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- PDB-3f1y: Mannosyl-3-phosphoglycerate synthase from Rubrobacter xylanophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f1y
タイトルMannosyl-3-phosphoglycerate synthase from Rubrobacter xylanophilus
要素Mannosyl-3-phosphoglycerate synthase
キーワードTRANSFERASE / GT-A type glycosyltransferase / GT-81 / mannosyl-3-phosphoglycerate synthase / Rubrobacter xylanophilus / GDP-mannose
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-3-phosphoglycerate synthase activity / glucosyl-3-phosphoglycerate synthase / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Rubrobacter xylanophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B. / Empadinhas, N. / da Costa, M.S.
引用
ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2011
タイトル: Functional and structural characterization of a novel mannosyl-3-phosphoglycerate synthase from Rubrobacter xylanophilus reveals its dual substrate specificity
著者: Empadinhas, N. / Pereira, P.J.B. / Albuquerque, L. / Costa, J. / Sa-Moura, B. / Marques, A.T. / Macedo-Ribeiro, S. / da Costa, M.S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic analysis of mannosyl-3-phosphoglycerate synthase from Rubrobacter xylanophilus
著者: Sa-Moura, B. / Albuquerque, L. / Empadinhas, N. / da Costa, M.S. / Pereira, P.J. / Macedo-Ribeiro, S.
履歴
登録2008年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年6月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mannosyl-3-phosphoglycerate synthase
C: Mannosyl-3-phosphoglycerate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,2858
ポリマ－86,0952
非ポリマー1906
水7,638424
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6990 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area23650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.881, 108.881, 311.651
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Mannosyl-3-phosphoglycerate synthase / mannosyl/glucosyl-3-phosphoglycerate synthase


分子量: 43047.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物), (組換発現) Rubrobacter xylanophilus (バクテリア)
株: DSM 9941 / 遺伝子: mpgS / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: B7SY86, mannosyl-3-phosphoglycerate synthase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE N-TERMINAL SEQUENCE MHHHHHHSSGLVPRGSGMKETAAAKFERQHMDSPDLGTDDDDKAMADIGSEF CORRESPONDS TO THE ...THE N-TERMINAL SEQUENCE MHHHHHHSSGLVPRGSGMKETAAAKFERQHMDSPDLGTDDDDKAMADIGSEF CORRESPONDS TO THE EXPRESSION TAG AND LINKER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100mM MES, 2M NaCl, 100mM NaH2PO4, 100mM KH2PO4, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月15日
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→77.8 Å / Num. all: 56613 / Num. obs: 56613 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 30.4 % / Biso Wilson estimate: 41.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 18.3 % / Rmerge(I) obs: 0.604 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 8094 / Rsym value: 0.604 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
DNAデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→51.394 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.28 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 23.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 2711 5.08 %Random
Rwork0.188 50674 --
obs0.1895 53385 94.6 %-
all-53385 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.555 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 134.56 Å2 / Biso mean: 56.755 Å2 / Biso min: 33.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.621 Å20 Å2-0 Å2
2--9.621 Å20 Å2
3----19.242 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 51.4 Å / Luzzati sigma a obs: 0.2793 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→51.394 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4935 0 6 424 5365
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135035
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4066830
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1761848
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.097749
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006914
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.24010.30341350.25482265X-RAY DIFFRACTION83
2.2401-2.28320.23621220.23112350X-RAY DIFFRACTION85
2.2832-2.32980.27591330.24092378X-RAY DIFFRACTION86
2.3298-2.38040.26041110.21842456X-RAY DIFFRACTION88
2.3804-2.43580.22961620.20432511X-RAY DIFFRACTION92
2.4358-2.49670.25991510.20312524X-RAY DIFFRACTION92
2.4967-2.56420.29481420.21622576X-RAY DIFFRACTION94
2.5642-2.63970.25091260.21522631X-RAY DIFFRACTION93
2.6397-2.72490.26751490.21632639X-RAY DIFFRACTION95
2.7249-2.82230.22721210.21362696X-RAY DIFFRACTION97
2.8223-2.93520.25631360.21312738X-RAY DIFFRACTION97
2.9352-3.06880.26181390.21232748X-RAY DIFFRACTION98
3.0688-3.23060.22991480.20122779X-RAY DIFFRACTION99
3.2306-3.4330.21621590.1922790X-RAY DIFFRACTION99
3.433-3.69790.21231370.16422828X-RAY DIFFRACTION99
3.6979-4.06990.17731420.15222839X-RAY DIFFRACTION99
4.0699-4.65850.16471500.13872887X-RAY DIFFRACTION100
4.6585-5.86790.19311750.16852912X-RAY DIFFRACTION100
5.8679-51.40810.20841730.18853127X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4666-0.4837-0.80192.6630.4671.97520.06560.12830.1447-0.2429-0.06620.0976-0.572-0.3754-00.42060.2139-0.04320.5148-0.03960.3725-112.297177.19542.1597
20.59220.026-0.45583.26180.48641.18890.02610.0313-0.11920.0616-0.0945-0.0018-0.56970.0106-00.36650.1306-0.03060.6297-0.05970.3973-109.230271.7172.1838
30.9298-1.2699-0.39661.95730.89221.96210.03050.033-0.061-0.17730.0001-0.0952-0.3381-0.073900.34220.0517-0.01790.5386-0.06360.3765-101.47762.7896-3.3454
41.2403-0.4472-1.18020.52470.20510.7946-0.0891-0.53080.02410.09930.17030.05970.06830.2151-00.25850.0586-0.01550.6385-0.10290.4335-91.048653.4737.4249
52.9393-0.4656-0.17571.48910.6391.86130.052-0.11050.3251-0.14-0.028-0.2319-0.35010.218400.2823-0.14040.02060.4652-0.10060.4751-61.513157.7503-14.5362
61.05990.4895-0.47141.41610.47851.26650.03560.08670.1433-0.1844-0.0847-0.0732-0.42470.0546-00.3129-0.0177-0.00820.5656-0.10070.4877-68.013656.0422-15.48
72.3041-0.3514-0.58760.6114-0.00090.78830.12440.00790.0289-0.1331-0.0313-0.0275-0.19680.034200.2838-0.02340.01720.5295-0.09610.4305-78.657755.4662-9.9118
81.3995-1.0889-0.3241-0.78650.24030.69140.09790.313-0.2594-0.2094-0.0709-0.1104-0.1594-0.2093-00.4090.02850.01050.6512-0.09910.4899-93.548853.5701-19.2026
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 10:103)A10 - 103
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 104:178)A104 - 178
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 179:285)A179 - 285
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 286:334)A286 - 334
5X-RAY DIFFRACTION5(chain C and resid 9:102)C9 - 102
6X-RAY DIFFRACTION6(chain C and resid 103:180)C103 - 180
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 181:278)C181 - 278
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 279:333)C279 - 333

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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