PDB-3f3h: Crystal structure and anti-tumor activity of LZ-8 from the fungus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3f3h

タイトル

Crystal structure and anti-tumor activity of LZ-8 from the fungus Ganoderma lucidium

要素

Immunomodulatory protein Ling Zhi-8

キーワード

ANTITUMOR PROTEIN / fungal immunomodulatory protein / Ganoderma lucidium / anti-tumor activity

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of immune system process / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ganoderma lucidum (マンネンタケ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Zhou, C.Z. / Huang, L. / He, Y.X. / Bao, R. / Sun, F. / Liang, C. / Liu, L.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of LZ-8 from the medicinal fungus Ganoderma lucidium
著者: Huang, L. / Sun, F. / Liang, C. / He, Y.X. / Bao, R. / Liu, L. / Zhou, C.Z.

履歴

登録	2008年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3f3h.cif.gz	56.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3f3h.ent.gz	41.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3f3h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/3f3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/3f3h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1osyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3kcw-1 1k1b-d 2y75-4 6v0s-1 6to9-1 1lyq-d 4a3o-2 5ok6-2 4v0b-d 5ign-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Immunomodulatory protein Ling Zhi-8

B: Immunomodulatory protein Ling Zhi-8

25 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.190, 86.990, 92.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Immunomodulatory protein Ling Zhi-8 / LZ-8 分子量: 12519.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ganoderma lucidum (マンネンタケ) プラスミド: p819 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: P14945
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.69 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M Tris, 1.75M ammonium sulfate, 6.4% polyethylene glycol 400, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54179 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 15951 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.125
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / R_merge(I) obs: 0.302 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1OSY

1osy

解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 8.809 / SU ML: 0.121 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24552	800	5 %	RANDOM
R_work	0.22096	-	-	-
obs	0.22218	15140	97.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.534 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.56 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1752	0	0	74	1826

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.054	1.924	2458
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.174	5	217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.561	24.783	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.495	15	267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.026	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	269
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.175	0.2	708
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.103	0.2	111
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.142	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.091	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.306	1.5	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.525	2	1776
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.807	3	799
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.253	4.5	682
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	56	-
R_work	0.247	1012	-
obs	-	-	93.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3971	-1.5956	0.8905	11.5021	-0.5809	3.7611	-0.1184	-0.1545	0.1688	0.0998	0.1754	-0.697	0.1563	0.2098	-0.057	0.0245	0.0478	0.0296	0.0774	-0.0563	0.0668	22.0511	-3.1047	-7.5047
2	0.8835	-0.3968	0.2274	1.5198	0.335	1.1891	-0.0466	-0.0018	-0.1061	-0.0135	0.0425	0.074	0.033	0.0699	0.0041	0.0445	-0.001	0.02	0.0726	0.0016	0.0742	7.514	11.1978	5.6752
3	5.6088	2.6047	1.9341	6.1163	4.6448	3.5277	-0.2361	-0.2786	0.0223	-0.1965	-0.078	0.3843	0.1063	-0.5553	0.3141	0.1218	0.037	0.0028	0.1566	-0.003	0.0697	9.1279	10.713	14.495
4	1.4899	-1.0482	-0.1743	2.317	0.187	1.1466	-0.0771	-0.0435	-0.0363	-0.0003	0.0956	-0.0171	0.1037	0.0399	-0.0185	0.0511	-0.0038	0.0019	0.0691	-0.0061	0.0481	10.6494	13.8453	9.4195
5	2.8258	-1.6435	1.4475	11.6084	-0.7359	5.5784	-0.1428	-0.0689	0.0076	-0.0257	0.1222	-0.6081	0.0106	0.1221	0.0206	0.0544	0.0041	0.052	0.021	-0.0364	0.0746	17.8964	5.6215	-1.9994
6	0.9239	-0.5158	-0.1518	0.3753	0.4769	1.7858	0.0257	0.01	-0.0282	-0.0005	-0.0671	0.0047	0.0666	-0.0929	0.0414	0.0557	0.0031	-0.0065	0.0416	-0.0106	0.0778	19.2505	-13.1882	-18.9526
7	10.5761	12.0528	4.5266	15.9875	3.9027	8.6435	-0.2248	0.6583	-0.6541	-0.3934	0.1797	-0.4957	0.4445	0.3776	0.0451	0.0851	0.0602	-0.0205	0.1461	0.0043	0.0118	24.5293	-19.3559	-28.8722
8	1.6664	0.1006	0.1981	2.7829	0.8003	1.299	0.0885	-0.0475	0.0947	0.0215	-0.0247	-0.173	0.0195	0.1116	-0.0638	0.0611	0.0113	0.0257	0.0545	-0.0178	0.0431	27.296	-11.1545	-16.8429

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	17 - 56
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	57 - 68
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	69 - 111
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	3 - 16
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	17 - 78
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	79 - 84
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	85 - 111

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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