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- PDB-3f1k: Crystal Structure of yciK from E. coli, an oxidoreductase, comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f1k
タイトルCrystal Structure of yciK from E. coli, an oxidoreductase, complexed with NADP+ at 2.6A resolution
要素Uncharacterized oxidoreductase yciK
キーワードOXIDOREDUCTASE / yciK / E. coli / NADP+
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素 / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
: / short chain dehydrogenase / PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Uncharacterized oxidoreductase YciK
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Vijayalakshmi, J. / Woodard, R.W.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of an oxidoreductase, yciK from E. coli, in two crystal forms - NADP+ unbound structure at 0.95 A resolution
著者: Vijayalakshmi, J. / Meredith, T.C. / Woodard, R.W.
履歴
登録2008年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized oxidoreductase yciK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0792
ポリマ－28,3361
非ポリマー7431
水88349
1
A: Uncharacterized oxidoreductase yciK
ヘテロ分子

A: Uncharacterized oxidoreductase yciK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1594
ポリマ－56,6722
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area5460 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.509, 88.509, 80.419
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized oxidoreductase yciK


分子量: 28336.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株: K-12 MG1655 / 遺伝子: b1271, JW1263, yciK / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P31808, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.67 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M Sodium Acetate monohydrate pH 4.6, 8% w/v polyethylene glycol 4000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-D10.97887, 0.97864, 0.96860
シンクロトロンAPS 31-ID20.9799
検出器
タイプID検出器日付詳細
MAR CCD 300 mm1CCD2007年11月1日Si(III) Monochromator
MAR CCD 165 mm2CCD2007年11月23日Diamond (III) Monochromator
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(III) MonochromatorMADMx-ray1
2Diamond(III) MonochromatorSADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978871
20.978641
30.96861
40.97991
Reflection冗長度: 11.51 % / 数: 154252 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Χ2: 1.9 / D res high: 2.46 Å / D res low: 40.28 Å / Num. obs: 13304 / % possible obs: 98.2
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsChi squaredRedundancyRejects
5.340.2898.80.1138.4710.39756
4.215.31000.0862.7811.71160
3.674.211000.0941.5111.96106
3.343.671000.1091.1111.9763
3.13.341000.158112.0835
2.923.11000.210.9312.0626
2.772.921000.2810.8612.0622
2.652.771000.3580.8312.099
2.552.651000.4380.7912.044
2.462.5582.90.450.768.241
反射解像度: 2.5→44.25 Å / Num. obs: 12975 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 21.76 % / Biso Wilson estimate: 53.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 16.6 / Scaling rejects: 2134
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2.5-2.5921.40.4246.32748012821.06100
2.59-2.6922.280.3836.92829912671.05100
2.69-2.8222.260.2839.22850312761.04100
2.82-2.9622.260.24110.42868212840.97100
2.96-3.1522.250.19212.52865912840.93100
3.15-3.3922.190.14615.82882312940.89100
3.39-3.7322.010.10921.82854512910.89100
3.73-4.2721.830.09625.62858013010.95100
4.27-5.3821.840.08829.12870113110.97100
5.38-44.2519.490.09628.52823213851.2999.4

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.3Ddata processing
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, 単波長異常分散
解像度: 2.6→35.608 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.77 / SU ML: 0.4 / Isotropic thermal model: Isotropic / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: SOME OF THE TORSION ANGLES OUTSIDE THE EXPECTED RAMACHANDRAN REGIONS INCLUDE FLEXIBLE TERMINAL RESIDUES
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 2188 10.14 %
Rwork0.211 --
obs0.216 21570 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 70.25 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 163.25 Å2 / Biso mean: 58.194 Å2 / Biso min: 23.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.711 Å2-0 Å20 Å2
2---3.711 Å20 Å2
3---7.423 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→35.608 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1956 0 48 49 2053
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012044
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4162780
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007361
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.705771
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.6570.2991270.24812071334100
2.657-2.7180.2941360.22612171353100
2.718-2.7860.2591320.23112351367100
2.786-2.8620.3091380.22612031341100
2.862-2.9460.2771260.22412201346100
2.946-3.0410.2771340.22912221356100
3.041-3.1490.3371440.24212211365100
3.149-3.2760.3421380.26212061344100
3.276-3.4240.3221450.23912171362100
3.424-3.6050.331340.22712131347100
3.605-3.830.2781420.19312401382100
3.83-4.1260.1971380.18811991337100
4.126-4.540.231440.17211901334100
4.54-5.1950.2121360.16712281364100
5.195-6.5390.2281400.20412061346100
6.539-35.6110.1951340.1711158129295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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