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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3exz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the MaoC-like dehydratase from Rhodospirillum rubrum. Northeast Structural Genomics Consortium target RrR103a. | ||||||
![]() | MaoC-like dehydratase | ||||||
![]() | LYASE / MaoC-like dehydratase / Q2RSA1_RHORT / NESG / RrR103a / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium | ||||||
機能・相同性 | N-terminal of MaoC-like dehydratase / N-terminal half of MaoC dehydratase / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta / MaoC-like dehydratase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vorobiev, S.M. / Su, M. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Vorobiev, S.M. / Su, M. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the MaoC-like dehydratase from Rhodospirillum rubrum. 著者: Vorobiev, S.M. / Su, M. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 153.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 122.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 468.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 485.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | authors state that the biological assembly is Dimer according to aggregation screening. Chain A form a dimer with symmetry mate though symmetry operation -x+1, y, -z-1. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16954.799 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 11170 / 遺伝子: Rru_A2194 / プラスミド: pET21-23C / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.8 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.75M K(2)HPO(4), 0.1M sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97921 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 76686 / Num. obs: 75459 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 27.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 15.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique all: 7619 / % possible all: 98.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.2593 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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