ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CBASS | | データ収集 | SHELX | | モデル構築 | SHARP | | 位相決定 | ARP | | モデル構築 | WARP | | モデル構築 | CNS | 1.1 | 精密化 | HKL-2000 | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | SHELX | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→31.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 106499.65 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2 | 1159 | 4 % | RANDOM |
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Rwork | 0.179 | - | - | - |
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all | 0.204 | 29919 | - | - |
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obs | 0.179 | 29133 | 97.5 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.5748 Å2 / ksol: 0.414029 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14.9 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.68 Å2 | 0.73 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0.68 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -1.36 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.19 Å | 0.16 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.09 Å | 0.1 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→31.88 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1771 | 0 | 6 | 298 | 2075 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.005 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d23.8 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.89 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it0.98 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.42 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.6 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.09 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.213 | 188 | 4.1 % |
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Rwork | 0.213 | 4420 | - |
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obs | - | - | 93.8 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | dna-rna_rep.param | dna-rna.top | X-RAY DIFFRACTION | 3 | water_rep.paramwater.topX-RAY DIFFRACTION | 4 | ion.paramion.topX-RAY DIFFRACTION | 5 | gol_xplor.par | | | | | | | |
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