PDB-3evz: Crystal structure of Methyltransferase from Pyrococcus furiosus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3evz

タイトル

Crystal structure of Methyltransferase from Pyrococcus furiosus

要素

methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / 11120i / Methyltransferase / NYSGXRC / New York SGX Research Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Pyrococcus furiosus / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

methyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Zhang, Z. / Eswaramoorthy, S. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of methyltransferase from Pyrococcus furiosus
著者: Zhang, Z. / Eswaramoorthy, S. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.

履歴

登録	2008年10月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2016年12月21日	Group: Structure summary
改定 1.3	2021年2月10日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_conn Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3evz.cif.gz	53.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3evz.ent.gz	38.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3evz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3evz_validation.pdf.gz	426 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3evz_full_validation.pdf.gz	431.8 KB	表示
XML形式データ	3evz_validation.xml.gz	10.6 KB	表示
CIF形式データ	3evz_validation.cif.gz	13.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/3evz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/3evz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4kak-1 4ao6-d 5ufn-2 1kui-d 1n6y-d 6yv5-d 6qmr-6 6skb-3 6fuh-d 1au8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-11120i

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: methyltransferase

26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.877, 46.877, 331.412
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	methyltransferase 分子量: 26246.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: PF0847 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q8U2I7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.57 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: D9. 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月1日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→55.22 Å / Num. all: 11261 / Num. obs: 10605 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 28.4 % / R_merge(I) obs: 0.111 / R_sym value: 0.114 / Net I/σ(I): 29.1
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 27.2 % / R_merge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / R_sym value: 0.342 / % possible all: 85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
SHELXS		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→55.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 12.973 / SU ML: 0.162 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.289 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.259	535	4.8 %	RANDOM
R_work	0.19916	-	-	-
obs	0.20195	10605	92.38 %	-
all	-	11261	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.206 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.02 Å²	0.51 Å²	0 Å²
2-	-	1.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→55.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1575	0	0	51	1626

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.102	1.965	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.263	5	194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.744	23.014	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.407	15	292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.797	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.181	0.2	234
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.251	0.2	722
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.32	0.2	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.218	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.19	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.306	1.5	999
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.911	2	1553
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.373	3	695
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.154	4.5	609
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.287	40	-
R_work	0.192	638	-
obs	-	-	78.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 15.699 Å / Origin y: 8.171 Å / Origin z: -14.643 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.015 Å²	-0.0414 Å²	-0.0103 Å²	-	-0.1178 Å²	0.0123 Å²	-	-	-0.2094 Å²
L	0.7455 °²	1.2563 °²	-0.474 °²	-	3.9613 °²	0.0224 °²	-	-	3.109 °²
S	0.0148 Å °	-0.0571 Å °	0.0284 Å °	0.1301 Å °	0.0224 Å °	-0.2421 Å °	-0.122 Å °	0.1912 Å °	-0.0373 Å °

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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