PDB-3exg: Crystal structure of the pyruvate dehydrogenase (E1p) component o...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3exg

タイトル

Crystal structure of the pyruvate dehydrogenase (E1p) component of human pyruvate dehydrogenase complex

要素

Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial
Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / heterotetramer / thiamine diphosphate-dependent enzyme / Disease mutation / Glycolysis / Leigh syndrome / Mitochondrion / Phosphoprotein / Alternative splicing / Polymorphism / Pyruvate / Thiamine pyrophosphate / Transit peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

: / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) activity / PDH complex synthesizes acetyl-CoA from PYR / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / pyruvate dehydrogenase complex / Signaling by Retinoic Acid / tricarboxylic acid cycle / Mitochondrial protein degradation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.011 Å

データ登録者

Kato, M. / Wynn, R.M. / Chuang, J.L. / Tso, S.-C. / Machius, M. / Li, J. / Chuang, D.T.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structural basis for inactivation of the human pyruvate dehydrogenase complex by phosphorylation: role of disordered phosphorylation loops.
著者: Kato, M. / Wynn, R.M. / Chuang, J.L. / Tso, S.C. / Machius, M. / Li, J. / Chuang, D.T.

履歴

登録	2008年10月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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CIF形式データ	3exg_validation.cif.gz	499.1 KB	表示
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関連構造データ

関連構造データ	3exeC 3exfC 3exhC 3exiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cer-1 1olu-1 6q6q-d 4uhw-d 2ozl-d 3exe-1 4uhx-d 1fiq-d 5epg-d 2bfb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (10) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial

B: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial

C: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial

D: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial

E: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial

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K: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial

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単位格子

Length a, b, c (Å)	119.278, 128.290, 228.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.140, 90.050, 90.020
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	A	A	0 - 196	0 - 196
2	1	1	C	C	0 - 196	0 - 196
3	1	1	E	E	0 - 196	0 - 196
4	1	1	G	G	0 - 196	0 - 196
5	1	1	I	I	0 - 196	0 - 196
6	1	1	K	K	0 - 196	0 - 196
7	1	1	M	M	0 - 196	0 - 196
8	1	1	O	O	0 - 196	0 - 196
9	1	1	Q	Q	0 - 196	0 - 196
10	1	1	S	S	0 - 196	0 - 196
11	1	1	U	U	0 - 196	0 - 196
12	1	1	W	W	0 - 196	0 - 196
13	1	1	Y	Y	0 - 196	0 - 196
14	1	1	A	A	0 - 196	0 - 196
15	1	1	C	C	0 - 196	0 - 196
16	1	1	E	E	0 - 196	0 - 196
1	2	1	A	A	207 - 260	207 - 260
2	2	1	C	C	207 - 260	207 - 260
3	2	1	E	E	207 - 260	207 - 260
4	2	1	G	G	207 - 260	207 - 260
5	2	1	I	I	207 - 260	207 - 260
6	2	1	K	K	207 - 260	207 - 260
7	2	1	M	M	207 - 260	207 - 260
8	2	1	O	O	207 - 260	207 - 260
9	2	1	Q	Q	207 - 260	207 - 260
10	2	1	S	S	207 - 260	207 - 260
11	2	1	U	U	207 - 260	207 - 260
12	2	1	W	W	207 - 260	207 - 260
13	2	1	Y	Y	207 - 260	207 - 260
14	2	1	A	A	207 - 260	207 - 260
15	2	1	C	C	207 - 260	207 - 260
16	2	1	E	E	207 - 260	207 - 260
1	3	1	A	A	280 - 361	280 - 361
2	3	1	C	C	280 - 361	280 - 361
3	3	1	E	E	280 - 361	280 - 361
4	3	1	G	G	280 - 361	280 - 361
5	3	1	I	I	280 - 361	280 - 361
6	3	1	K	K	280 - 361	280 - 361
7	3	1	M	M	280 - 361	280 - 361
8	3	1	O	O	280 - 361	280 - 361
9	3	1	Q	Q	280 - 361	280 - 361
10	3	1	S	S	280 - 361	280 - 361
11	3	1	U	U	280 - 361	280 - 361
12	3	1	W	W	280 - 361	280 - 361
13	3	1	Y	Y	280 - 361	280 - 361
14	3	1	A	A	280 - 361	280 - 361
15	3	1	C	C	280 - 361	280 - 361
16	3	1	E	E	280 - 361	280 - 361
1	1	2	B	B	1 - 329	1 - 329
2	1	2	D	D	1 - 329	1 - 329
3	1	2	F	F	1 - 329	1 - 329
4	1	2	H	H	1 - 329	1 - 329
5	1	2	J	J	1 - 329	1 - 329
6	1	2	L	L	1 - 329	1 - 329
7	1	2	N	N	1 - 329	1 - 329
8	1	2	P	P	1 - 329	1 - 329
9	1	2	R	R	1 - 329	1 - 329
10	1	2	T	T	1 - 329	1 - 329
11	1	2	V	V	1 - 329	1 - 329
12	1	2	X	X	1 - 329	1 - 329
13	1	2	Z	Z	1 - 329	1 - 329
14	1	2	B	B	1 - 329	1 - 329
15	1	2	D	D	1 - 329	1 - 329
16	1	2	F	F	1 - 329	1 - 329

