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万見
- PDB-3f4y: HIV gp41 six-helix bundle containing a mutant CHR alpha-peptide s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f4y
タイトルHIV gp41 six-helix bundle containing a mutant CHR alpha-peptide sequence
要素
  • Envelope glycoprotein gp160
  • Mutant peptide derived from HIV gp41 CHR domain
キーワードVIRAL PROTEIN / helix bundle / AIDS / Apoptosis / Cell membrane / Cleavage on pair of basic residues / Coiled coil / Envelope protein / Fusion protein / Glycoprotein / Host-virus interaction / Lipoprotein / Membrane / Palmitate / Transmembrane / Viral immunoevasion / Virion
機能・相同性
機能・相同性情報


Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Horne, W.S. / Gellman, S.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structural and biological mimicry of protein surface recognition by alpha/beta-peptide foldamers
著者: Horne, W.S. / Johnson, L.M. / Ketas, T.J. / Klasse, P.J. / Lu, M. / Moore, J.P. / Gellman, S.H.
履歴
登録2008年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein gp160
B: Envelope glycoprotein gp160
C: Envelope glycoprotein gp160
D: Mutant peptide derived from HIV gp41 CHR domain
E: Mutant peptide derived from HIV gp41 CHR domain
F: Mutant peptide derived from HIV gp41 CHR domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7876
ポリマ－25,7876
非ポリマー00
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11770 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area11670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.611, 179.038, 33.075
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-151-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein gp160 / Env polyprotein / Surface protein / SU / Glycoprotein 120 / gp120 / Transmembrane protein / TM / ...Env polyprotein / Surface protein / SU / Glycoprotein 120 / gp120 / Transmembrane protein / TM / Glycoprotein 41 / gp41


分子量: 4150.851 Da / 分子数: 3 / 断片: HIV gp41 NHR domain / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide is chemically synthesized. It occurs naturally in HIV.
参照: UniProt: P04580
#2: タンパク質・ペプチド Mutant peptide derived from HIV gp41 CHR domain


分子量: 4444.915 Da / 分子数: 3 / 断片: HIV gp41 CHR domain mutant
Mutation: M1T, M4E, E5A, E9A, N11A, N12E, T14A, S15A, L16R, H18E, S19A, N21E, Q33A, E34A, L36R
由来タイプ: 合成
詳細: The peptide is chemically synthesized. It is a sequence mutant to a sequence that occurs naturally in HIV.
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 1 M ammonium phosphate monobasic, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月5日 / 詳細: confocal mirrors
放射モノクロメーター: gobel mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→44.8 Å / Num. all: 15956 / Num. obs: 15938 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.6 % / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 28
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Rsym value: 0.262 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.3.0037精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
PROTEUM PLUSPLUSデータ削減
PROTEUM PLUSPLUSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 5.203 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 758 4.8 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.212 15881 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.36 Å2 / Biso mean: 24.219 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3---0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3769 0 0 456 4225
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221887
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021268
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1461.9352562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.933084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7295227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.91125.094106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.30915351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5191518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02371
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2506
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.21354
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.2890
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.21035
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.210.2104
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1580.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3120.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2760.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5251.51536
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1451.5468
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24721809
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7923998
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1974.5747
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 49 -
Rwork0.248 1079 -
all-1128 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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