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- PDB-3ezw: Crystal Structure of a Hyperactive Escherichia coli Glycerol Kina... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ezw
タイトルCrystal Structure of a Hyperactive Escherichia coli Glycerol Kinase Mutant Gly230 --> Asp Obtained Using Microfluidic Crystallization Devices
要素Glycerol kinase
キーワードTRANSFERASE / GLYCEROL KINASE / GLYCEROL METABOLISM / ALLOSTERIC REGULATION / MICROFLUIDICS / IN SITU DATA COLLECTION / ATP-binding / Kinase / Metal-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol-3-phosphate metabolic process / glycerol kinase / glycerol kinase activity / glycerol metabolic process / glycerol catabolic process / DNA damage response / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
FGGY family of carbohydrate kinases signature 1. / Glycerol kinase / FGGY family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate kinase, FGGY, conserved site / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / Carbohydrate kinase, FGGY, C-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain ...FGGY family of carbohydrate kinases signature 1. / Glycerol kinase / FGGY family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate kinase, FGGY, conserved site / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / Carbohydrate kinase, FGGY, C-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Anderson, M.J. / DeLaBarre, B. / Dunten, P. / Brunger, A.T. / Quake, S.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of a hyperactive Escherichia coli glycerol kinase mutant Gly230 --> Asp obtained using microfluidic crystallization devices.
著者: Anderson, M.J. / DeLabarre, B. / Raghunathan, A. / Palsson, B.O. / Brunger, A.T. / Quake, S.R.
履歴
登録2008年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2008年11月4日ID: 2P3R
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycerol kinase
B: Glycerol kinase
E: Glycerol kinase
G: Glycerol kinase
C: Glycerol kinase
D: Glycerol kinase
F: Glycerol kinase
H: Glycerol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)475,86144
ポリマ－473,6378
非ポリマー2,22436
水27,4911526
1
A: Glycerol kinase
B: Glycerol kinase
E: Glycerol kinase
G: Glycerol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,91122
ポリマ－236,8184
非ポリマー1,09318
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13350 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area67900 Å2
手法PISA
2
C: Glycerol kinase
D: Glycerol kinase
F: Glycerol kinase
H: Glycerol kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,94922
ポリマ－236,8184
非ポリマー1,13118
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11970 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area67590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.116, 114.260, 212.624
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABEGCDFH

#1: タンパク質
Glycerol kinase / ATP:glycerol 3-phosphotransferase / Glycerokinase / GK


分子量: 59204.598 Da / 分子数: 8 / 変異: G230D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b3926, glpK, JW3897 / プラスミド: pETBlue-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P0A6F3, glycerol kinase

-
非ポリマー , 5種, 1562分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: microfluidic free interface diffusion / pH: 8.5
詳細: 20% PEG 1500, 0.3 M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M TRIS-HCL, pH 8.5, microfluidic free interface diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-3 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月17日
放射モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 250186 / % possible obs: 84 % / 冗長度: 5.9 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 36.8
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Rsym value: 0.225 / % possible all: 73.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0067精密化
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1GLF

1glf


解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 3.652 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SOLVENT GEOMETRY ABOUT THE MG WAS RESTRAINED USING MO6 IDEAL VALUES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22478 5032 2 %RANDOM
Rwork0.16673 ---
obs0.1679 246407 84.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.437 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.23 Å20 Å20.59 Å2
2--0.97 Å20 Å2
3---1.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31113 0 133 1526 32772
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.02232003
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0221653
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8931.94143350
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.673352454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.02453955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.24723.8281531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.477155450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.76315258
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.24769
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0235849
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.026665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1071.519572
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3381.58111
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.872231503
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.989312431
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6894.511847
LS精密化 シェル解像度: 2→2.034 Å / Total num. of bins used: 30
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 227 -
Rwork0.18 10133 -
obs--72.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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