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万見
- PDB-3ey3: A Conformational Transition in the Structure of a 2'-Thiomethyl-M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ey3
タイトルA Conformational Transition in the Structure of a 2'-Thiomethyl-Modified DNA Visualized at High Resolution
要素5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*(USM)P*(USM)P*CP*GP*CP*G)-3'
キーワードDNA / Modified DNA duplex / 2'-thiomethyl uridine / modified sugar
機能・相同性STRONTIUM ION / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Egli, M. / Pallan, P.S.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2009
タイトル: A conformational transition in the structure of a 2'-thiomethyl-modified DNA visualized at high resolution.
著者: Pallan, P.S. / Prakash, T.P. / Li, F. / Eoff, R.L. / Manoharan, M. / Egli, M.
履歴
登録2008年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*(USM)P*(USM)P*CP*GP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*(USM)P*(USM)P*CP*GP*CP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*(USM)P*(USM)P*CP*GP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*(USM)P*(USM)P*CP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,76013
ポリマ－14,9104
非ポリマー8509
水6,287349
1
A: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*(USM)P*(USM)P*CP*GP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*(USM)P*(USM)P*CP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8366
ポリマ－7,4552
非ポリマー3814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area4610 Å2
手法PISA
2
C: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*(USM)P*(USM)P*CP*GP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*(USM)P*(USM)P*CP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9247
ポリマ－7,4552
非ポリマー4695
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area4700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.074, 43.218, 88.712
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*(USM)P*(USM)P*CP*GP*CP*G)-3'


分子量: 3727.522 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: Chemically synthesized modified DNA (Oligonucleotide)
#2: 化合物
ChemComp-SR / STRONTIUM ION


分子量: 87.620 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 5% MPD, 20 mM Na Cacodylate pH 7.0, 6 mM Spermine tetra-HCl, 20 mM LiCl, 40 mM SrCl2., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2Cacodylate11
3Spermine tetra-HCl11
4LiCl11
5SrCl211
6MPD12
7Cacodylate12
8LiCl12
9SrCl212

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→6.9 Å / Num. all: 44892 / Num. obs: 43276 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.25→1.33 Å / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.92 / Num. unique all: 3321

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
MOLREP位相決定
SHELXL-97精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Modified DNA duplex alone from PDB 3EY1 (generated by using the rotation matrix -1.0 0.0 0.0; 0.0 1.0 0.0; 0.0 0.0 -1.0)

3ey1


解像度: 1.25→6.9 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 4317 -Random
Rwork0.147 ---
obs0.147 43158 99.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→6.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 985 23 349 1357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.028

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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