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha, somatic form, mitochondrial / E.C.1.2.4.1 / pyruvate dehydrogenase (E1p) alpha subunit / PDHE1-A type I 分子量: 42552.516 Da / 分子数: 16 / 断片: E1p-alpha / 変異: S203A,S271A / 由来タイプ: 組換発現詳細: Phosphorylation site 1 (S264) only mutant (S203A/S271A) with the site 1 being phosphorylated. Apo form 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDHA1, PHE1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P08559, pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)
#2: タンパク質	Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial / E.C.1.2.4.1 / pyruvate dehydrogenase (E1p) beta subunit / PDHE1-B 分子量: 35941.316 Da / 分子数: 16 / 断片: E1p-beta / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDHB, PHE1B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P11177, pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 12% PEG 8000, 140mM NaOAC, 50mM BisTris pH6.5, 10% glucose, 50mM Taurine, 8mM MgCl2, and 10mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.011→50 Å / Num. obs: 263005 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Χ²: 1.283 / Net I/σ(I): 10.299

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
3.011-3.05	1.9	0.535	13124	1.687	1	98
3.05-3.11	2	0.464	13107	1.744	1	98.1
3.11-3.17	2	0.38	13091	1.657	1	98.1
3.17-3.23	2	0.307	13121	1.531	1	98.3
3.23-3.3	2	0.262	13157	1.397	1	98.4
3.3-3.38	2	0.227	13150	1.324	1	98.3
3.38-3.46	2	0.185	13125	1.29	1	98.4
3.46-3.56	2	0.157	13196	1.315	1	98.4
3.56-3.66	2	0.13	13089	1.319	1	98.3
3.66-3.78	2	0.109	13143	1.266	1	98.3
3.78-3.91	2.1	0.096	13088	1.302	1	98.3
3.91-4.07	2.1	0.078	13161	1.274	1	98.2
4.07-4.26	2.1	0.064	13135	1.268	1	98.1
4.26-4.48	2.1	0.055	13076	1.276	1	98.1
4.48-4.76	2.1	0.047	13186	1.148	1	98.6
4.76-5.13	2.1	0.046	13221	1.102	1	98.7
5.13-5.64	2.1	0.047	13177	1.118	1	98.9
5.64-6.46	2.1	0.041	13207	1.055	1	99
6.46-8.13	2.2	0.029	13252	0.993	1	99.3
8.13-50	2.1	0.02	13199	0.806	1	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.4.0069	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

解像度: 3.011→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 44.287 / SU ML: 0.35 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.452 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.253	13221	5 %	RANDOM
R_work	0.189	-	-	-
obs	0.192	262510	97.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 108.47 Å² / B_iso mean: 55.677 Å² / B_iso min: 30.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.66 Å²	-0.24 Å²	-0.18 Å²
2-	-	-4.73 Å²	0.49 Å²
3-	-	-	1.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.011→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	83323	0	16	0	83339

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	85013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.883	1.964	114852
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.426	5	10701
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.653	24.021	3810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.199	15	14628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.113	15	577
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	12492
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	64719
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.591	1.5	53377
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.203	2	85616
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2	3	31636
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.488	4.5	29236

