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- PDB-3f3z: Crystal structure of Cryptosporidium parvum calcium dependent pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f3z
タイトルCrystal structure of Cryptosporidium parvum calcium dependent protein kinase cgd7_1840 in presence of indirubin E804
要素Calcium/calmodulin-dependent protein kinase with a kinase domain and 4 calmodulin like EF hands
キーワードTRANSFERASE / KINASE / calcium dependent protein kinase / structural genomics consortium / ATP-binding / Nucleotide-binding / Serine/threonine-protein kinase / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


starch binding / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / mitogen-activated protein kinase binding / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / calmodulin binding / intracellular signal transduction / phosphorylation / calcium ion binding / ATP binding ...starch binding / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / mitogen-activated protein kinase binding / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / calmodulin binding / intracellular signal transduction / phosphorylation / calcium ion binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate binding module family 20 / Starch binding domain / CBM20 (carbohydrate binding type-20) domain profile. / Starch binding domain / Carbohydrate-binding-like fold / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. ...Carbohydrate binding module family 20 / Starch binding domain / CBM20 (carbohydrate binding type-20) domain profile. / Starch binding domain / Carbohydrate-binding-like fold / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DRK / non-specific serine/threonine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Lew, J. / Wasney, G. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Vedadi, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. ...Wernimont, A.K. / Lew, J. / Wasney, G. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Vedadi, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Artz, J.D. / Amani, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Cryptosporidium parvum calcium dependent protein kinase cgd7_1840 in presence of indirubin E804
著者: Wernimont, A.K. / Lew, J. / Wasney, G. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Vedadi, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Artz, J.D. / Amani, M.
履歴
登録2008年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase with a kinase domain and 4 calmodulin like EF hands
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6806
ポリマ－31,9471
非ポリマー7345
水3,801211
1
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase with a kinase domain and 4 calmodulin like EF hands
ヘテロ分子

A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase with a kinase domain and 4 calmodulin like EF hands
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,36112
ポリマ－63,8932
非ポリマー1,46810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area25890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.316, 82.864, 62.151
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-365-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Calcium/calmodulin-dependent protein kinase with a kinase domain and 4 calmodulin like EF hands


分子量: 31946.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)
遺伝子: cgd7_1840 / プラスミド: p15-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): dh5a / 参照: UniProt: Q5CYL9
#2: 化合物 ChemComp-DRK / 3-({[(3S)-3,4-dihydroxybutyl]oxy}amino)-1H,2'H-2,3'-biindol-2'-one / Indirubin_E804


分子量: 365.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19N3O4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 18% PEG 3350, 0.1 M NH4SO4, 0.1 M NaCacodylate, 5 mM Indirubin E804, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→50 Å / Num. all: 25859 / Num. obs: 25653 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 26.754 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.032 / Χ2: 1.481
反射 シェル解像度: 1.84→1.91 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2464 / Rsym value: 0.53 / Χ2: 1.408 / % possible all: 95.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2qg5

2qg5


解像度: 1.84→57.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / WRfactor Rfree: 0.22 / WRfactor Rwork: 0.178 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.859 / SU B: 2.815 / SU ML: 0.088 / SU R Cruickshank DPI: 0.145 / SU Rfree: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1303 5.1 %RANDOM
Rwork0.187 ---
all0.189 25825 --
obs0.189 25653 99.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 70.99 Å2 / Biso mean: 27.471 Å2 / Biso min: 13.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å20 Å2-0.42 Å2
2--0.57 Å20 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→57.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2186 0 51 211 2448
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222303
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5011.9993115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2785275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.34123.529102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.20715.037407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1561517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2336
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021712
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.21045
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21565
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2183
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1840.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8121.51413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27822219
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.70431120
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7884.5894
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.89 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 112 -
Rwork0.291 1725 -
all-1837 -
obs--96.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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