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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ezn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of phosphoglyceromutase from burkholderia pseudomallei 1710b | ||||||
要素 | 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / SSGCID / PHOSPHOGLYCEROMUTASE / BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI / Glycolysis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase activity / phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) / gluconeogenesis / glycolytic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Burkholderia pseudomallei 1710b (類鼻疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011 タイトル: An ensemble of structures of Burkholderia pseudomallei 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase. 著者: Davies, D.R. / Staker, B.L. / Abendroth, J.A. / Edwards, T.E. / Hartley, R. / Leonard, J. / Kim, H. / Rychel, A.L. / Hewitt, S.N. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ezn.cif.gz | 115.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ezn.ent.gz | 88.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ezn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3ezn_validation.pdf.gz | 452.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3ezn_full_validation.pdf.gz | 459.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3ezn_validation.xml.gz | 23.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3ezn_validation.cif.gz | 34.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/3ezn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/3ezn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PG4 / End label comp-ID: PG4 / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 250 / Label seq-ID: 9
NCSアンサンブル: (詳細: A B) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28958.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei 1710b (類鼻疽菌) 株: 1719B / 遺伝子: gpmA, BURPS1710b_0662 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3JWH7, EC: 5.4.2.1 #2: 化合物 | ChemComp-PG4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.37 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: EMERALD CRYO B-4: 100MM MES PH 6.0, 5% PEG 1000, 10% GLYCEROL, 30% PEG 600, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 298K, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 26261 / Num. obs: 26261 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.74 % / Biso Wilson estimate: 22.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 25.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Mean I/σ(I) obs: 9.9 / Num. unique all: 1736 / Rsym value: 0.137 / % possible all: 83.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1x19 modified with ccp4 chainsaw 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 4.047 / SU ML: 0.11 / Isotropic thermal model: isotrpoic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.88 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3028 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
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