PDB-1nr3: SOLUTION STRUCTURE OF THE PROTEIN MTH0916: THE NORTHEAST STRUCTUR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1nr3

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF THE PROTEIN MTH0916: THE NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM TARGET TT212

要素

DNA-binding protein tfx

キーワード

TRANSCRIPTION / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / REDUCED-DIMENSIONALITY NMR / PSI / Protein Structure Initiative / NESG

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-templated transcription initiation / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Shen, Y. / Liu, G. / Bhaskaran, R. / Yee, A. / Arrowsmith, C. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: SOLUTION STRUCTURE OF THE PROTEIN MTH0916: THE NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM TARGET TT212
著者: SHEN, Y. / LIU, G. / BHASKARAN, R. / YEE, A. / ARROWSMITH, C. / SZYPERSKI, T.

履歴

登録	2003年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2020年2月5日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_database_status.status_code_cs
改定 2.1	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1nr3.cif.gz	724.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1nr3.ent.gz	600.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1nr3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/1nr3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/1nr3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5euu-d 3f59-1 2jn7-d 5gte-3 7jsl-1 3p2a-4 2pqr-1 5gtf-2 4ijh-d 6n5u-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 5657CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENT TargetDB: TT212

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (2)

登録構造単位

A: DNA-binding protein tfx

14.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	DNA-binding protein tfx / MTH0916 分子量: 14190.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O27001

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	HNHA
1	4	1	3D HN(CA)CB
1	5	1	3D RD HCCHTOCSY
1	6	1	3D RD HCCHCOSY
1	7	1	3D CACBCONH
1	8	1	3D RD HNNCAHA
1	9	1	3D RD HABCAB(CO)NHN
1	10	1	2D RD H-TOCSY-relayed-HCH-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using RD techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 1mM TT212 U-15N, 13C, 450mM NaCl, 10mM DTT, 20mM ZnCl2, 0.01% AZIDE 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態	pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	750	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
DYANA	1.5	GUNTERT, P.	精密化
CYANA	1.0.3	GUNTERT, P.	精密化
PROSA	6	GUNTERT, P.	解析
XEASY	1.3.13	BARTELS, C.	データ解析

精密化

手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: THE CALCULATION WAS PERFORMED BY TORSION ANGLE DYNAMICS USING DYANA. CYANA WAS USED TO HELP IN THE IDENTIFICATION OF AMBIGUOUS NOE ASSIGNMENTS.

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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