PDB-3ext: Crystal structure of KGPDC from Streptococcus mutans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ext

タイトル

Crystal structure of KGPDC from Streptococcus mutans

要素

RmpD (Hexulose-6-phosphate synthase)

キーワード

LYASE / beta barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / one-carbon metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus mutans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Liu, X. / Li, G.L. / Li, L.F. / Su, X.D.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2009
タイトル: Open-closed conformational change revealed by the crystal structures of 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase from Streptococcus mutans
著者: Li, G.L. / Liu, X. / Nan, J. / Brostromer, E. / Li, L.F. / Su, X.D.

履歴

登録	2008年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2018年5月23日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.version
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ext.cif.gz	55.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ext.ent.gz	39.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ext.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ext_validation.pdf.gz	423.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ext_full_validation.pdf.gz	424.6 KB	表示
XML形式データ	3ext_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	3ext_validation.cif.gz	13.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/3ext ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/3ext	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3exrC 3exsC 1kv8S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3nqd-d 3g1h-5 4luj-d 3nqm-1 3g1f-4 3exs-2 1xbv-d 3pc0-d 1lp6-d 3p5y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RmpD (Hexulose-6-phosphate synthase)

ヘテロ分子

23.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RmpD (Hexulose-6-phosphate synthase)

ヘテロ分子

A: RmpD (Hexulose-6-phosphate synthase)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.780, 83.780, 171.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-274- HOH
2	1	A-297- HOH

#1: タンパク質	RmpD (Hexulose-6-phosphate synthase) / 3-keto-L-gulonate 6-phosphate decarboxylase 分子量: 23850.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア) 遺伝子: ulaD / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q93DA8, 3-dehydro-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.04 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M KCl, 0.05M HEPES, pH7.5, 35%(v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

MAX II

/ ビームライン: I711 / 波長: 0.9074 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9074 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→30 Å / Num. obs: 20739 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 37.447 Å² / R_merge(I) obs: 0.055

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2-2.12		0.345	8.3	51319	3258	98.3
2.12-2.27		0.212	13.6	50449	3118	99.9
2.27-2.45		0.148	19.2	46560	2887	99.7
2.45-2.68		0.098	28.1	43274	2697	99.7
2.68-3		0.068	38.7	38852	2455	99.8
3-3.46		0.048	50	33900	2169	99.7
3.46-4.22		0.035	61.4	28541	1874	99.8
4.22-5.91		0.039	65.2	21552	1484	99.2
	5.91	0.032	57.2	9354	797	85.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 0.589 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.587

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2 Å	28.63 Å
Translation	2 Å	28.63 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KV8

1kv8

解像度: 2→19.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / WR_factor R_free: 0.218 / WR_factor R_work: 0.204 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.847 / SU B: 6.565 / SU ML: 0.094 / SU R Cruickshank DPI: 0.15 / SU R_free: 0.133 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.222	1042	5 %	RANDOM
R_work	0.199	-	-	-
obs	0.2	19853	99.18 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 61.61 Å² / B_iso mean: 29.087 Å² / B_iso min: 13.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.41 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1579	0	1	82	1662

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	1603
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.537	1.947	2173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.073	5	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.259	25.077	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.357	15	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.25	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	701
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.298	0.2	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.071	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.138	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.132	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.958	1.5	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.455	2	1655
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.303	3	629
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.267	4.5	518

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.323	77	-
R_work	0.242	1429	-
all	-	1506	-
obs	-	-	99.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5861	-0.7766	-0.0315	1.0382	-0.0775	1.5716	0.2265	-0.0031	0.0972	-0.1441	-0.0595	-0.0253	0.065	0.2027	-0.167	0.041	0.0383	0.0149	0.0285	-0.0252	0.0897	10.8446	39.2063	26.0476
2	0.2526	-0.1032	-0.6093	5.6287	1.159	1.6176	0.4744	0.3743	-0.0335	-0.676	-0.3519	-0.0762	0.083	0.1282	-0.1225	0.1967	0.1925	-0.0077	0.0981	-0.0418	-0.0181	10.3148	33.6044	12.2769
3	1.6969	-0.0006	-0.2257	3.7285	-0.4229	1.2463	0.4842	0.2566	-0.1516	-0.5028	-0.3688	-0.118	0.2778	0.152	-0.1154	0.1911	0.2336	-0.0378	0.1149	-0.0851	-0.0149	15.0385	26.9224	12.2115
4	3.0655	-2.5279	-2.5771	3.575	0.9125	3.153	0.1235	0.1258	-0.1619	-0.0522	-0.1751	0.3364	0.5644	0.3367	0.0517	0.1727	0.1539	-0.0903	-0.0064	-0.1149	0.1081	15.562	19.5656	25.8154

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 129
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	130 - 155
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	156 - 192
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	193 - 221

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