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	14	A	1320	MEDIUM POSITIONAL	0.21	0.5
1	1	C	1320	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
1	15	E	1320	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
1	1	G	1320	MEDIUM POSITIONAL	0.21	0.5
1	16	I	1320	MEDIUM POSITIONAL	0.21	0.5
1	1	K	1320	MEDIUM POSITIONAL	0.22	0.5
1	1	M	1320	MEDIUM POSITIONAL	0.21	0.5
1	1	O	1320	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0.5
1	1	Q	1320	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
1	1	S	1320	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
1	14	U	1320	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
1	1	W	1320	MEDIUM POSITIONAL	0.21	0.5
1	15	Y	1320	MEDIUM POSITIONAL	0.21	0.5
1	1	A	1320	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0.5
1	16	C	1320	MEDIUM POSITIONAL	0.22	0.5
1	1	E	1320	MEDIUM POSITIONAL	0.22	0.5
1	14	A	1244	LOOSE POSITIONAL	0.47	5
1	1	C	1244	LOOSE POSITIONAL	0.46	5
1	15	E	1244	LOOSE POSITIONAL	0.4	5
1	1	G	1244	LOOSE POSITIONAL	0.43	5
1	16	I	1244	LOOSE POSITIONAL	0.39	5
1	1	K	1244	LOOSE POSITIONAL	0.45	5
1	1	M	1244	LOOSE POSITIONAL	0.39	5
1	1	O	1244	LOOSE POSITIONAL	0.5	5
1	1	Q	1244	LOOSE POSITIONAL	0.48	5
1	1	S	1244	LOOSE POSITIONAL	0.46	5
1	14	U	1244	LOOSE POSITIONAL	0.41	5
1	1	W	1244	LOOSE POSITIONAL	0.49	5
1	15	Y	1244	LOOSE POSITIONAL	0.4	5
1	1	A	1244	LOOSE POSITIONAL	0.54	5
1	16	C	1244	LOOSE POSITIONAL	0.45	5
1	1	E	1244	LOOSE POSITIONAL	0.46	5
1	14	A	1320	MEDIUM THERMAL	2.3	2
1	1	C	1320	MEDIUM THERMAL	2.37	2
1	15	E	1320	MEDIUM THERMAL	2.55	2
1	1	G	1320	MEDIUM THERMAL	2.28	2
1	16	I	1320	MEDIUM THERMAL	2.25	2
1	1	K	1320	MEDIUM THERMAL	2.19	2
1	1	M	1320	MEDIUM THERMAL	2.4	2
1	1	O	1320	MEDIUM THERMAL	2.85	2
1	1	Q	1320	MEDIUM THERMAL	2.26	2
1	1	S	1320	MEDIUM THERMAL	1.98	2
1	14	U	1320	MEDIUM THERMAL	2.7	2
1	1	W	1320	MEDIUM THERMAL	2.01	2
1	15	Y	1320	MEDIUM THERMAL	2.53	2
1	1	A	1320	MEDIUM THERMAL	2.57	2
1	16	C	1320	MEDIUM THERMAL	2.39	2
1	1	E	1320	MEDIUM THERMAL	2.01	2
1	14	A	1244	LOOSE THERMAL	3.13	10
1	1	C	1244	LOOSE THERMAL	3.11	10
1	15	E	1244	LOOSE THERMAL	3.37	10
1	1	G	1244	LOOSE THERMAL	3.12	10
1	16	I	1244	LOOSE THERMAL	2.98	10
1	1	K	1244	LOOSE THERMAL	2.86	10
1	1	M	1244	LOOSE THERMAL	3.2	10
1	1	O	1244	LOOSE THERMAL	3.46	10
1	1	Q	1244	LOOSE THERMAL	3.07	10
1	1	S	1244	LOOSE THERMAL	3.03	10
1	14	U	1244	LOOSE THERMAL	3.35	10
1	1	W	1244	LOOSE THERMAL	2.76	10
1	15	Y	1244	LOOSE THERMAL	3.08	10
1	1	A	1244	LOOSE THERMAL	3.25	10
1	16	C	1244	LOOSE THERMAL	3.13	10
1	1	E	1244	LOOSE THERMAL	2.77	10
