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- PDB-3ewe: Crystal Structure of the Nup85/Seh1 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ewe
タイトルCrystal Structure of the Nup85/Seh1 Complex
要素
  • Nucleoporin NUP85
  • Nucleoporin SEH1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / STRUCTURAL PROTEIN / Nucleoporin / Nuclear Pore Complex / mRNA transport / Nucleus / Translocation / Cell membrane / Membrane / Phosphoprotein / Transport / WD repeat / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Seh1-associated complex / nuclear pore localization / regulation of TORC1 signaling / nuclear pore outer ring / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / SUMOylation of SUMOylation proteins / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins ...Seh1-associated complex / nuclear pore localization / regulation of TORC1 signaling / nuclear pore outer ring / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / SUMOylation of SUMOylation proteins / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / vacuolar membrane / nucleocytoplasmic transport / ribosomal large subunit export from nucleus / mRNA transport / nuclear pore / mRNA export from nucleus / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / protein import into nucleus / nuclear envelope / protein transport / nuclear membrane / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin Nup85-like / Nup85 Nucleoporin / Sec13/Seh1 family / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats ...Nucleoporin Nup85-like / Nup85 Nucleoporin / Sec13/Seh1 family / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NUP85 / Nucleoporin SEH1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Brohawn, S.G. / Leksa, N.C. / Rajashankar, K.R. / Schwartz, T.U.
引用ジャーナル: Science / 年: 2008
タイトル: Structural evidence for common ancestry of the nuclear pore complex and vesicle coats.
著者: Brohawn, S.G. / Leksa, N.C. / Spear, E.D. / Rajashankar, K.R. / Schwartz, T.U.
履歴
登録2008年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoporin SEH1
B: Nucleoporin NUP85
C: Nucleoporin SEH1
D: Nucleoporin NUP85


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,7584
ポリマ－206,7584
非ポリマー00
水00
1
A: Nucleoporin SEH1
B: Nucleoporin NUP85


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,3792
ポリマ－103,3792
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area31660 Å2
手法PISA
2
C: Nucleoporin SEH1
D: Nucleoporin NUP85


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,3792
ポリマ－103,3792
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area31850 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9110 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area60820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.559, 112.559, 350.549
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A OR (CHAIN B AND RESSEQ 1:99)
211CHAIN C OR (CHAIN D AND RESSEQ 1:99)
112CHAIN B AND RESSEQ 216:370)
212CHAIN D AND RESSEQ 216:370)
113CHAIN B AND NOT (RESSEQ 1:99 OR RESSEQ 216:370 OR RESSEQ 531:556)
213CHAIN D AND NOT (RESSEQ 1:99 OR RESSEQ 216:370 OR RESSEQ 531:556)

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
詳細HETEROTETRAMER IS NOT OBSERVED IN SOLUTION BY AUTHOR. SEE CITATION FOR DETAILS.

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要素

#1: タンパク質 Nucleoporin SEH1 / Nuclear pore protein SEH1 / SEC13 homolog 1


分子量: 39170.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SEH1, YGL100W / プラスミド: pCola-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P53011
#2: タンパク質 Nucleoporin NUP85 / Nuclear pore protein NUP85


分子量: 64208.402 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 1-564 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: J1624, NUP85, RAT9, YJR042W / プラスミド: pCola-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P46673
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 %
結晶化温度: 289 K / pH: 8.5
詳細: 18% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane, 0.2M Sodium Citrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→40 Å / Num. obs: 29579 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 118 Å2 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 3.3 % / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXC/D/Eモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXC/D/E位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.5→29.75 Å / SU ML: 0.59 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 1405 4.96 %
Rwork0.326 --
obs0.328 28300 96.4 %
all-29360 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 102.79 Å2 / ksol: 0.26 e/Å3
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.58 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→29.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9689 0 0 0 9689
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089889
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.213498
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2963172
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0791623
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051664
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2114X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C2114X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.09
21B876X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D876X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.109
31B1663X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32D1663X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.101
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.62490.46091350.39652703X-RAY DIFFRACTION99
3.6249-3.76980.4331610.33232636X-RAY DIFFRACTION98
3.7698-3.9410.34091310.33562692X-RAY DIFFRACTION98
3.941-4.14830.37461190.31332711X-RAY DIFFRACTION98
4.1483-4.40740.37021310.31432655X-RAY DIFFRACTION97
4.4074-4.74640.34961180.29532707X-RAY DIFFRACTION97
4.7464-5.22180.33911430.29792656X-RAY DIFFRACTION96
5.2218-5.97210.32721490.32362699X-RAY DIFFRACTION96
5.9721-7.50420.38471800.3262721X-RAY DIFFRACTION96
7.5042-29.7560.3381380.29612715X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6136-0.58290.12823.1552-1.13183.66530.0826-0.5344-0.160.57570.52830.96710.0152-0.9733-0.00041.32630.13020.07372.07590.14281.549-43.073760.820162.3163
28.0699-2.7281-3.40132.14230.11311.9958-0.0823-0.4752-0.50830.423-0.20870.1177-0.2740.65310.00091.2592-0.0203-0.30731.8603-0.04920.9677-1.886969.6958.878
35.1405-0.2398-0.12460.77770.36346.0106-0.12740.9238-0.4226-0.64950.2766-0.53650.31532.0529-0.00051.42510.22240.16712.99360.21881.685634.992462.992117.1784
46.38682.6904-2.73680.8945-0.56292.0895-0.22050.1342-0.2473-0.29920.0752-0.2533-0.4216-0.08780.00171.11520.1859-0.24311.60040.21171.1455-6.157471.731821.5158
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A or (chain B and resseq 1:95)
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and not (resseq 1:95)
3X-RAY DIFFRACTION3chain C or (chain D and resseq 1:95)
4X-RAY DIFFRACTION4chain D and not (resseq 1:95)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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