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万見
- PDB-3f31: Crystal Structure of the N-terminal region of AlphaII-spectrin Te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f31
タイトルCrystal Structure of the N-terminal region of AlphaII-spectrin Tetramerization Domain
要素Spectrin alpha chain, brain
キーワードACTIN BINDING / STRUCTURAL PROTEIN / lone helix followed by a triple helical bundle / Actin capping / Actin-binding / Alternative splicing / Calcium / Calmodulin-binding / Cytoplasm / Cytoskeleton / Phosphoprotein / Polymorphism / SH3 domain / SPECTRIN
機能・相同性
機能・相同性情報


spectrin / actin filament capping / Nephrin family interactions / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Interaction between L1 and Ankyrins / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / cortical actin cytoskeleton / RHOV GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins ...spectrin / actin filament capping / Nephrin family interactions / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Interaction between L1 and Ankyrins / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / cortical actin cytoskeleton / RHOV GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / COPI-mediated anterograde transport / NCAM signaling for neurite out-growth / cell projection / structural constituent of cytoskeleton / specific granule lumen / actin filament binding / cell junction / tertiary granule lumen / extracellular vesicle / actin binding / microtubule cytoskeleton / actin cytoskeleton organization / RAF/MAP kinase cascade / calmodulin binding / cadherin binding / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #60 / Alpha Spectrin, SH3 domain / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / SH3 domain ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #60 / Alpha Spectrin, SH3 domain / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / SH3 domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / Src homology 3 domains / EF-Hand 1, calcium-binding site / SH3-like domain superfamily / EF-hand calcium-binding domain. / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Mehboob, S. / Santarsiero, B.D. / Long, F. / Witek, M. / Fung, L.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the nonerythroid alpha-spectrin tetramerization site reveals differences between erythroid and nonerythroid spectrin tetramer formation.
著者: Mehboob, S. / Song, Y. / Witek, M. / Long, F. / Santarsiero, B.D. / Johnson, M.E. / Fung, L.W.
履歴
登録2008年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spectrin alpha chain, brain
B: Spectrin alpha chain, brain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3822
ポリマ－35,3822
非ポリマー00
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
2
A: Spectrin alpha chain, brain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6911
ポリマ－17,6911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Spectrin alpha chain, brain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6911
ポリマ－17,6911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.720, 71.460, 80.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological unit is a monomer, as known from light scattering, in solution.

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要素

#1: タンパク質 Spectrin alpha chain, brain / Spectrin / non-erythroid alpha chain / Alpha-II spectrin / Fodrin alpha chain


分子量: 17690.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPTAN1, SPTA2 / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13813
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PEG8000:PEG1000 (1:2), 4% 1,4-butane-diol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 22316 / Num. obs: 22316 / % possible obs: 89.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.65 % / Biso Wilson estimate: 34.943 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.058
反射 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / 冗長度: 4.54 % / Rmerge(I) obs: 0.654 / Mean I/σ(I) obs: 2.51 / Rsym value: 0.737 / % possible all: 82.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
HYSS/RESOLVEモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
HYSS/RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→18.984 Å / SU ML: 0.4 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.57 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: phenix least squares
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2798 1323 8.98 %
Rwork0.214 --
obs0.22 14733 95.99 %
all-14740 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.713 Å2 / ksol: 0.308 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.0479 Å211.8208 Å2-4.7729 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→18.984 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2322 0 0 206 2528
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042401
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6893219
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.879946
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049342
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002426
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.39190.31131410.22031427X-RAY DIFFRACTION95
2.3919-2.50060.31041440.20551451X-RAY DIFFRACTION96
2.5006-2.63210.32981460.22371491X-RAY DIFFRACTION96
2.6321-2.79650.30241440.21181451X-RAY DIFFRACTION96
2.7965-3.01160.27721480.21811501X-RAY DIFFRACTION97
3.0116-3.31330.27691470.22541502X-RAY DIFFRACTION97
3.3133-3.78940.30381420.20891437X-RAY DIFFRACTION92
3.7894-4.76170.23231500.19581522X-RAY DIFFRACTION96
4.7617-18.9850.24961610.19191628X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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