2	1	B	1316	MEDIUM POSITIONAL	0.19	0.5
2	14	D	1316	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
2	1	F	1316	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
2	15	H	1316	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
2	1	J	1316	MEDIUM POSITIONAL	0.19	0.5
2	16	L	1316	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
2	1	N	1316	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
2	1	P	1316	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
2	1	R	1316	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
2	1	T	1316	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
2	1	V	1316	MEDIUM POSITIONAL	0.19	0.5
2	14	X	1316	MEDIUM POSITIONAL	0.19	0.5
2	1	Z	1316	MEDIUM POSITIONAL	0.19	0.5
2	15	B	1316	MEDIUM POSITIONAL	0.19	0.5
2	1	D	1316	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
2	16	F	1316	MEDIUM POSITIONAL	0.19	0.5
2	1	B	1203	LOOSE POSITIONAL	0.41	5
2	14	D	1203	LOOSE POSITIONAL	0.37	5
2	1	F	1203	LOOSE POSITIONAL	0.37	5
2	15	H	1203	LOOSE POSITIONAL	0.38	5
2	1	J	1203	LOOSE POSITIONAL	0.36	5
2	16	L	1203	LOOSE POSITIONAL	0.44	5
2	1	N	1203	LOOSE POSITIONAL	0.39	5
2	1	P	1203	LOOSE POSITIONAL	0.36	5
2	1	R	1203	LOOSE POSITIONAL	0.35	5
2	1	T	1203	LOOSE POSITIONAL	0.38	5
2	1	V	1203	LOOSE POSITIONAL	0.35	5
2	14	X	1203	LOOSE POSITIONAL	0.35	5
2	1	Z	1203	LOOSE POSITIONAL	0.4	5
2	15	B	1203	LOOSE POSITIONAL	0.41	5
2	1	D	1203	LOOSE POSITIONAL	0.38	5
2	16	F	1203	LOOSE POSITIONAL	0.38	5
2	1	B	1316	MEDIUM THERMAL	1.71	2
2	14	D	1316	MEDIUM THERMAL	1.74	2
2	1	F	1316	MEDIUM THERMAL	1.72	2
2	15	H	1316	MEDIUM THERMAL	1.53	2
2	1	J	1316	MEDIUM THERMAL	1.61	2
2	16	L	1316	MEDIUM THERMAL	1.68	2
2	1	N	1316	MEDIUM THERMAL	1.68	2
2	1	P	1316	MEDIUM THERMAL	1.41	2
2	1	R	1316	MEDIUM THERMAL	1.57	2
2	1	T	1316	MEDIUM THERMAL	1.52	2
2	1	V	1316	MEDIUM THERMAL	1.75	2
2	14	X	1316	MEDIUM THERMAL	1.62	2
2	1	Z	1316	MEDIUM THERMAL	1.76	2
2	15	B	1316	MEDIUM THERMAL	1.57	2
2	1	D	1316	MEDIUM THERMAL	1.77	2
2	16	F	1316	MEDIUM THERMAL	1.8	2
2	1	B	1203	LOOSE THERMAL	2.61	10
2	14	D	1203	LOOSE THERMAL	2.57	10
2	1	F	1203	LOOSE THERMAL	2.49	10
2	15	H	1203	LOOSE THERMAL	2.31	10
2	1	J	1203	LOOSE THERMAL	2.43	10
2	16	L	1203	LOOSE THERMAL	2.31	10
2	1	N	1203	LOOSE THERMAL	2.27	10
2	1	P	1203	LOOSE THERMAL	2.41	10
2	1	R	1203	LOOSE THERMAL	2.4	10
2	1	T	1203	LOOSE THERMAL	2.44	10
2	1	V	1203	LOOSE THERMAL	2.49	10
2	14	X	1203	LOOSE THERMAL	2.43	10
2	1	Z	1203	LOOSE THERMAL	2.46	10
2	15	B	1203	LOOSE THERMAL	2.57	10
2	1	D	1203	LOOSE THERMAL	2.35	10
2	16	F	1203	LOOSE THERMAL	2.37	10

