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- PDB-3f07: Crystal Structure Analysis of Human HDAC8 complexed with APHA in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3f07
タイトルCrystal Structure Analysis of Human HDAC8 complexed with APHA in a new monoclinic crystal form
要素Histone deacetylase 8
キーワードHYDROLASE / HDAC / metalloenzyme / acetylation / arginase fold / HDAC8 / histone deacetylase 8 / hydroxamate inhibitor / mutant / Alternative splicing / Chromatin regulator / Nucleus / Repressor / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


histone decrotonylase activity / histone deacetylase / protein lysine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / regulation of telomere maintenance / mitotic sister chromatid cohesion / histone deacetylase activity / nuclear chromosome / Notch-HLH transcription pathway / histone deacetylase complex ...histone decrotonylase activity / histone deacetylase / protein lysine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / regulation of telomere maintenance / mitotic sister chromatid cohesion / histone deacetylase activity / nuclear chromosome / Notch-HLH transcription pathway / histone deacetylase complex / negative regulation of protein ubiquitination / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hsp70 protein binding / epigenetic regulation of gene expression / HDACs deacetylate histones / Hsp90 protein binding / regulation of protein stability / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Separation of Sister Chromatids / chromatin organization / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase / Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AGE / : / Histone deacetylase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Dowling, D.P. / Gantt, S.L. / Gattis, S.G. / Fierke, C.A. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structural studies of human histone deacetylase 8 and its site-specific variants complexed with substrate and inhibitors.
著者: Dowling, D.P. / Gantt, S.L. / Gattis, S.G. / Fierke, C.A. / Christianson, D.W.
履歴
登録2008年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 8
B: Histone deacetylase 8
C: Histone deacetylase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,59015
ポリマ－129,5253
非ポリマー1,06512
水25214
1
A: Histone deacetylase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6686
ポリマ－43,1751
非ポリマー4935
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Histone deacetylase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6035
ポリマ－43,1751
非ポリマー4284
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Histone deacetylase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3194
ポリマ－43,1751
非ポリマー1443
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.381, 90.171, 92.267
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Histone deacetylase 8 / HD8


分子量: 43174.941 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDA07, HDAC8, HDACL1 / プラスミド: pHD2-Xa-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BY41, histone deacetylase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-AGE / (2E)-N-hydroxy-3-[1-methyl-4-(phenylacetyl)-1H-pyrrol-2-yl]prop-2-enamide / APHA Compound 8 / 3-(1-Methyl-4-phenylacetyl-1H-2-pyrrolyl)-N-hydroxypropenamide / 3-(1-メチル-4-(フェニルアセチル)-1H-ピロ-ル-2-イル)-N-ヒドロキシアクリルアミド


分子量: 284.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16N2O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: Final drop concentrations of 25 mM Tris, 2.5% glycerol, 75 mM KCl, 1-5% PEG 6000, 50 mM MES, 1 mM tri(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP), 0.03 mM gly-gly-gly, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1.0085 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0085 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→32 Å / Num. all: 21912 / Num. obs: 21912 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 66.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2212 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
AMoRE位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1W22

1w22


解像度: 3.3→31.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 63030.99 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 828 4 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 20842 95.2 %-
all-21881 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 20.7651 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 60.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.6 Å20 Å2-5.59 Å2
2---3.51 Å20 Å2
3---8.12 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.71 Å0.62 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→31.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8377 0 52 14 8443
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.021.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.332
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.22.5
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 145 4.4 %
Rwork0.315 3170 -
obs--91.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2HOHer_rep.paramunk.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramHOHer.top
X-RAY DIFFRACTION4unk.parion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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