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- PDB-3exa: Crystal structure of the full-length tRNA isopentenylpyrophosphat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3exa
タイトルCrystal structure of the full-length tRNA isopentenylpyrophosphate transferase (BH2366) from Bacillus halodurans, Northeast Structural Genomics Consortium target BhR41.
要素tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase
キーワードTRANSFERASE / alpha-beta protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / ATP-binding / Nucleotide-binding / Nucleotidyltransferase / tRNA processing
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA dimethylallyltransferase / tRNA dimethylallyltransferase activity / AMP dimethylallyltransferase activity / tRNA modification / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Crystal structure of tRNA isopentenylpyrophosphate transferase (bh2366) domain / IPP transferase / Dimethylallyltransferase / IPP transferase / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...Crystal structure of tRNA isopentenylpyrophosphate transferase (bh2366) domain / IPP transferase / Dimethylallyltransferase / IPP transferase / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA dimethylallyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Forouhar, F. / Abashidze, M. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Shastry, R. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. ...Forouhar, F. / Abashidze, M. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Shastry, R. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the full-length tRNA isopentenylpyrophosphate transferase (BH2366) from Bacillus halodurans, Northeast Structural Genomics Consortium target BhR41.
著者: Forouhar, F. / Abashidze, M. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Shastry, R. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G. ...著者: Forouhar, F. / Abashidze, M. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Shastry, R. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2008年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase
B: tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase
C: tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase
D: tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,6114
ポリマ-149,6114
非ポリマー00
10,178565
1
A: tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase
B: tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8062
ポリマ-74,8062
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area29450 Å2
手法PISA
2
C: tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase
D: tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8062
ポリマ-74,8062
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area29490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.805, 73.824, 95.561
Angle α, β, γ (deg.)89.99, 93.73, 90.02
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細possibly monomer. However in both crystal and solution, the BH2366 molecules predominantly exist as dimers. At present, it is unknown what role an apo BH266 dimer plays.

-
要素

#1: タンパク質
tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase / IPP transferase / Isopentenyl-diphosphate:tRNA isopentenyltransferase / IPTase / IPPT


分子量: 37402.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: locus_tag=BH2366
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
: C-125 / 遺伝子: BH2366, miaA / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q9KAC3, EC: 2.5.1.8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 10 mM Tris-HCl pH (7.5), 100 mM NaCl, 5 mM DTT, and 0.025% (w/v) NaN3. Reservoir solution: 16% PEG 3350 and 200 mM Ammonium tartrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9788
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.9 Å / Num. all: 126922 / Num. obs: 89734 / % possible obs: 70.7 % / Observed criterion σ(F): 0.7 / Observed criterion σ(I): 0.7 / 冗長度: 1.5 % / Biso Wilson estimate: 14.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Rsym value: 0.083 / % possible all: 55.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SnBthen SOLVE/RESOLVE位相決定
CNS1.2精密化
XTALVIEW精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 375722.41 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 3936 4.6 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.22 85837 68.4 %-
all-125493 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.9184 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.72 Å2-0.33 Å2-3.68 Å2
2--11.26 Å20.18 Å2
3----0.54 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9684 0 0 565 10249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 286 4.5 %
Rwork0.249 6088 -
obs--50.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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