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- PDB-3f0y: Crystal structure of the human Adenovirus type 14 fiber knob -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f0y
タイトルCrystal structure of the human Adenovirus type 14 fiber knob
要素Fiber protein
キーワードVIRAL PROTEIN / adenovirus / Ad14 / CD46 / trimer / fiber / knob
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Fiber protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus 14 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Persson, B.D. / Reiter, D.M. / Arnberg, N. / Stehle, T.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2009
タイトル: An arginine switch in the species B adenovirus knob determines high-affinity engagement of cellular receptor CD46
著者: Persson, B.D. / Muller, S. / Reiter, D.M. / Schmitt, B.B. / Marttila, M. / Sumowski, C.V. / Schweizer, S. / Scheu, U. / Ochsenfeld, C. / Arnberg, N. / Stehle, T.
履歴
登録2008年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fiber protein
B: Fiber protein
C: Fiber protein
D: Fiber protein
E: Fiber protein
F: Fiber protein
G: Fiber protein
H: Fiber protein
I: Fiber protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,86916
ポリマ－207,2939
非ポリマー5767
水32,4811803
1
A: Fiber protein
B: Fiber protein
C: Fiber protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5819
ポリマ－69,0983
非ポリマー4846
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7170 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area22090 Å2
手法PISA
2
D: Fiber protein
E: Fiber protein
F: Fiber protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0983
ポリマ－69,0983
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6300 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area22220 Å2
手法PISA
3
G: Fiber protein
H: Fiber protein
I: Fiber protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1904
ポリマ－69,0983
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6680 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area22830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.470, 106.470, 311.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1323-

HOH

21F-797-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12I
22A
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Fiber protein


分子量: 23032.607 Da / 分子数: 9 / 断片: resdiues 123-325 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus 14 (ヒトアデノウイルス)
株: De Wit / 遺伝子: Fiber, L5 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q8V791
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1803 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.01 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 20% (w/v) PEG 8000, 0.1M CHES, 200mM NaCl, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年11月11日
放射モノクロメーター: Undulator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→47.4 Å / Num. all: 187138 / Num. obs: 185386 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.3.0037精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Human Adenovirus type 11 fiber knob

解像度: 1.8→47.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.745 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21495 9272 5 %RANDOM
Rwork0.18803 ---
obs0.18937 176156 100 %-
all-176156 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20.01 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13904 0 39 1803 15746
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.02214416
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029131
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9261.93119716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.748322375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.92951826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.41624.903667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.937152246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8351555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.22283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0216274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022956
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1670.22632
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.210634
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.27347
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.27544
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.21978
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1550.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1630.295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.080.246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4391.511588
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0391.53602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.485214656
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.58436465
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.864.55035
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1B127tight positional0.010.05
2I45medium positional0.240.5
1B127tight thermal0.040.5
2I45medium thermal0.092
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 637 -
Rwork0.25 12099 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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