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- PDB-3f52: Crystal structure of the clp gene regulator ClgR from C. glutamicum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f52
タイトルCrystal structure of the clp gene regulator ClgR from C. glutamicum
要素clp gene regulator (ClgR)
キーワードTRANSCRIPTION ACTIVATOR / gene regulator / helix-turn-helix motif / transcriptional activator / human pathogen
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix-turn-helix domain / : / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Predicted transcriptional regulators
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Russo, S. / Schweitzer, J.E. / Polen, T. / Bott, M. / Pohl, E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the caseinolytic protease gene regulator, a transcriptional activator in actinomycetes
著者: Russo, S. / Schweitzer, J.E. / Polen, T. / Bott, M. / Pohl, E.
履歴
登録2008年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: clp gene regulator (ClgR)
E: clp gene regulator (ClgR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7557
ポリマ－25,2952
非ポリマー4605
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.080, 55.080, 129.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 clp gene regulator (ClgR)


分子量: 12647.396 Da / 分子数: 2 / 断片: clgr_c / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
遺伝子: cg2152, Cgl1962 / プラスミド: pEKEx1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BB1553 / 参照: UniProt: Q8NP59
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.085 M HEPES, 8.5% PEG 8000, 15% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0685 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月16日
放射モノクロメーター: sagitally focused Si(111), bending mirror for vertical focusing, spot size 20x50um
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0685 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→42 Å / Num. all: 20944 / Num. obs: 20938 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1.7 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 10 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 24.56
反射 シェル解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 8.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / Num. unique all: 3143 / Rsym value: 0.799 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
gclientデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3F51

3f51


解像度: 1.75→41.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 4.273 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.7 / σ(I): 3 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21254 1047 5 %RANDOM
Rwork0.18307 ---
obs0.18449 19890 100 %-
all-19890 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.788 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.82 Å20 Å20 Å2
2--0.82 Å20 Å2
3----1.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→41.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1132 0 30 156 1318
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0211168
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3612.0321566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.555153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg20.7722.09343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.73315200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0121514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02844
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2567
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.2825
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1070.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1770.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8731.5787
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57821205
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5933408
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0144.5361
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 75 -
Rwork0.254 1433 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4243-1.18910.2662.8726-0.72862.0341-0.00580.0069-0.0054-0.2490.09210.08490.0227-0.0714-0.0863-0.0291-0.0156-0.004-0.1570.0073-0.1285-12.5779-12.8237-14.4298
22.2243-1.61690.65423.0331-0.46325.0714-0.0779-0.3518-0.0740.07230.21630.2446-0.2238-0.4901-0.1384-0.07770.03080.0273-0.05240.0719-0.1193-28.4638-2.4414-5.3349
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A22 - 98
2X-RAY DIFFRACTION2E20 - 96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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