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Yorodumi- PDB-3f1y: Mannosyl-3-phosphoglycerate synthase from Rubrobacter xylanophilus -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3f1y | ||||||
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Title | Mannosyl-3-phosphoglycerate synthase from Rubrobacter xylanophilus | ||||||
Components | Mannosyl-3-phosphoglycerate synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / GT-A type glycosyltransferase / GT-81 / mannosyl-3-phosphoglycerate synthase / Rubrobacter xylanophilus / GDP-mannose | ||||||
Function / homology | Function and homology information mannosyl-3-phosphoglycerate synthase activity / glucosyl-3-phosphoglycerate synthase Similarity search - Function | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) Rubrobacter xylanophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SIRAS / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B. / Empadinhas, N. / da Costa, M.S. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Microbiol. / Year: 2011 Title: Functional and structural characterization of a novel mannosyl-3-phosphoglycerate synthase from Rubrobacter xylanophilus reveals its dual substrate specificity Authors: Empadinhas, N. / Pereira, P.J.B. / Albuquerque, L. / Costa, J. / Sa-Moura, B. / Marques, A.T. / Macedo-Ribeiro, S. / da Costa, M.S. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2008 Title: Crystallization and preliminary crystallographic analysis of mannosyl-3-phosphoglycerate synthase from Rubrobacter xylanophilus Authors: Sa-Moura, B. / Albuquerque, L. / Empadinhas, N. / da Costa, M.S. / Pereira, P.J. / Macedo-Ribeiro, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3f1y.cif.gz | 149.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3f1y.ent.gz | 116.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3f1y.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/3f1y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/3f1y | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 43047.438 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others), (gene. exp.) Rubrobacter xylanophilus (bacteria) Strain: DSM 9941 / Gene: mpgS / Plasmid: pET30a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 References: UniProt: B7SY86, mannosyl-3-phosphoglycerate synthase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THE N-TERMINAL SEQUENCE MHHHHHHSSGLVPRGSGMKETAAAKFERQHMDSPDLGTDDDDKAMADIGSEF CORRESPONDS TO THE ...THE N-TERMINAL SEQUENCE MHHHHHHSSG | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 60.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 100mM MES, 2M NaCl, 100mM NaH2PO4, 100mM KH2PO4, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-3 / Wavelength: 0.931 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Jun 15, 2007 |
Radiation | Monochromator: Diamond (111), Ge(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.931 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→77.8 Å / Num. all: 56613 / Num. obs: 56613 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 30.4 % / Biso Wilson estimate: 41.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 7.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.32 Å / Redundancy: 18.3 % / Rmerge(I) obs: 0.604 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 8094 / Rsym value: 0.604 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SIRAS / Resolution: 2.2→51.394 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.28 / Isotropic thermal model: Overall / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / Phase error: 23.24 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.555 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 134.56 Å2 / Biso mean: 56.755 Å2 / Biso min: 33.05 Å2
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 51.4 Å / Luzzati sigma a obs: 0.2793 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→51.394 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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