 / Ankyrin, UPA domain / UPA domain / : / Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 / Domain present in ZO-1 and Unc5-like netrin receptors / ZU5 domain / ZU5 domain / ZU5 domain profile. / Death domain profile. ...Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 - #30 / Ankyrin, UPA domain / UPA domain / : / Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 / Domain present in ZO-1 and Unc5-like netrin receptors / ZU5 domain / ZU5 domain / ZU5 domain profile. / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Ankyrin repeats (many copies) / Ankyrin repeat / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Ankyrin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ipsaro, J.J. / Huang, L. / Mondragon, A.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2009
タイトル: Structures of the spectrin-ankyrin interaction binding domains.
著者: Ipsaro, J.J. / Huang, L. / Mondragon, A.
履歴
登録2008年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ankyrin-1
B: Ankyrin-1
C: Ankyrin-1
D: Ankyrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,98122
ポリマ－71,5424
非ポリマー1,43818
水3,423190
1
A: Ankyrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3657
ポリマ－17,8861
非ポリマー4796
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ankyrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1254
ポリマ－17,8861
非ポリマー2403
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Ankyrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2055
ポリマ－17,8861
非ポリマー3204
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Ankyrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2856
ポリマ－17,8861
非ポリマー4005
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.040, 204.110, 43.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22B
13C
23D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A912 - 927
2114B912 - 927
3114C912 - 927
4114D907 - 927
1214A935 - 951
2214B935 - 951
3214C935 - 951
4214D935 - 951
1314A961 - 965
2314B961 - 965
3314C961 - 965
4314D961 - 965
1414A970 - 996
2414B970 - 996
3414C970 - 996
4414D970 - 996
1514A1004 - 1020
2514B1004 - 1020
3514C1004 - 1020
4514D1004 - 1020
1614A1025 - 1068
2614B1025 - 1068
3614C1025 - 1068
4614D1025 - 1068
1125A928 - 934
2125B928 - 934
1224A966 - 969
2224B966 - 969
1324A1021 - 1024
2324B1021 - 1024
1135C928 - 934
2135D928 - 934
1234C952 - 960
2234D952 - 960
1335C966 - 969
2335D966 - 969
1434C997 - 999
2434D997 - 999

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Ankyrin-1 / Erythrocyte ankyrin / Ankyrin-R


分子量: 17885.594 Da / 分子数: 4
断片: ZU5-ANK, spectrin binding region of human erythroid ankyrin: UNP residues 911-1068
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANK1, ANK / プラスミド: pICANTE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: P16157
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION


分子量: 79.904 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.77 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 4000, 0.25 M KBr, 10 mM DTT, 0.1 M MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40.8 Å / Num. all: 40191 / Num. obs: 40191 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 %
反射 シェル解像度: 2→2.09 Å / 冗長度: 4.4 % / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345CCDデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0056精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→36.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 13.02 / SU ML: 0.164 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26428 2013 5 %RANDOM
Rwork0.21554 ---
all0.21799 38127 --
obs0.21799 38127 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.427 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.79 Å20 Å21.79 Å2
2---1.22 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→36.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4729 0 18 190 4937
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224871
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023520
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2051.9896586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77438526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0085609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.63721.707205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.76315875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2471559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2750
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021002
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.06723034
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.15121218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.93964931
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.80541837
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.72861647
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1610medium positional0.440.5
11B1610medium positional0.430.5
11C1610medium positional0.40.5
11D1610medium positional0.470.5
22A170medium positional0.440.5
33A219medium positional0.30.5
22A49loose positional0.545
33A77loose positional0.985
11A1610medium thermal1.75
11B1610medium thermal1.775
11C1610medium thermal1.555
11D1610medium thermal1.655
22A170medium thermal0.565
33A219medium thermal0.975
22A49loose thermal0.5710
33A77loose thermal0.9310
LS精密化 シェル解像度: 2→2.06 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 134 -
Rwork0.27 2743 -
obs--96.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.72331.1327-0.88425.96641.0214.1256-0.07120.00780.0461-0.0101-0.1728-0.0213-0.26490.02590.24390.0265-0.0069-0.0240.00720.00710.021920.008108.8517.686
22.7336-1.0589-0.51387.6886-1.13883.5016-0.0133-0.0178-0.3260.1736-0.3777-0.21960.07260.05050.3910.0072-0.00960.00220.02080.01850.07750.965185.09755.33
31.3241-0.3161-0.22245.7916-0.12992.35410.06690.04-0.0205-0.2662-0.0518-0.1713-0.07710.0965-0.01510.0487-0.03940.02140.0569-0.02020.020613.332133.16326.116
41.95220.5521-0.91555.3458-0.71672.20510.0498-0.04260.06830.2726-0.01160.0304-0.11210.0428-0.03820.06710.02060.01640.040.00520.00639.088161.25237.266
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A908 - 1068
2X-RAY DIFFRACTION2B908 - 1068
3X-RAY DIFFRACTION3C908 - 1068
4X-RAY DIFFRACTION4D908 - 1068

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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