LS精密化シェル

解像度: 3.011→3.089 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.374	888	-
R_work	0.295	17435	-
all	-	18323	-
obs	-	-	92.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5213	-0.0976	-0.1423	1.4925	0.1429	0.9317	0.0475	0.1027	-0.0085	-0.1135	-0.1466	0.1159	0.1586	-0.08	0.099	-0.2762	0.0156	0.0506	-0.1629	-0.0095	-0.1892	-15.0747	3.0171	-73.0429
2	0.5394	-0.2626	0.0215	1.2235	0.0733	0.931	0.0975	0.0991	-0.0458	-0.1011	-0.1479	-0.0383	-0.0976	0.0281	0.0504	-0.3138	0.005	-0.0382	-0.1617	-0.0318	-0.1409	-51.6129	-55.1121	-70.0591
3	0.5755	0.1606	0.0557	1.288	-0.0254	1.1323	0.1222	-0.1564	-0.0549	0.1337	-0.1625	0.0211	-0.1357	-0.0407	0.0403	-0.1187	-0.0196	-0.058	-0.1349	0.0316	-0.1615	-74.5038	8.0999	-19.3338
4	0.4403	0.3092	-0.0409	1.5588	-0.1383	1.0111	0.1071	-0.0945	-0.0089	0.177	-0.1883	-0.2667	-0.0062	0.0801	0.0812	-0.2162	0.0343	0.0319	-0.1462	0.0247	-0.1045	8.0227	-62.2422	-22.9403
5	0.551	0.1322	0.1288	1.4049	0.0888	0.9101	0.0313	-0.0981	0.0025	0.1049	-0.1372	0.12	-0.1763	-0.0711	0.1059	-0.2076	0.0016	-0.0355	-0.1578	-0.0092	-0.2062	-74.6436	-64.5793	-132.5271
6	0.5498	0.2507	-0.0046	1.2228	0.0414	0.8793	0.0894	-0.0979	0.0482	0.082	-0.1277	-0.0144	0.1285	0.0372	0.0383	-0.2552	0.006	0.0541	-0.1517	-0.0322	-0.163	8.0725	-6.4985	-135.4751
7	0.4416	-0.3479	0.0503	1.5268	-0.1565	0.9495	0.1035	0.1095	0.0017	-0.1747	-0.186	-0.2763	-0.0031	0.0738	0.0825	-0.1374	-0.061	-0.0505	-0.1408	0.0259	-0.1222	-51.4614	0.5918	-182.6785
8	0.6002	-0.1415	-0.0756	1.2492	0.0306	1.1077	0.1134	0.161	0.0562	-0.1111	-0.1587	0.0163	0.1253	-0.0472	0.0453	-0.0493	-0.0008	0.0334	-0.134	0.0308	-0.1823	-14.6589	-69.6857	-186.212

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 361
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 329
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	0 - 361
4	X-RAY DIFFRACTION	1	D	1 - 329
5	X-RAY DIFFRACTION	2	E	0 - 361
6	X-RAY DIFFRACTION	2	F	1 - 329
7	X-RAY DIFFRACTION	2	G	0 - 361
8	X-RAY DIFFRACTION	2	H	1 - 329
9	X-RAY DIFFRACTION	3	I	0 - 361
10	X-RAY DIFFRACTION	3	J	1 - 329
11	X-RAY DIFFRACTION	3	K	0 - 361
12	X-RAY DIFFRACTION	3	L	1 - 329
13	X-RAY DIFFRACTION	4	M	0 - 361
14	X-RAY DIFFRACTION	4	N	1 - 329
15	X-RAY DIFFRACTION	4	O	0 - 361
16	X-RAY DIFFRACTION	4	P	1 - 329
17	X-RAY DIFFRACTION	5	Q	0 - 361
18	X-RAY DIFFRACTION	5	R	1 - 329
19	X-RAY DIFFRACTION	5	S	0 - 361
20	X-RAY DIFFRACTION	5	T	1 - 329
21	X-RAY DIFFRACTION	6	U	0 - 361
22	X-RAY DIFFRACTION	6	V	1 - 329
23	X-RAY DIFFRACTION	6	W	0 - 361
24	X-RAY DIFFRACTION	6	X	1 - 329
25	X-RAY DIFFRACTION	7	Y	0 - 361
26	X-RAY DIFFRACTION	7	Z	1 - 329
27	X-RAY DIFFRACTION	7	1	0 - 361
28	X-RAY DIFFRACTION	7	2	1 - 329
29	X-RAY DIFFRACTION	8	3	0 - 361
30	X-RAY DIFFRACTION	8	4	1 - 329
31	X-RAY DIFFRACTION	8	5	0 - 361
32	X-RAY DIFFRACTION	8	6	1 - 329

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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