PDB-3f4r: Crystal structure of Wolbachia pipientis alpha-DsbA1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3f4r

タイトル

Crystal structure of Wolbachia pipientis alpha-DsbA1

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / thioredoxin-fold / DSBA

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-disulfide reductase (glutathione) activity / protein disulfide isomerase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Wolbachia pipientis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Kurz, M. / Heras, B. / Martin, J.L.

引用

ジャーナル: ANTIOXID.REDOX SIGNAL. / 年: 2009
タイトル: Structural and Functional Characterization of the Oxidoreductase alpha-DsbA1 from Wolbachia pipientis
著者: Kurz, M. / Iturbe-Ormaetxe, I. / Jarrott, R. / Shouldice, S.R. / Wouters, M.A. / Frei, P. / Glockshuber, R. / O'Neill, S.L. / Heras, B. / Martin, J.L.

履歴

登録	2008年11月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3f4r.cif.gz	115.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3f4r.ent.gz	89.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3f4r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3f4r_validation.pdf.gz	447.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3f4r_full_validation.pdf.gz	450.4 KB	表示
XML形式データ	3f4r_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	3f4r_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/3f4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/3f4r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f4sC 3f4tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1woj-d 3quc-d 3qu4-7 3qu4-1 3qu4-2 1f5s-1 6d09-2 3qu9-d 1l7m-1 4xt2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

26.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.4, 49.6, 69.7
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1240- HOH

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein / alpha-DsbA1 分子量: 26558.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Wolbachia pipientis (バクテリア) 株: wMel / 遺伝子: WD_1055 / プラスミド: pET42a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q73GA4
#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 22% PEG 3350, 0.1M Ammonium citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K PH範囲: 5.5-5.9

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	8.3.1	1	1.1159
シンクロトロン	ALS	8.3.1	2	0.9796, 0.9797, 0.9537

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 210	1	CCD	2005年5月19日
ADSC QUANTUM 210	2	CCD	2005年5月19日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.1159	1
2	0.9796	1
3	0.9797	1
4	0.9537	1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 31005 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 20.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 21.3

反射シェル

解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.277 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3039 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
d*TREK		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.6→40.13 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.889 / SU ML: 0.21 / Isotropic thermal model: isotropic and TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 18.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.192	3022	9.94 %	random
R_work	0.165	27383	-	-
obs	0.168	30405	96.26 %	-
all	-	31005	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 71.61 Å² / k_sol: 0.372 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.94 Å² / B_iso mean: 27.169 Å² / B_iso min: 8.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.946 Å²	0 Å²	-1.617 Å²
2-	-	0.329 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.617 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→40.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1634	0	26	264	1924

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	1879
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.344	2549
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1	273
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	327
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.428	725

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.614	0.234	84	0.189	899	983	68
1.614-1.641	0.237	136	0.188	1141	1277	92
1.641-1.669	0.221	138	0.178	1213	1351	94
1.669-1.699	0.217	144	0.179	1199	1343	95
1.699-1.732	0.218	116	0.179	1231	1347	95
1.732-1.767	0.227	140	0.183	1201	1341	95
1.767-1.806	0.199	137	0.163	1272	1409	97
1.806-1.848	0.223	153	0.174	1218	1371	97
1.848-1.894	0.198	141	0.168	1267	1408	98
1.894-1.945	0.21	147	0.165	1251	1398	99
1.945-2.002	0.187	148	0.156	1273	1421	99
2.002-2.067	0.196	135	0.163	1313	1448	100
2.067-2.141	0.164	128	0.16	1268	1396	99
2.141-2.227	0.186	130	0.154	1305	1435	100
2.227-2.328	0.185	131	0.145	1282	1413	99
2.328-2.451	0.199	142	0.147	1289	1431	99
2.451-2.604	0.188	140	0.164	1301	1441	99
2.604-2.805	0.167	149	0.162	1279	1428	100
2.805-3.087	0.205	152	0.154	1295	1447	100
3.087-3.534	0.147	152	0.141	1283	1435	99
3.534-4.451	0.139	148	0.123	1308	1456	100
4.451-40.174	0.221	131	0.164	1295	1426	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1145	0.074	-0.874	0.9326	-0.5368	-0.0876	-0.0255	-0.2821	0.0412	0.2408	-0.0879	-0.1133	-0.0356	0.1194	0.0812	0.1637	0.0114	-0.0389	0.1802	-0.004	0.0833	8.5139	4.8552	18.6924
2	0.9051	-0.2252	-0.168	0.9536	-0.0847	0.735	-0.0201	-0.0476	0.0053	0.1042	-0.0068	-0.2031	0.0582	0.0537	0.023	0.1032	0.0061	-0.0114	0.0687	0.0043	0.137	17.4928	5.0272	4.6428
3	1.1331	-0.0163	-0.0362	1.0533	-0.1132	-1.0036	0.0181	-0.3592	-0.0557	0.3561	-0.072	-0.0229	0.0654	-0.0241	0.055	0.2873	-0.0039	-0.0148	0.3354	0.0104	0.1242	2.4627	-1.2279	24.7515
4	1.0463	0.1434	0.2498	0.8965	-0.1234	0.1256	-0.0184	-0.1465	0.1002	0.1485	-0.0121	-0.1068	-0.0447	-0.0002	0.0325	0.1609	0.0096	-0.0244	0.1465	-0.0106	0.1464	11.6468	4.8239	11.6852
5	1.7086	1.8188	2.4172	6.5001	2.0362	1.8817	-0.297	-2.3229	0.9594	-0.7452	-1.1205	-1.8366	-0.5999	-4.03	1.4419	0.2435	0.0191	-0.0222	0.2579	-0.0023	0.3851	-1.8034	0.0506	0.5817
6	4.1708	-0.1561	1.6927	1.9367	-0.2708	0.0922	0.1474	0.0579	0.107	0.3879	0.1359	0.1965	-0.1232	-0.0283	-0.2492	0.6591	-0.0275	0.1478	0.2583	0.1122	0.7538	17.9391	17.7655	8.3624

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 20:80
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 81:166
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 167:218
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 1000:1279
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resid 227
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and resid 228

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