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万見
- PDB-3f4w: The 1.65A Crystal Structure of 3-hexulose-6-phosphate synthase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f4w
タイトルThe 1.65A Crystal Structure of 3-hexulose-6-phosphate synthase from Salmonella typhimurium
要素Putative hexulose 6 phosphate synthase
キーワードSYNTHASE / LYASE / HUMPS / Malonate / Salmonella typhimurium
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hexulose-6-phosphate synthase / hexulose-6-phosphate synthase activity / formaldehyde assimilation via ribulose monophosphate cycle / 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase activity / L-ascorbic acid catabolic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
3-hexulose-6-phosphate synthase / HPS/KGPDC domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / 3-hexulose-6-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Vijayalakshmi, J. / Woodard, R.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The 1.65A Crystal Structure of 3-hexulose-6-phosphate synthase from Salmonella typhimurium
著者: Vijayalakshmi, J. / Meredith, T.C. / Woodard, R.W.
履歴
登録2008年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative hexulose 6 phosphate synthase
B: Putative hexulose 6 phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6954
ポリマ－45,4912
非ポリマー2042
水9,008500
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area16750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.971, 108.971, 36.702
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number75
Space group name H-MP4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-526-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative hexulose 6 phosphate synthase


分子量: 22745.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: STM2755 / 遺伝子: HUMPS, STM2755 / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8ZMP9, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; アルデヒド基の付加脱離
#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.7M sodium malonate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MAR CCD 300 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月18日 / 詳細: Si(III) Monochromator
放射モノクロメーター: Si(III) Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→48.73 Å / Num. obs: 49539 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.21 % / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 0.81 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 164432 / Scaling rejects: 5258
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
1.65-1.712.660.3162.71054236590.6470.7
1.71-1.782.90.33.21501248120.7992.3
1.78-1.8630.2843.51603149990.8596
1.86-1.963.070.2494.11622050450.9196.9
1.96-2.083.150.2084.71630950260.9396.5
2.08-2.243.190.15961643850210.9296.1
2.24-2.463.270.1287.21689050720.8796.5
2.46-2.823.40.0879.61787152120.7998.8
2.82-3.553.670.0515.71945452760.7499.8
3.55-48.733.620.02729.31966554170.799.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.3Ddata processing
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
d*TREKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Q6O

1q6o


解像度: 1.65→48.73 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.794 / SU ML: 0.25 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.9 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1894 3.82 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.214 49530 94.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.869 Å2 / ksol: 0.406 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 159.54 Å2 / Biso mean: 23.142 Å2 / Biso min: 1.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.89 Å2-0 Å20 Å2
2---2.89 Å2-0 Å2
3---5.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→48.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3180 0 14 500 3694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043230
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8774370
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003560
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2991202
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.6910.418920.3952427251968
1.691-1.7370.3621190.3722960307983
1.737-1.7880.3731380.3363418355697
1.788-1.8460.3381410.323456359796
1.846-1.9120.3141360.2833490362697
1.912-1.9880.3251330.2453451358496
1.988-2.0790.3121360.2243443357996
2.079-2.1880.2681330.2053461359496
2.188-2.3260.2471410.1883447358896
2.326-2.5050.2111360.1963501363797
2.505-2.7570.2821400.1963571371199
2.757-3.1560.2511500.18936253775100
3.156-3.9760.1631470.15236533800100
3.976-48.7550.1741520.1633733388599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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