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- PDB-3f2d: DNA Polymerase PolC from Geobacillus kaustophilus complex with DN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f2d
タイトルDNA Polymerase PolC from Geobacillus kaustophilus complex with DNA, dGTP, Mn and Zn
要素
  • 5'-D(*DAP*DTP*DAP*DAP*DCP*DGP*DGP*DTP*DTP*DGP*DCP*DCP*DCP*DGP*DTP*DCP*DTP*DCP*DAP*DCP*DTP*DG)-3'
  • 5'-D(*DCP*DAP*DGP*DTP*DGP*DAP*DGP*DAP*DCP*DGP*DGP*DGP*DCP*DAP*DAP*DCP*DC)-3'
  • GEOBACILLUS KAUSTOPHILUS DNA POLC
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA Polymerase C / DNA Polymerase III / Ternary Complex / Protein-DNA complex / Replicative polymerase / gram-positive / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PolC, middle finger domain / DNA polymerase; domain 1 - #870 / glyoxalase-related enzyme like fold - #20 / Helix Hairpins - #1510 / Insulin-like, subunit E - #10 / DNA polymerase III PolC-like, N-terminal domain II / DNA polymerase III PolC-type, N-terminal domain I / DNA polymerase III polC-type N-terminus II / DNA polymerase III polC-type N-terminus I / glyoxalase-related enzyme like fold ...PolC, middle finger domain / DNA polymerase; domain 1 - #870 / glyoxalase-related enzyme like fold - #20 / Helix Hairpins - #1510 / Insulin-like, subunit E - #10 / DNA polymerase III PolC-like, N-terminal domain II / DNA polymerase III PolC-type, N-terminal domain I / DNA polymerase III polC-type N-terminus II / DNA polymerase III polC-type N-terminus I / glyoxalase-related enzyme like fold / Insulin-like, subunit E / DNA polymerase III, alpha subunit, Gram-positive type / PolC, middle finger subdomain superfamily / DNA polymerase III epsilon subunit, exonuclease domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit finger domain / PHP domain / PHP domain / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Helix Hairpins / Metal-dependent hydrolases / Nucleic acid-binding proteins / Helix non-globular / Special / DNA polymerase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase III PolC-type
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Davies, D.R. / Evans, R.J. / Bullard, J.M. / Christensen, J. / Green, L.S. / Guiles, J.W. / Ribble, W.K. / Janjic, N. / Jarvis, T.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Structure of PolC reveals unique DNA binding and fidelity determinants.
著者: Evans, R.J. / Davies, D.R. / Bullard, J.M. / Christensen, J. / Green, L.S. / Guiles, J.W. / Pata, J.D. / Ribble, W.K. / Janjic, N. / Jarvis, T.C.
履歴
登録2008年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: 5'-D(*DCP*DAP*DGP*DTP*DGP*DAP*DGP*DAP*DCP*DGP*DGP*DGP*DCP*DAP*DAP*DCP*DC)-3'
T: 5'-D(*DAP*DTP*DAP*DAP*DCP*DGP*DGP*DTP*DTP*DGP*DCP*DCP*DCP*DGP*DTP*DCP*DTP*DCP*DAP*DCP*DTP*DG)-3'
A: GEOBACILLUS KAUSTOPHILUS DNA POLC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,19111
ポリマ－129,1983
非ポリマー9938
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6670 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area45010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.997, 139.479, 184.074
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#1: DNA鎖 5'-D(*DCP*DAP*DGP*DTP*DGP*DAP*DGP*DAP*DCP*DGP*DGP*DGP*DCP*DAP*DAP*DCP*DC)-3'


分子量: 5246.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Primer strand is synthetic oligonucleotide
#2: DNA鎖 5'-D(*DAP*DTP*DAP*DAP*DCP*DGP*DGP*DTP*DTP*DGP*DCP*DCP*DCP*DGP*DTP*DCP*DTP*DCP*DAP*DCP*DTP*DG)-3'


分子量: 6703.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Template strand is synthetic oligonucleotide

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 GEOBACILLUS KAUSTOPHILUS DNA POLC


分子量: 117248.508 Da / 分子数: 1 / Fragment: GKAPOLC, DELTA 1-227, DELTA 412-617 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5L0J3, DNA-directed DNA polymerase

