PDB-3eyt: Crystal structure of Thioredoxin-like superfamily protein SPOA0173

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3eyt

タイトル

Crystal structure of Thioredoxin-like superfamily protein SPOA0173

要素

uncharacterized protein SPOA0173

キーワード

structural genomics / unknown function / Thioredoxin-like superfamily protein SPOA0173 / SILICIBACTER POMEROYI DSS / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

antioxidant activity / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Silicibacter pomeroyi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Chang, C. / Marshall, N. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Thioredoxin-like superfamily protein SPOA0173
著者: Chang, C. / Marshall, N. / Freeman, L. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3eyt.cif.gz	143.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3eyt.ent.gz	113.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3eyt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/3eyt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/3eyt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3fes-d 5nbt-d 5m1x-d 2x28-2 6cay-d 2yjz-d 3rl8-d 2y6d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC61742.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: uncharacterized protein SPOA0173

B: uncharacterized protein SPOA0173

C: uncharacterized protein SPOA0173

D: uncharacterized protein SPOA0173

ヘテロ分子

70.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.543, 76.800, 137.137
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	uncharacterized protein SPOA0173 分子量: 17489.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Silicibacter pomeroyi (バクテリア) 遺伝子: SPOA0173 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivatives / 参照: UniProt: Q5LL54
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 519 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.14 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2M Ammonium sulfate 0.1M Sodium acetate pH 4.6 12% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97928 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月18日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97928 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→68.52 Å / Num. all: 51107 / Num. obs: 51070 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 24.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.142 / R_sym value: 0.142 / Net I/σ(I): 20.256
反射シェル	解像度: 1.95→1.97 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.893 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 1263 / R_sym value: 0.893 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
SHELXD		位相決定
RESOLVE		モデル構築
ARP	WARP	モデル構築
Coot		モデル構築
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→68.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 6.785 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21	2585	5.1 %	RANDOM
R_work	0.173	-	-	-
all	0.175	50932	-	-
obs	0.175	50932	99.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→68.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4735	0	24	519	5278

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	4980
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.417	1.973	6762
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.547	5	642
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.663	24.078	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.321	15	831
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.526	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	763
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3783
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.749	1.5	3178
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.356	2	5091
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.693	3	1802
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.308	4.5	1671
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	181	-
R_work	0.226	3438	-
obs	-	-	96.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5929	-0.1434	-0.1254	1.3967	0.6863	2.0713	-0.0106	-0.0017	-0.0431	0.1123	0.0554	0.0513	-0.1181	-0.1434	-0.0448	0.0267	0.0238	0.0128	0.0346	0.0183	0.0135	44.5806	13.2686	19.1719
2	0.7719	-0.3691	0.303	2.0731	-0.9753	2.7573	0.013	-0.0157	-0.0218	0.1376	0.0319	-0.0032	0.1636	0.0899	-0.0449	0.0379	0.0019	-0.0117	0.0252	0.0095	0.0275	50.8079	-20.5722	19.2768
3	0.9518	-0.2916	0.0108	1.1044	0.2633	2.2414	0.0855	-0.0186	0.0408	-0.1315	-0.0213	0.0005	0.1847	-0.0099	-0.0642	0.054	0.0136	-0.0245	0.0291	-0.0038	0.0434	51.9881	-14.0956	-13.2653
4	0.7265	-0.4003	-0.1001	1.9387	-0.5222	1.6821	0.0124	0.0028	-0.0562	-0.0992	0.0359	-0.0524	-0.1086	-0.0433	-0.0484	0.0442	0.0357	-0.0084	0.0478	-0.0267	0.0282	41.7763	18.9204	-13.0147

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 153
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 153
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 154
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 152

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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