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- PDB-3f3h: Crystal structure and anti-tumor activity of LZ-8 from the fungus... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3f3h | ||||||
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Title | Crystal structure and anti-tumor activity of LZ-8 from the fungus Ganoderma lucidium | ||||||
![]() | Immunomodulatory protein Ling Zhi-8 | ||||||
![]() | ANTITUMOR PROTEIN / fungal immunomodulatory protein / Ganoderma lucidium / anti-tumor activity | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhou, C.Z. / Huang, L. / He, Y.X. / Bao, R. / Sun, F. / Liang, C. / Liu, L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of LZ-8 from the medicinal fungus Ganoderma lucidium Authors: Huang, L. / Sun, F. / Liang, C. / He, Y.X. / Bao, R. / Liu, L. / Zhou, C.Z. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 56.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 41.5 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 426.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 427.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 10.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 13.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1osyS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 12519.869 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 0.1M Tris, 1.75M ammonium sulfate, 6.4% polyethylene glycol 400, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 10, 2007 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54179 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→20 Å / Num. obs: 15951 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.125 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.302 / % possible all: 93.6 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 1OSY Resolution: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 8.809 / SU ML: 0.121 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.183 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 13.534 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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