-
非ポリマー , 5種, 109分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-DGT / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.21 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 20% PEG 2000 MME, 0.1M PHOSPHATE CITRATE, 200MM LITHIUM SULFATE, 1 mM ZnCl2, 2 mM MnCl2, pH 5.30, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 2000 MME11
2PHOSPHATE CITRATE11
3LITHIUM SULFATE11
4ZnCl211
5MnCl211
6PEG 2000 MME12
7PHOSPHATE CITRATE12
8LITHIUM SULFATE12
9ZnCl212
10MnCl212

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97 / 波長: 0.999887 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2008年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.971
20.9998871
反射解像度: 2.5→43.15 Å / Num. obs: 50821 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.642 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.4.0069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3F2B

3f2b


解像度: 2.51→43.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 18.78 / SU ML: 0.217 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.436 / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 2573 5.1 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.218 50750 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.16 Å20 Å20 Å2
2--1.01 Å20 Å2
3---1.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→43.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7796 631 46 101 8574
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0228708
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7012.06811926
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9645989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.52524.294361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.591151387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8871546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.21333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.481.54940
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.93427993
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.54733768
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4794.53933
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.58 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.414 162 -
Rwork0.327 3233 -
obs--90.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.2134-2.66332.5514.2243-3.28563.91630.07870.015-0.2947-0.15920.15680.18490.18760.0309-0.2355-0.0898-0.00580.0301-0.12120.0644-0.115838.2224-12.0031-16.3519
20.72420.2573-0.57742.62370.23362.9338-0.14410.0154-0.2195-0.11350.2984-0.09340.5419-0.0911-0.1543-0.0029-0.1635-0.0408-0.1268-0.0271-0.110638.74164.4308-46.4356
32.01260.26090.35233.77840.65463.2036-0.19210.36770.1309-0.45180.25910.29460.2376-0.7079-0.0669-0.1404-0.2687-0.10860.12380.0675-0.213528.156812.2096-57.1493
40.0681-0.1862-0.54151.18590.67276.6135-0.22590.2763-0.1968-0.13770.03830.2340.5824-1.07140.18770.0165-0.324-0.0460.0741-0.023-0.08224.1515-1.6752-49.1883
51.311.41740.50182.70.77061.7786-0.24890.3364-0.2282-0.29830.4826-0.29460.38790.0332-0.23380.0164-0.13490.0159-0.1326-0.0651-0.161139.18111.1653-53.4349
61.75090.15370.33971.522-0.06763.04560.12660.02150.19680.0757-0.0234-0.178-0.59570.3217-0.10320.0004-0.03680.0406-0.0928-0.0149-0.0355.572344.6606-25.7706
70.45580.0603-0.17990.83640.01530.4858-0.01540.03720.11740.05630.17890.12390.0007-0.1865-0.1634-0.11670.0294-0.0165-0.0080.0385-0.058834.442724.4301-31.5375
82.2502-0.6051-0.68810.7571-0.13881.6520.0224-0.1930.00720.14010.0557-0.0860.08490.1312-0.0781-0.09220.0275-0.0441-0.0768-0.018-0.115151.448528.4622-9.7819
95.6236-1.6472-1.17486.4728-0.13914.23410.0325-0.395-0.72630.15330.08380.33950.265-0.4374-0.1163-0.1620.04580.0086-0.02350.1058-0.109425.533129.9857-1.1083
108.1955-2.20490.66430.9339-0.18660.9340.1230.47250.1448-0.1894-0.14940.0694-0.0691-0.16440.0265-0.0570.13520.06040.04510.0567-0.08858.964144.7324-12.4345
112.67271.6802-0.02451.60661.19042.642-0.17640.06630.29760.0145-0.15580.5152-0.0364-0.74920.3322-0.1220.02910.03420.1497-0.04260.111923.698324.0774-19.9514
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A233 - 331
2X-RAY DIFFRACTION2A332 - 411
3X-RAY DIFFRACTION3A619 - 708
4X-RAY DIFFRACTION4A716 - 772
5X-RAY DIFFRACTION5A773 - 825
6X-RAY DIFFRACTION6A826 - 996
7X-RAY DIFFRACTION7A997 - 1122
8X-RAY DIFFRACTION8A1123 - 1307
9X-RAY DIFFRACTION9A1308 - 1359
10X-RAY DIFFRACTION10A1360 - 1444
11X-RAY DIFFRACTION11P5 - 17
12X-RAY DIFFRACTION11T1 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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