PDB-3f02: Cleaved human neuroserpin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3f02

タイトル

Cleaved human neuroserpin

要素

(Neuroserpin) x 2

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / neuroserpin / serpin / cleaved form / fenib / human / Disease mutation / Glycoprotein / Protease inhibitor / Secreted / Serine protease inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic vesicle lumen / peripheral nervous system development / central nervous system development / positive regulation of neuron projection development / serine-type endopeptidase inhibitor activity / perikaryon / secretory granule lumen / neuronal cell body / extracellular space / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Ricagno, S. / Sorrentino, G. / Caccia, S. / Bolognesi, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Human neuroserpin: structure and time-dependent inhibition
著者: Ricagno, S. / Caccia, S. / Sorrentino, G. / Antonini, G. / Bolognesi, M.

履歴

登録	2008年10月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2014年4月16日	Group: Refinement description
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3f02.cif.gz	170.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3f02.ent.gz	135.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3f02.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3f02_validation.pdf.gz	465.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3f02_full_validation.pdf.gz	487.8 KB	表示
XML形式データ	3f02_validation.xml.gz	36.3 KB	表示
CIF形式データ	3f02_validation.cif.gz	51.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/3f02 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/3f02	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f5nC 1jjoS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ut3-1 4ktw-d 4dsq-1 4p0o-d 5om5-d 1dvm-3 4tmv-1 1m93-d 5ez7-d 1xiy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Neuroserpin

C: Neuroserpin

B: Neuroserpin

D: Neuroserpin

92.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Neuroserpin

C: Neuroserpin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Neuroserpin

D: Neuroserpin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.928, 100.066, 115.825
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

IN THIS ENTRY, NEUROSERPIN WAS CLEAVED BY TRYPSIN AND SPLIT TO TWO PARTS. ENTIRE NEUROSERPIN SHOULD FORM MONOMER.

#1: タンパク質	Neuroserpin / Serpin I1 / Protease inhibitor 12 分子量: 40665.719 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 17-362 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cleaved neurserpin by trypsin / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINI1, PI12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLys / 参照: UniProt: Q99574
#2: タンパク質・ペプチド	Neuroserpin / Serpin I1 / Protease inhibitor 12 分子量: 5672.606 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 363-410 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cleaved neurserpin by trypsin / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINI1, PI12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLys / 参照: UniProt: Q99574
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 551 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Ammonium sulphate, Na acetate, PEG MME 2000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月5日
放射	モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 78887 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 20.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHASES		位相決定
REFMAC	5.4.0069	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JJO

1jjo

解像度: 1.8→19.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 6.071 / SU ML: 0.087 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23511	3961	5 %	RANDOM
R_work	0.19101	-	-	-
obs	0.19322	74815	99.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.111 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5788	0	0	551	6339

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	6056
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4091
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.474	1.954	8202
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.378	3	10017
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.529	5	756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.861	25.098	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.555	15	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.976	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	903
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6751
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1234
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.763	1.5	3654
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.194	1.5	1478
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.388	2	5920
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.248	3	2402
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.607	4.5	2260
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.338	284	-
R_work	0.268	5217	-
obs	-	-	95.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2842	0.0285	-0.4004	1.0769	-1.5685	3.9096	0.1326	-0.1225	0.2219	0.5264	-0.0945	-0.1057	-0.5315	0.1428	-0.0381	0.1326	-0.0695	-0.0252	-0.0771	-0.0128	-0.0159	23.4104	13.3739	68.6582
2	0.2144	-0.0268	0.0034	1.4423	-1.1186	1.1679	0.0279	-0.0351	-0.06	0.2861	0.146	0.2388	-0.1663	-0.1196	-0.174	0.0323	0.037	0.0499	-0.0524	0.0098	-0.034	9.3803	2.8625	66.7329
3	0.6157	-0.1059	0.2984	2.1041	-0.3912	1.0495	-0.0104	-0.0016	0.0608	0.0239	-0.0286	-0.1221	-0.0746	0.097	0.039	-0.0433	-0.0095	0.0081	-0.0469	0.0009	-0.0571	19.8823	20.0108	44.1372
4	0.2482	0.0203	0.1185	1.4184	-1.1609	2.1586	0.0159	-0.0541	-0.0209	0.2781	-0.0442	-0.0256	-0.1607	0.0844	0.0283	0.0185	-0.0036	-0.0015	-0.0512	0.0031	-0.0639	20.3822	8.8102	60.8881
5	1.0467	-0.1899	-0.1842	1.2294	-0.8268	1.9906	0.0828	0.1434	-0.0441	-0.2829	-0.0957	-0.065	0.3677	0.0288	0.0129	-0.0186	0.0462	0.0257	0.0063	0.0269	0.0039	22.6821	21.1651	104.8699
6	0.1255	-0.0557	-0.0449	0.9895	-0.7116	1.0354	0.0219	0.0128	0.0389	-0.1145	0.0556	0.1334	0.0468	-0.0812	-0.0776	-0.0694	-0.019	-0.0212	-0.0092	0.0178	0.0019	8.9611	31.8077	107.5343
7	0.7541	0.0632	-0.2962	1.1974	-0.2885	0.9442	-0.0064	0.0152	-0.0078	0.0641	-0.0103	-0.0871	0.1042	0.0785	0.0167	-0.0679	0.01	-0.0054	-0.0201	0	-0.0306	19.961	14.8081	129.3141
8	0.0848	-0.1809	0.1295	0.9409	-0.8856	2.0825	0.0407	0.0701	0.0584	-0.088	-0.0659	-0.0369	0.0901	0.1452	0.0251	-0.0915	0.0076	0.0053	0.0034	0.0194	-0.0194	20.021	25.9403	112.9984
9	0.0109	0.0037	-0.0214	0.038	0.078	0.2395	0.0034	-0.0027	0.0069	-0.0177	-0.0039	-0.0102	0.0325	0.0212	0.0005	0.0031	0.0082	-0.0051	0.0263	0.0092	0.0496	16.4685	18.0938	87.1903

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	24 - 93
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	104 - 200
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	201 - 300
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	302 - 362
5	X-RAY DIFFRACTION	4	C	365 - 399
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	24 - 94
7	X-RAY DIFFRACTION	6	B	102 - 200
8	X-RAY DIFFRACTION	7	B	201 - 301
9	X-RAY DIFFRACTION	8	B	302 - 362
10	X-RAY DIFFRACTION	8	D	364 - 400
11	X-RAY DIFFRACTION	9	A	363 - 705
12	X-RAY DIFFRACTION	9	B	1 - 3
13	X-RAY DIFFRACTION	9	B	363 - 707
14	X-RAY DIFFRACTION	9	C	17
15	X-RAY DIFFRACTION	9	C	418 - 536
16	X-RAY DIFFRACTION	9	D	5 - 13
17	X-RAY DIFFRACTION	9	D	426 - 667

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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