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万見
- PDB-3ez7: Partition Protein Apo form in space group I4122 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ez7
タイトルPartition Protein Apo form in space group I4122
要素Plasmid partition protein A
キーワードDNA BINDING PROTEIN / partition / dna binding / winged-hth / Plasmid / Plasmid partition
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmid partitioning / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
ParA helix turn helix domain / ParA helix turn helix domain / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #30 / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / AAA domain / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / Orthogonal Bundle ...ParA helix turn helix domain / ParA helix turn helix domain / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #30 / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / AAA domain / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Plasmid partition protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for ADP-mediated transcriptional regulation by P1 and P7 ParA.
著者: Dunham, T.D. / Xu, W. / Funnell, B.E. / Schumacher, M.A.
履歴
登録2008年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasmid partition protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3271
ポリマ－44,3271
非ポリマー00
水34219
1
A: Plasmid partition protein A

A: Plasmid partition protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6552
ポリマ－88,6552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_545y+1/2,x-1/2,-z+1/21
Buried area11440 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area33480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.300, 145.300, 126.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Plasmid partition protein A


分子量: 44327.398 Da / 分子数: 1 / 変異: K122Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: p1 bacteriophage / 遺伝子: p1, parA / プラスミド: pET15-b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07620
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Formate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.0, 1.26554, 1.26541, 1.3500
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月2日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.265541
31.265411
41.351
反射解像度: 2.92→72.6 Å / Num. obs: 15343 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: -0.1 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 9.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.92→57.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2498555.22 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 1514 10.2 %RANDOM
Rwork0.24 ---
obs0.24 14899 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 75.376 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 94.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.01 Å20 Å20 Å2
2--15.01 Å20 Å2
3----30.02 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.87 Å0.71 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.92→57.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2980 0 0 19 2999
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.81.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.82
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.52
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.532.5
LS精密化 シェル解像度: 2.92→3.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.452 268 10.9 %
Rwork0.381 2183 -
obs--99.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramadp.top
X-RAY DIFFRACTION4adp.paramglycerol-hepes.top
X-RAY DIFFRACTION5glycerol-hepes.param.txtwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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